Деятельность комиссии Галахова была обставлена чрезвычайными мерами секретности. Граф Петр Иванович Панин, назначенный Главнокомандующим «низовым» краем, был проинформирован о направлении в район мятежа Секретной комиссии, но даже он не знал какую цель она преследует.
5 августа 1774 года небольшой конный отряд – три члена Секретной комиссии и двенадцать преображенских гренадеров – выехал из Москвы по Рязанской дороге. В специальном ящике они везли 43 тысячи рублей; казначеем комиссии являлся Рунич.
Секретная комиссия миновала Арзамас, Апоченск, Саранск, Пензу, Камышин. Движение с каждым днем становилось все более опасным, и 15 августа маленький отряд пополнился двенадцатью гусарами и шестью гренадерами под командованием поручика Дидриха.
В конце августа 1774 года Секретная комиссия в полном своем составе прибыла в Саратов и разместилась в архиерейском доме. Остафий Трифонов получил паспорт, в котором указывалось, что он следует из Саратова в Яицкий городок. Генерал-майор Мансуров распорядился выделить комиссии трех надежных сотников – донских казаков. С ними Трифонову предстояло отправиться в глубь степи.
Галахов собрал совещание. После продолжительного обсуждения решили, что Галахов и Рунич с деньгами комиссии и конвоем Дидриха едут в Сызрань, где они ждут сигнала от Трифонова о поимке Пугачева. Сам Трифонов в сопровождении трех сотников переправляется через Волгу в районе Сызрани и в заволжской степи розыскивает свой отряд.
Галахов собирался выдать Трифонову тысячу рублей, но тот потребовал двенадцать тысяч, дескать, у него была на сей счет договоренность с императрицей. Галахов распорядился отсчитать Остафию три тысячи рублей из казны, а на остальные девять тысяч он написал расписку, пообещав выдать деньги в степи при встрече с казаками.
Комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов – в степь, а Рунич – в Пензу, на доклад графу Панину. Главнокомандующий «низовым» краем сообщил Руничу, что в ближайшие дни перенесет свою штаб-квартиру в Симбирск, и предложил именно туда доставить Пугачева.
Но Секретную комиссию опередили. 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки генералу Александру Васильевичу Суворову. С этого момента необходимость в Секретной комиссии отпала. Выполняя приказ Галахова, поручик Дидрих догнал Трифонова на симбирской дороге и сообщил ему, что Пугачев пленен и они вместе должны прибыть в Симбирск.
По пути отряд заночевал в деревне. Утром Дидрих обнаружил, что Остафий Трифонов исчез, прихватив три тысячи рублей казенных денег. Лошадь его была на месте, поэтому Дидрих и казаки сначала искали Трифонова в деревне и лишь потом бросились к тракту. Местный староста отрядил сотских и десятских старшин с крестьянами для поисков в соседних селениях и на проселочных дорогах. Но Трифонова словно след простыл.
Поручик Дидрих отправился в Симбирск. На четвертый день после бегства Трифонова туда же прибыли Галахов и Рунич. К сожалению, поручика в живых они не застали: тот скончался накануне «от разрыва сердца» – сказались переживания минувших дней.
При расследовании преступлений Пугачева члены сыскных комиссий пристальное внимание уделяли связям бунтовщиков со столицами и иностранцами. Афанасий Перфильев, ближайший помощник Пугачева, на допросе в Яицком городке, показал, что к восставшим приезжал гонец от Великого князя Павла Петровича и уверял Пугачева в полной поддержке его мятежа. Перфильев дал описание этого человека: «…башкир привез к Пугачеву какого-то купца-старика; росту он был среднего, лицом сухощав и рябоват, волосы – темно-русые с сединою, говоря пришамкивает, а лет ему около шестидесяти. Пред всем войском Пугачев заявил, что этот старик прислан от Великого князя Павла Петровича к нему с письмом».
Упомянутый в показаниях Перфильева башкирец был не кто иной, как плененный еще в августе 1774 года Канзафар Усаев – один из самых жестоких сподвижников мятежника. Канзафар рассказал, что действительно привозил в лагерь Пугачева некоего петербургского купца, который лично знал Петра III, поскольку занимался поставкой сена в дворцовые конюшни. Купец этот якобы был уполномочен цесаревичем Павлом Петровичем познакомиться с главарем восставших, дабы убедиться в том, что это именно император Петр III.