Заботилась Феодора и о несчастных, которых довела до нравственного падения крайняя нужда, а не порочные наклонности. Она основала для раскаявшихся грешниц монастырь на берегу Босфора, в старинном императорском дворце.
Феодора с ее твердостью и честолюбием оказалась на своем месте. Она с гордостью писала персидскому шаху Хосрову: «Император никогда ничего не решает, не посоветовавшись со мною». И она имела на это право, ведь однажды уже оказалась смелее и тверже императора. Почти неделю, с 11 по 17 января 532 года, город оглашался громкими криками восставших, которые требовали отмены непосильных налогов, прекращения притеснений еретиков и язычников, которых преследовал Юстиниан. Столица пылала — восставшие добрались до налоговых списков и сожгли их, учиняя повсюду погромы и бесчинства… Солдаты выжидали исхода противостояния, рассчитывая присоединиться к победителю. Император Юстиниан мог положиться только на два отряда. Но попытка выйти из дворца окончилась поражением. Командиры отрядов и сторонники императора советовали бежать. И тогда к Юстиниану обратилась Феодора: «Если ты, государь, желаешь спастись бегством, то это нетрудно сделать. Море рядом и корабли наготове. Ты можешь спасти свою жизнь. Смотри только, как бы тебе потом не пришлось пожалеть о таком спасении. Тому, кто однажды царствовал, стать беглецом — хуже смерти. Я не хочу дожить до того дня, когда меня перестанут называть императрицей. Мне более по душе изречение: “Царское одеяние — лучший саван!”» Слова Феодоры и ее твердость переломили настроение императора и его придворных. К вечеру того же дня 35 тысяч трупов врагов устилали улицы 400-тысячного Константинополя…
Очень разные в своих привычках и поведении — император казался слишком добродушным, императрица всегда выглядела высокомерной; он совсем не держался за тонкости придворного этикета, она настаивала на их соблюдении и придумывала новые, — супруги все же жили в согласии и любви. Хотя они по-разному смотрели и на многие вопросы государственной политики, их правление было весьма эффективным и послужило усилению империи. Юстиниан мечтал возродить государство в границах старой Римской империи, а потому его помыслы были устремлены на запад. Феодора же предлагала укрепить позиции Византии на востоке — вернуть Сирию и Египет, продвигаясь далее в Азию. Во имя государственного единства в церковной политике Юстиниан силой водворял единомыслие, искореняя ересь, тогда как Феодора усматривала в этом путь к конфликтам, которых можно было бы избежать, и оказывала еретикам поддержку. К примеру, когда константинопольский патриарх Анфим, заподозренный в ереси, был отлучен от церкви и приговорен к ссылке, он нашел убежище в самом дворце, в покоях Феодоры. Сначала все были удивлены его исчезновением, а затем о нем забыли, сочтя умершим. Позднее же, после смерти императрицы, патриарх нашелся в отдаленной части гинекея: он пробыл там двенадцать лет, а Юстиниан не имел об этом ни малейшего понятия.
Феодора вела, подчас без ведома императора, дипломатическую переписку, принимала иностранных послов, щедро одаривая их подарками. Зная об огромной власти императрицы, послы по прибытии в Константинополь являлись сначала к ней на поклон, а потом уже к Юстиниану. Феодора старалась положить конец религиозной распре, сгладить уступками политические разногласия. Именно ее поддержке монофизиты обязаны своим успехам в Аравии, Нубии и Абиссинии. До последнего дня она боролась за свои верования упорно, как государственный муж, страстно, как настоящая женщина, податливая или грубо непреклонная, смотря по обстоятельствам.
Ранним утром 29 июня 548 года императрица Феодора скончалась после долгой и упорной борьбы с раком в возрасте 48 лет. Юстиниан горько оплакивал эту великую для него потерю. При жизни он преклонялся перед женой, после смерти с благоговением хранил воспоминания. В память о Феодоре он окружил себя теми, кто был близок ей. Даже много лет спустя после смерти государыни император в торжественных случаях клялся именем Феодоры. Ее имя фигурирует рядом с именем Юстиниана в надписях, вырезанных на фасадах церквей и над воротами цитаделей. Ее изображение можно найти в мозаиках церкви Святого Виталия в Равенне, на императорских печатях рядом с Юстинианом. Имя Феодора носили многие города и провинции Византии, а также завоеванных Юстинианом территорий. Но самым грандиозным памятником ей останется собор Святой Софии, который после пожара в 532 году Юстиниан отстроил, сделав еще краше.