Нейтралитет США в Русско-японской войне обязывал капитана Берлинского и всю команду «Лены» покинуть порт в течение 48 часов либо находиться в Америке до конца войны. Берлинский заявил, что котлы в плохом состоянии и «Лене» требуется капитальный ремонт, прежде чем она сможет выйти в открытое море. После осмотра корабля Высший морской совет (ВМС) США подтвердил необходимость ремонта, и «Лена» была отправлена в Валехо, на Мэр-Айленд, где и находилась до конца войны. Команду крейсера полностью разоружили, а офицеров заставили подписать документ о невыезде из США без разрешения президента Рузвельта. Такое обещании дали все члены экипажа.
1 ноября 1904 г. на «Лене» скончался моряк Иван Песнов. На другой день газета «Валехо Ивнинг Кроникл» писала о его похоронах на военно-морском кладбище Мэр-Айленда: «За гробом шли сослуживцы покойного, офицеры в военной форме, а также капитан Берлинский с адмиралом Мак Калла ВМС США. Моряки несли огромное число венков и следовали за корабельным священником, облаченным в одежду православного священника: длинную фелонь из черного бархата, прошитую по краям серебряной нитью, епитрахиль и черную камилавку. В руках священник нес распятие из матового золота. За ним шла команда "Лены", а представители ВМС США замыкали процессию». В 1905 г. умер другой член команды «Лены» Петр Лобода, которого похоронили рядом с Иваном Песковым.
Во время вынужденной стоянки моряки «Лены» проводили соревнования по гребле на шлюпках, бывали на официальных приемах. Некоторые офицеры выписали свои семьи и снимали квартиры в Валехо до окончания Русско-японской войны и возвращения в Россию. Иногда в газетах появлялись сведения о правонарушениях русских моряков и нарушении обещания о невыезде из США, так что некоторых американцам пришлось выслать обратно в Россию.
В начале апреля 1905 г. русские моряки получили разрешение на ремонт «Лены» на судоверфи Юнион Айрон Воркс вблизи Сан-Франциско. В мае капитан Берлинский вернулся в Россию, и 1 августа новым командиром «Лены» стал капитан 2-го ранга Анатолий Августович Гинтер. 9 августа 1905 г. крейсер покинул Сан-Францисский судоремонтный завод после долгого капитального ремонта и совершил судовые испытания, на которых его сопровождал миноносец «Фокс» ВМС США. Затем крейсер вернулся на Мэр-Айленд, чтобы забрать экипаж и семьи русских моряков. Газета «Сан-Франциско Колл» от 28 октября 1905 г. пишет: «Впервые после того, как "Лена", избежав японцев, нашла убежище в гавани, она выглядит как настоящий военный корабль. Свежевыкрашенный, с начищенными до блеска пушками, он гордо плывет по волнам…»
29 октября 1905 г. крейсер «Лена» должен был выйти в море, чтобы вернуться в Россию, но произошло трагическое событие. «Отец Василий Осипов, священник "Лены", умер на корабле вчера в 4 часа утра», — сообщила газета «Сан-Франциско Колл» в тот же день. Отход отложили до 1 ноября 1905 г., а отца Василия похоронили на Сербском кладбище в Кольме. Его могила стала одной из первых на этом знаменитом кладбище.
Судьба же «Лены» во многом повторила жизнь русских эмигрантов. В 1906 г. ее вернули Добровольному флоту, а уже в 1916 г. вновь мобилизовали, зачислив в состав Черноморского флота уже под старым названием «Херсон». В 1920 г. этот транспорт с белыми частями генерала Врангеля ушел в Бизерту. После 1926 г. «Херсон»-«Лену» продали на слом.
Последним генеральным консулом, назначенным Российской империей, стал А. М. Выводцев. Это был профессиональный дипломат. После окончания юридического факультета Новороссийского университета в Одессе он продолжил образование в Вене и Лемберге (Львов). На дипломатическую службу Артемий Маркович поступил в 1875 г., затем был чиновником Одесского окружного суда и Министерства иностранных дел. Вскоре его назначили вице-консулом в Гамбург, потом он занимал дипломатические должности в Сингапуре, Триесте, Кёнигсберге и Нагасаки. 6 апреля 1915 г. действительного статского советника Выводцева назначили генеральным консулом в Сан-Франциско. Он подал в отставку после Февральской революции 1917 г., а во время Гражданской войны стал во Владивостоке дипломатическим представителем Омского правительства.