О антиисламском мировоззрении Хайяма говорит и Ибн ал-Кифти: «Омар-ал-Хайям – имам Хорасана, ученейший муж своего времени, который преподает науку греков и побуждает к познанию Единого Воздаятеля посредством очищения плотских побуждений ради чистоты души человеческой и велит обязательно придерживаться идеальных между людьми отношений согласно греческим правилам. <…> Между тем сокровенное (внутренний смысл) его стихов – жалящие змеи для мусульманского законоположения».
В то же время, хотя нет оснований считать Хайяма убежденным атеистом, он был далек от официальной религии и ортодоксии. Теологи называли его «несчастным философом, материалистом и натуралистом».
Несмотря на неоднозначную репутацию, Омар Хайям входил в ближайшую свиту Малик-шаха, в число его надимов – советчиков, наперсников и компаньонов, и, разумеется, практиковал как астролог. Слава Хайяма – астролога-прорицателя, наделенного особым даром ясновидения, была очень велика; еще до появления при дворе Малик-шаха он был известен как высший авторитет среди астрологов.
Омар Хайям был приглашен для строительства и управления дворцовой обсерваторией. По свидетельству источников, султан, собрав у себя при дворе «лучших астрономов века» и выделив крупные денежные средства для приобретения самого совершенного оборудования, поставил перед Омаром Хайямом задачу – разработать новый календарь.
В течение пяти лет астрономы вели научные наблюдения в обсерватории, и разработали «Маликшахово летосчисление» – новый календарь, отличавшийся высокой точностью. В его основе лежит тридцатитрехлетний период, включающий восемь високосных лет (високосные годы следовали семь раз через четыре года и один раз через пять лет). «Маликшахово летосчисление» оказалось на семь секунд точнее ныне действующего григорианского календаря.
Разработанный календарь, однако, так и не был внедрен. Сам Хайям пишет, что «время не дало возможности султану закончить это дело, и високос остался незаконченным», поскольку относительно спокойный период жизни Омара Хайяма при исфаханском дворе оборвался в конце 1092 года, когда при невыясненных обстоятельствах скончался султан Малик-шах (по-видимому, он был отравлен); за месяц до этого террористом-ассасином по приказанию Саббаха был убит Низам аль-Мульк.
В это время старшему сыну Малик-шаха Баркйаруку исполнилось 14 лет, средним сыновьям Мухаммаду и Санджару – 10 и 6 лет, а младшему Махмуду – 5 лет. Турканхатун, опираясь на тюркскую гвардию, добилась провозглашения султаном Махмуда и в 1092 году стала фактической правительницей государства.
Положение Омара Хайяма при дворе пошатнулось – финансирование научной деятельности постепенно прекратилось. Хайям предпринял попытку заинтересовать новых правителей в субсидировании обсерватории, написав трактат «Науруз-наме», посвященный истории празднования Науруза, солнечному календарю и различным календарным реформам. Исторический трактат был адресован новым правителям государства Сельджуков в расчете побудить их возобновить денежную помощь обсерватории, что особенно видно в главе «Об обычаях царей Ирана», где акцентируется внимание на покровительстве ученым. Увы, книга не помогла – Исфаханская обсерватория пришла в запустение и была закрыта.
Туркан-хатун не благоволила к Хайяму, возможно, из-за давней вражды с Низам аль-Мульком, да и сам он нелестно отзывался о владычице султаната. В частности, ей посвящено приписываемое Хайяму четверостишие, намекающее на отношения правительницы с начальником придворной гвардии:
В 1094 году Махмуд умер от оспы, и султаном стал 16-летний Баркйарук, а после смерти Баркйарука в 1104 году его четырехлетний сын Малик-шах II. В 1105 году на престол взошел второй сын Малик-шаха Мухаммад, который умер в 1118 году, оставив трех малолетних сыновей, и престол захватил Санджар – последний из оставшихся в живых сын Малик-шаха, царствовавший до самой смерти, наступившей в 1157 году.