Во Франции обычно только Мерсенн точно знал секрет местопребывания Декарта, но хранил его так строго, что никому из парижан, приезжавших в Голландию, не удавалось посетить знаменитого соотечественника. Мерсенн был и основным корреспондентом Декарта. Он сообщал ему о результатах исследований других ученых и засыпал вопросами из разных областей философии и математического естествознания.
Однако в Голландии Декарт не жил затворником, лишившим себя всякой связи с миром. Здесь у него вскоре появился большой круг друзей, близких ему по духу. С ними он охотно общался и вел регулярную переписку. К таковым, прежде всего, относился И. Бекман, которого Декарт посетил сразу после приезда в Голландию.
Ученый познакомился и с профессором Лейденского университета Францем ван Скаутеном, известным математиком, ставшим его другом и ревностным последователем. Другой близкий друг Декарта, Якоб Гоол, также преподавал математику в Лейденском университете. Кроме того, он был знатоком арабского языка и сыграл огромную роль в развитии востоковедения. Гоол занимался также философией, медициной и физикой.
Через Я. Гоола Декарт познакомился с Константином Гюйгенсом – дипломатом, писателем, знатоком искусств и вообще разносторонне образованным человеком, обладавшим значительными познаниями в точных науках. Их связали взаимная симпатия и общие научные интересы.
К числу близких знакомых Декарта принадлежал также философ А. Ренери (Ренье), ставший одним из первых сторонников картезианства.
Голландский период жизни Декарта, небогатый внешними событиями, с самого начала был отмечен большими успехами. Ученый совершенствовал свое образование: в 1629 году слушал лекции в университете города Франекера, в 1630-м – в Лейденском университете. Основными предметами его занятий в то время были математика и естественные науки. В письмах Мерсенну Рене сообщал, что изучает анатомию, химию и каждый день познает что-то, чего нельзя найти в книгах. Он занимался физикой, проводил астрономические и метеорологические наблюдения.
Особый интерес у Декарта вызывала оптика, теоретическая и практическая. Некоторые его письма представляют собой небольшие сочинения по диоптрике (науке о преломлении световых лучей) и катоптрике (науке, изучающей законы отражения лучей). Чтобы провести экспериментальные исследования по оптике, Декарт сам занимается конструированием машин для шлифовки стекол, прибегая к помощи инженеров и мастеров-шлифовальщиков. Среди близких парижских друзей ученого был талантливый инженер Виллебресье. Вместе с ним Декарт изобрел несколько механических приспособлений, в том числе прибор для черчения, самодвижущееся кресло и т. п.
Декарт интересовался и другими науками. Он делился с Мерсенном намерением «после диоптрики заняться изучением чего-то полезного в области медицины», а позднее не раз писал о своих успехах в биологии. Из писем также видно, что он проявлял интерес к химии и анатомии, ставил эксперименты по сравнению удельного веса металлов, изучал форму и взаимное расположение снежных кристаллов, наблюдал за движением комет, исследовал законы акустики.
Много внимания Декарт уделил анализу явления паргелия – появления на небе ложных солнц. Оно наблюдалось в Риме 20 марта 1629 года. Размышление над сущностью этого редкого явления привело Декарта к разработке теории, впоследствии изложенной в сочинении «Метеоры».
Все эти занятия ученого были подчинены главной задаче – созданию общей теории, положенной им в основу всех естественных наук. Первые наброски этой теории содержатся в трактате «Правила для руководства ума». Над ним Декарт работал в 1628–1629 годах, но труд этот не закончил. Остался незавершенным и другой трактат – «Поиски истины с помощью естественного света». Вскоре Декарт приступил к написанию сочинения, которое он озаглавил «Мироздание, или Трактат о свете». В нем он хотел изложить свою теорию полностью.