11 мая 1915 г. один из первых священномучеников епископ Пермский Андроник (Никольский) присылает в Археологическую комиссию телеграмму: «Пермский комитет церковно-археологического общества и архивная комиссия просят моего ходатайства выдаче им листа производить работы поскорее Соликамского уезда места бывшего монастыря, где открыт подземный ход. Работы будут производить члены археологического института Павел Степанович Богословский и архивной комиссии Иван Яковлевич Кривощеков. Посем прошу комиссию возможно незамедлительно ходатайство названных учреждений удовлетворить. Проект работ следует почтой». Открытый лист на работы в Пыскорском монастыре был выдан уже 20 мая[129].
Вообще взаимоотношения археологии и ведомства православного исповедания хорошо видны из истории исследования Херсонеса. Его археологическое изучение как церковными, так и светскими силами складывалось практически одновременно. В начале 1850-х гг., когда уже лейтенант Шемякин только начал «раскопку» базилики (1851–1853), впоследствии получившей название «Уваровская», председатель Одесского общества истории и древностей Николай Мурзакевич убедил архиепископа Иннокентия (Борисова) в неизбежности археологических раскопок. В 1852 г. на территории Херсонеса возникает киновия, в 1862 г. — монастырь, с 1861 г. начинается подготовка к строительству Свято-Владимирского храма на месте предполагаемого крещения св. князя Владимира. Еще в июле 1852 г. иеромонах Василий (Юдин) вскрыл фундаменты крестообразной церкви на месте будущего строительства. Впоследствии, будучи уже игуменом, по благословению архиепископа Иннокентия, он копал городище параллельно с графом Алексеем Уваровым и Одесским обществом. Христианские древности хранились в монастыре, а языческие, по «неудобности» их содержания в православной обители, отправлялись в Одессу.
В 1861 г. Херсонесский монастырь св. Владимира был возведен в первоклассный. 23 августа император Александр II и члены августейшей фамилии приняли участие в торжественной закладке фундамента херсонесского собора. В этом же году новый настоятель монастыря игумен Евгений (Отмарштейн) производил дополнительные раскопки на месте строительства собора, где среди прочих сооружений были открыта базилика и несколько храмов, о чем он сообщил в ИАК, надеясь на поддержу своих начинаний, однако сотрудничество монастыря и комиссии так не состоялось[130].
В 1875 г. бывший министр народного просвещения обер-прокурор Святейшего Синода граф Д. А. Толстой посетил Херсонесский монастырь и, заметив на строительной площадке храма св. князя Владимира многочисленные обломки древних архитектурных деталей, предложил Одесскому Обществу возглавить охрану и исследование древностей Херсонеса. В 1876 г. раскопки возобновились под надзором игумена Анфима (Казимирова) и инженера К. Геммельмана во взаимодействии с одесским музеем, 10 октября 1878 г. настоятель был назначен «начальником экспедиции». При этом вплоть до 1881 г. Синод выплачивал по 1000 рублей в год на эту «прихоть». Впоследствии, когда выявились случаи хищения древностей, суммы были урезаны, двоевластие ликвидировано, и с 1884 г. исследования были подчинены монастырю.
Надо сказать, что такое единоначалие не сказалось положительно на судьбе памятников. 21 апреля 1887 г. председатель Московского архитектурного общества Н. В. Никитин, со ссылкой на действительного члена Общества М. Ф. Беттихера, написал в МАО о бедственном положении древностей на территории Херсонесского Свято-Владимирского монастыря. В частности, со ссылкой на одного из братии, сообщалось, что колонны вдоль дороги предполагается распилить и использовать для пола в новых храмах. Сами же колонны из мест их обнаружения стаскивались к дороге, из чего следовало, что раскопки и сама охрана древних памятников находятся в руках людей, не понимающих их значения[131]. Это послужило поводом к письму Прасковьи Уваровой государю от 2 июня 1887 г. за № 3562[132]. Суть его сводилась к следующему: Херсонес — святыня, она должна быть известна и охраняема.
Письмо заканчивалось патетическим призывом: «Повели, Государь, и древний Херсонес станет Русскою Помпеею, заинтересует всю благомыслящую Россию, привлечет к изучению своих древностей не только русских ученых, но и путешественников из Западной Европы». Задачу археологического изучения Херсонеса графиня не без тайного расчета предлагала возложить на «одно из ученых обществ». При этом предполагалось упразднить монастырь, а новых хозяев обязать содержать священнослужителя для местной церкви. Обеспечение раскопок предполагалось осуществить за счет передачи этому обществу монастырских земель вокруг Херсонеса.
Реакция государя последовала практически мгновенно, однако она была совсем не такой, какой ее желала видеть графиня. Уже 14 июня 1887 г. И. Делянов, министр народного просвещения, написал П. Уваровой о высочайшем повелении, в котором говорится, что производство самовольных раскопок монахами на местности древнего Херсонеса строго воспрещается, а ежегодные раскопки следует возложить на ИАК и Одесское общество. Для находок организуется музей под руководством опытного специалиста, для чего назначаются ежегодные суммы не более 3–5 тысяч рублей в год. ИАК предлагалось сделать заключение о мерах к охране базилики, открытой графом Уваровым[133]. Переписка по этому вопросу продолжалась до конца года. 29 ноября 1887 г. И. Делянов вновь сообщает графине об отзыве прокурора Синода: воля государя доведена до монашествующих, в настоящее время нет никаких слухов о продаже предметов древностей настоятелем монастыря[134].
Конфликт монастыря с Императорской Археологической комиссией возник почти сразу после начала систематических работ, и дело было отнюдь не в инославии заведующего раскопками Карла Косцюшко-Валюжинича (1847–1907). Монастырь привык чувствовать себя полновластным хозяином в Херсонесе, хотя эту власть ему приходилось делить с военными. В 1891 г. ИАК отмечала с прискорбием факт того, что громадное пространство городища без настоятельной надобности застраивается различными монастырскими службами[135]. В 1893 г. Комиссия предложила монастырю и флоту провести раскопки в тех местах, которые могут быть застроены в ближайшем будущем[136], однако в 1895 г. монастырь безо всякого согласования провел земляные работы для устройства виноградника[137].
Похоже, конфликт с самого начала имел и экономическую подоплеку. 17 января 1889 г. А. А. Бобринскому было переправлено отношение Обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева министру народного просвещения. Речь шла о жалобе настоятеля, в которой сообщалось, что в процессе раскопок добывается и обычный камень, употребляемый для местных построек, который К. К. Косцюшко-Валюжинич продает для экспедиционных нужд: раньше монастырь был монополистом в продаже строительных материалов с городища.
В последующие годы монастырь не оставил своих попытки вмешаться в ход археологических исследований. Пик конфликта монастырской братии с ИАК пришелся на 1896–1897 гг., когда в Синод посыпались доносы на «католичество» главного археолога и его якобы равнодушие к погребениям похороненных в Херсонесе «православных христиан».