Весной 790 года Ирина, отстранив сына от власти, объявила себя единоличной владычицей — «автократором ромеев». Она все же добилась поставленной цели — узаконила почитание икон, чем приобрела множество верных подданных, в чьих домах все эти годы, пусть и замаскированные, находились иконы. Одобрили иконопочитание и монахи, недобравшие дохода от паломничества верующих к святым образам, когда иконоборцы стояли у власти. Еще одним популистским указом императрица сократила налоги, чем тоже привлекла множество сторонников, но поток поступлений в государственную казну сократился более чем вдвое. Чтобы поправить финансовые дела государства, Ирина повелела отчеканить новые монеты с ее портретом. На них Ирина изображена со скипетром, есть надпись basileus («император»), однако по закону и скипетр, и высокое звание базилевса являлись атрибутами императорской власти ее сына. Характерно, что саму себя Ирина называла не василиссой, а василевсом (или базилевсом).
Но когда сын императрицы Константин достиг совершеннолетия, он при поддержке армии отстранил Ирину от власти в декабре 790 года. Трезво оценив свои шансы на победу в гражданской войне, императрица, «убоявшись буйства военного», прекратила борьбу. Воцарившись, Константин VI сослал ненавистных ему любимцев матери — евнухов Аэция и Ставракия, а ее, лишив титула августы, поселил в столице, но не тронул иконопочитателей.
Молодому правителю пришлось противостоять набегам хана Кардама, но его походы в Болгарию оказались безрезультатными. Поэтому Ирине было несложно скомпрометировать собственного сына и объявить его несостоятельным правителем. Так спустя семь лет Афинянка вновь стала царствовать. Первым делом она заключила сына в тюрьму и ослепила его. Став полновластной императрицей, Ирина по этому поводу устроила празднество с раздачей денег народу. Однако восстановленная ценой огромных усилий и преступлений власть оказалась Ирине не по плечу, а для ромейской державы ее воцарение стало и вовсе губительным. Для укрепления своего положения императрица пошла на широкие уступки церкви, разбазаривая казну, поступления в которую и так уже уменьшились из-за снижения налогового бремени. Двор же потонул в интригах царедворцев и соперничестве евнухов-фаворитов, Аэция и Ставракия. Но деятельность Ирины способствовала повышению авторитета монастырей: при них организовывались больницы, странноприимные дома, дома призрения для нищих. Монастырям также давались значительные льготы, что сделало Ирину, несмотря на ослепление сына, в глазах монахов-хронистов благочестивой императрицей.
Славяне Греции под предводительством князя велесичей Аксамира восстали и провозгласили василевсом ромеев ослепленного Никифора, сына Копронима. Но этот мятеж подавили, хотя и с большим трудом. Армия без присмотра правителя теряла боеспособность. К тому же 25 декабря 800 года в Риме произошло знаменательное событие: Папа Лев III увенчал Карла Великого императорской короной. Так возникла Западная империя франков. Византия не признала нового императора, но ничего поделать Ирина не могла. Со смертью в 801 году Ставракия вся власть сосредоточилась в руках Аэция. Неспособность Ирины управлять страной стала очевидной, поэтому в среде чиновников, войске и даже в простонародье росло недовольство правительницей.
В 802 году император Карл предложил Ирине заключить брачный союз, чтобы объединить Западную империю с Восточной. Аэций, намеревавшийся возвести на трон своего неоскопленного брата, со всей решительностью воспротивился предложению «варвара». Пока приспешники Ирины и Аэция изощрялись во взаимных интригах, наиболее решительный при дворе человек, логофет Никифор, нанес удар: осенью 802 года сверг императрицу и отправил ее в ссылку на остров Принкипо, а затем — на Лесбос, где она и скончалась 9 августа 803 года.