Затем Мухетдинов выехал в Саудовскую Аравию и с 1996 по 1999 год учился в институте арабского языка университета «Умм аль-Кура» в Мекке. По возвращении в Россию он закончил факультет международных отношений Нижегородского государственного университета им. Н. И. Лобачевского по специальности «политология» и через три года там же защитил кандидатскую диссертацию.
Религиозную деятельность Мухетдинов начал в 1999 году в качестве преподавателя Нижегородского исламского медресе Махинур и директора исламского мектебе при нижегородской Соборной мечети, в течение десяти лет (с 1999 по 2009 год) являлся имамом-хатыбом нижегородской Соборной мечети, с 1999 по 2007 год работал директором Махинура. С 2001 года – член президиума ДУМ Нижегородской области (ДУМНО), с 2001 по 2004 гг. – заместитель председателя ДУМНО по учебно-воспитательной работе, с 2009 года – председатель Совета улемов ДУМНО и первый заместитель председателя ДУМНО.
11 февраля 2010 года глава Совета муфтиев России Равиль Гайнутдин назначил Мухетдинова полномочным представителем ДУМЕР в Приволжском федеральном округе в сане муфтия. Однако создание полномочных представительств было признано Министерством юстиции РФ незаконным, Мухетдинов лишился этого сана и продолжил работать в структуре ДУМЕР в качестве заместителя, а впоследствии первого заместителя председателя ДУМЕР. С 2012 года – первый заместитель председателя ДУМ РФ, с 2015 года – председатель Мухтасибата Санкт-Петербурга и Ленинградской области и ответственный секретарь Международного мусульманского форума.
Но были в жизни Мухетдинова и черные полосы. Его страсть к эпатажным высказываниям нередко порождала скандалы, особенно в сфере межрелигиозного диалога. Самым пострадавшим от него человеком в итоге оказался экс-лидер мусульман Нижегородской области Умар Идрисов, который посвятил деятельности Мухетдинова отдельное интервью.
«Я искренне заблуждался относительно этого человека. Я был им опутан – его речами, обещаниями, планами. Он мне представлялся воплощением всего нового и передового. Я каюсь в том, что не увидел истинного лица за этой дымовой завесой. Теперь я начинаю понимать тех людей, которые идут за ваххабитами. Я на себе испытал, что такое технологии обработки сознания. Пока я не отошел от Мухетдинова на достаточное расстояние, я был как под гипнозом».
– Отошли сами?
– Скорее всего, мне помогло то, что, получив всё, что ему нужно, он сам отошел от меня, использовав все мои возможности и добрые отношения с людьми.
Я каюсь в том, что отвергал все факты, на которые мне указывали и сторонние люди, и близкие. Теперь я бы хотел попросить прощения у всех тех, кто оказался в сложном положении из-за того, что я вовремя не смог разглядеть всех замыслов этого человека. Конечно, я знал в жизни разочарования, знал о существовании зла, но никогда не встречался с его живым воплощением.
Меня уверяли в том, что некоторые эксперты, например, Роман Силантьев, ненавидят татар и ислам, требовали от меня «разоблачать» его как врага ислама. И я это делал! Но то, что я теперь читаю и вижу, доказывает как раз обратное. Роман на самом деле тот эксперт, который лучше меня разбирается в проблемах современного мусульманского сообщества России. Если бы я его встретил, то я сегодня сказал бы ему это лично совершенно искренне. Я искренне восхищаюсь тем, что он смог увидеть то, чего я не видел все эти годы, хотя и возглавлял ДУМНО.
Я еще раз публично хочу покаяться перед Рамзаном Ахмадовичем Кадыровым, которого Дамир Мухетдинов ненароком оскорбил в одной из радиопередач. Я ездил в Чеченскую республику для того, чтобы извиняться за него, и видел, что муфтий Чечни – человек с живым имамом в сердце – сохраняет дипломатичность по этому вопросу только из уважения к моему возрасту и тому факту, что я был соучеником Ахмада-хаджи Кадырова.
Есть еще ряд людей, которые по вине моего неведения и недосмотра попали в трудную ситуацию, и я не смог вовремя встать на их защиту. Я говорил с этими людьми и просил у них прощения. Многие из них по-мусульмански простили меня. Спасибо им за это.
И, наконец, я хочу самым искренним образом покаяться в тех заявлениях, которые я сделал в адрес Нижегородской епархии и всей Русской Православной Церкви, которые были восприняты как оскорбление. Для меня это трудный урок, который я переживаю до сих пор. У меня никогда не было более понимающих и доброжелательных партнеров, чем иерархи Церкви. В регионах России, где культуры и судьбы татар и русских тесно переплетены (особенно это касается Нижегородчины), подрывать межобщинный мир – преступление. Я каюсь в том, что стал в нем невольным соучастником. Не я писал эти заявления, но я их произносил. Я прошу прощения за это.