Имение Башкирцевых было продано в 1900 году графу С. Д. Шереметеву.
В 1917—1919 годах имение было разрушено; в годы войны от него не осталось и следа.
В 1908 году мать Башкирцевой передала в музей Александра III большую коллекцию работ Марии (сто сорок одну работу: среди них — рисунки, эскизы, полотна, пастели, скульптурные этюды). В 1930 году из этой коллекции в Днепропетровский музей было передано две картины Башкирцевой, в 1932 году по запросу Наркомпроса УССР Русский музей передал на Украину сто двадцать семь работ Башкирцевой. Несколько работ было передано в 1929 году в Красноярск. В Русском музее осталось восемь живописных полотен и тринадцать рисунков Марии Башкирцевой.
Во время эвакуации Харьковской картинной галереи бесследно пропали шестьдесят шесть полотен Башкирцевой. Сегодня на Украине осталось только три её картины: в музеях Харькова, Днепропетровска и Сум.
Оригинальные работы Башкирцевой ныне являются редкостью ввиду того, что большая их часть погибла во время Второй мировой войны при бомбёжке Гавронцев.
В 1980-х годах в Национальной библиотеке Франции был обнаружен оригинальный текст дневника, ранее считавшийся утраченным. При его изучении обнаружилось, что большая часть дневника Башкирцевой неизвестна публике, а уже опубликованная содержит ряд лакун и явных искажений (в том числе и год рождения художницы), внесённых семьёй, не желавшей оглашения своих семейных тайн.
Ныне идёт публикация полного текста дневника на французском языке, а также его английского перевода (доступна первая часть под названием «I Am the Most Interesting Book of All». Ожидается также выход второй части английского перевода под рабочим названием «Gloria Cupiditas»). Полное издание по-новому раскрывает личность Башкирцевой, а также освещает жизнь эпохи.
Украинский литературовед Михаил Слабошпицкий издал роман «Мария Башкирцева», переведённый на русский и французский языки. Большое исследование личности Башкирцевой проделал писатель Александр Александров. Итогом его работы стала книга «Подлинная жизнь мадемуазель Башкирцевой». Александров частично использовал книгу Коснье.