Декарт пришел к выводам, что живая и неживая природа составлена из одной и той же материи и что деятельность живого организма подчиняется тем самым законам, которые управляют неживой природой. Поэтому изучать их нужно одними и теми же методами. Декарт постулировал существование в мире двух фундаментальных начал: телесного (материи) и идеального (духовного). Он сформулировал главные признаки двух начал: атрибутом материи является протяженность, которая определена в пространстве (и здесь прослеживается связь с введенной им системой координат); атрибут идеальной субстанции – мышление.
Телесное начало является непрерывным и заполняет мир. Части этой телесной субстанции взаимодействуют друг с другом путем прямого контакта, и основным законом этого взаимодействия является закон сохранения импульса. На этой основе Декарт сформулировал механистическую концепцию всего мира и модель Вселенной, в которой движение планет объясняет существованием космического вихря. Отсюда же следовало, что можно вполне естественно истолковать происхождение живой природы.
Декарт считал, что живые организмы представляют собой механические машины. Животные работают по стандартной схеме – воздействие вызывает ответное действие (то, что сейчас называют безусловным рефлексом). Декарт предсказал и существование условного рефлекса: если воздействия А и В в течение некоторого времени происходят одновременно, то впоследствии автомат может переключаться и отвечать на В в результате воздействия А. Предложенная Декартом схема связи между раздражением органов чувств и мышечной реакцией, несомненно, является прототипом учения о рефлекторной дуге.
Человек, помимо механического устройства, обладает еще душой – и тут появляются серьезные затруднения, ведь, по Декарту, телесная и идеальная субстанции не могут взаимодействовать. Он так и не смог объяснить, каким образом душевные порывы превращаются в физические действия. Последователи Декарта решили эту проблему так: душа передает свой порыв Богу, а Бог, как всемогущее существо, приводит в движение тело. Второе противоречие Декарта заключено в вопросе: где находится душа? Сам философ считал, что такая формулировка неправомерна, т. к. душа не обладает протяженностью, однако помещал душу в мозжечок (его функция в то время была неизвестна). Вообще учение Декарта о человеке было тесно связано с медициной, в которой он видел конечную цель всякой научной деятельности. Познания Декарта были настолько глубокими, что он уверенно давал знакомым советы и даже пользовался авторитетом в среде ученых-медиков.
«Рассуждения о методе» произвели сильное впечатление в научных кругах. Однако многие моменты учения Декарта подверглись резкой критике со стороны ученых и философов самых различных направлений. Обсуждение этого труда послужило важным стимулом для решения актуальных проблем науки того времени.
Декарт реагировал на замечания весьма резко, поэтому споры принимали иногда бурный, даже враждебный характер. Мерсенну, который был посредником между участниками дискуссии, приходилось улаживать дело, когда оно принимало чересчур серьезный оборот. Больше всего споров вызывало философское учение Декарта, и он начал работать над новым сочинением, в котором изложил свои взгляды более подробно. В 1640 году этот труд был закончен. Декарт отправил рукопись Мерсенну, который ознакомил с ней других ученых.
Последовали многочисленные отклики, большей частью отрицательные. Декарт не встретил поддержки ни у теологов, ни у тех, кто, как и он, боролся против схоластики. Первые обвиняли философа в склонности к атеизму, вторые выступали против идеалистического начала в его учении.
Книга вышла в 1641 году под названием «Размышления о первой философии, в которых доказывается существование Бога и души». Он включил в нее замечания критиков и свои ответы на эти замечания. Дискуссия заставила Декарта взяться за написание нового труда, в котором его учение излагалось бы полностью.
В то время когда Декарт работал над «Рассуждением о методе» и «Размышлениями о первой философии», в его личной жизни произошли важные перемены. Известно, что спустя пять-шесть лет после переселения в Голландию в его жизнь вошла женщина по имени Елена. Сведений о ней почти не сохранилось, неизвестны даже ее фамилия и возраст. Уроженка Девентера, она находилась в услужении у одного из амстердамских знакомых Декарта. Ее социальное положение было, следовательно, намного ниже положения Декарта. По вероисповеданию она была протестанткой. Этим, вероятнее всего, и объясняется факт, что их близкие отношения, длившиеся около шести лет, так и не были узаконены. Декарт, видимо, старался держать их в тайне. Известно, однако, что Елена владела грамотой, так как некоторое время переписывалась с Декартом.