Возможно, что в Стагире Аристотель находился чтобы проследить за восстановлением города и, может быть, занимал там какую-то государственную должность. Впрочем, это лишь наши догадки. Точно известно только то, что пребывание в Стагире, если оно вообще имело место, было недолгим: от нескольких месяцев до трех лет, причем последний срок маловероятен.
В этот период произошло несколько радостных и печальных событий в личной жизни Аристотеля. Примерно в 336 году до нашей эры Пифиада, жена Аристотеля, родила дочь. Девочка получила имя матери. Вскоре, а возможно, при родах Пифиада-старшая умерла. Философ довольно быстро сблизился с бывшей служанкой своей жены Герпиллидой. Вряд ли она стала законной женой Аристотеля, но на положении наложницы оставалась его спутницей до смерти философа. Уже в 335 году Герпиллида родила сына, который был назван Никомахом, в честь отца Аристотеля.
В 335 или 334 году Аристотель прибыл в Афины. Считается, что к этому времени у него уже сформировалось критическое отношение к философии Платона. Аристотель решил основать собственную философскую школу.
Управление Академией тяготило наследника Платона Спевсиппа, который не обладал необходимыми для этого качествами и, к тому же, был слаб здоровьем, тяжело болел и в конце концов покончил с собой. Есть сведения о том, что он предлагал Аристотелю возглавить школу. Это лишний раз свидетельствует о том, что личной вражды между нашим героем и платониками не было, а отъезд из Афин был вызван политическими причинами. Незадолго до смерти Спевсипп передал управление школой Ксенократу. Пребывая на этой должности, которая была не только научной, но и политической, Ксенократ очень быстро добился расположения и уважения афинян благодаря своей принципиальности, неподкупности и независимости суждений.
Прибыв в Афины, Аристотель не присоединился к Академии, а начал создавать собственную школу, которая, скорее всего, составила серьезную конкуренцию Академии. Школа это разместилась близ храма Аполлона Ликейского. Местность возле храма получила название Ликея, откуда произошло современное слово «лицей». Следуя примеру своего учителя Платона, Аристотель основал школу на базе уже существующего гимнасия.
Как известно, ученики Аристотеля и его последователи получили название перипатетики. Перипатами называли предназначенные для прогулок сады. Такой сад был и при Ликее. Распространено мнение, что перипатетиков назвали так потому, что Аристотель проводил свои занятия, прогуливаясь по перипату. Это действительно так. Но так же поступали и многие другие философы, в том числе и Платон. И практически при всех гимнасиях были перипаты, которые первоначально использовались для гимнастических упражнений. Поэтому зачастую и сами школы называли перипатами. Таким образом, для появления понятий «академики» и «перипатетики», обозначающих соответственно последователей Платона и Аристотеля, следует искать более сложные объяснения.
Занятия в Ликее проходили примерно по такому плану. В первой половине дня Аристотель беседовал со своими лучшими учениками. В это время обсуждались сложные философские и научные вопросы. Во второй половине дня он проводил открытые занятия для широкой аудитории. Здесь обсуждались более доступные вопросы, в частности Аристотель учил риторике и ораторскому искусству. Обсуждались политические и бытовые проблемы.
Одной из традиций педагогической деятельности Аристотеля были ученые беседы, которые он проводил, обедая вместе с учениками. Насколько важны были эти застольные беседы, можно понять по тому, что философ составил специальный свод «Пиршественных законов». Впрочем, скорее всего, он вообще отличался педантичностью. Вся деятельность Ликея была довольно четко регламентирована. Школа подчинялась специальному своду правил, законов, написанных Аристотелем. Правда, Диоген Лаэртий пишет, что традиция написания законов для учебного заведения была заимствована Аристотелем у его конкурента Ксенократа: «Законы он писал даже для своей школы, подражая Ксенократу, — например, чтобы каждые десять дней назначался новый староста».
Сам и с помощью своих учеников философ собрал много сведений и материалов о живой природе. Кроме того, есть все основания предполагать, что Аристотель создал при Ликее обширную библиотеку. Естественно, работа такого заведения требовала больших затрат. Отсюда можно сделать вывод, что у Аристотеля был богатый покровитель. Принято считать, что этим покровителем был все тот же Александр Македонский. И помогал он не только деньгами. Знаменитый римский ученый и писатель I века нашей эры Плиний Старший в своей «Естественной истории» пишет: «Царь Александр Великий, пылая страстью познать отличительные свойства животных и поручив их исследование Аристотелю — мужу, ученейшему во всех науках, предоставил в его распоряжение несколько тысяч человек на всем протяжении Азии и Греции для сбора всего, что могут дать охота, ловля птиц и рыболовство; этим же людям была поручена забота о зверинцах, стадах, пчельниках, рыбных садках, птичниках, дабы ничто живое не осталось где-либо ему неизвестным».