Эпаминонд вскоре понял, что спартанцев не удастся выманить из города и что продолжительная осада приведет лишь к ослаблению его разнородной армии, и отступил, ограничившись опустошением страны.
На горе Итом, являющейся естественной цитаделью Мессении, Эпаминонд построил город Мессена, ставший столицей нового государства – Мессения. Он поселил в нем все недовольные элементы, присоединившиеся к нему, и отдал им всю награбленную в ходе войны добычу. Это государство противостояло Спарте в Южной Греции. В результате Спарта потеряла половину своей территории и более половины рабов. Благодаря основанию Эпаминондом нового города-государства, Мегалополис в Аркадии, Спарта оказалась окруженной как в политическом, так и в военном отношении системой крепостей, в результате чего экономические корни ее военного могущества были подорваны.
В 369 году до н. э. Эпаминонд предпринял новый поход в Пелопоннес, но снова не добился окончательной победы над Спартой и был смещен с должности геотарха.
В следующем году он был послан с войском в Фессалию против Александра Ферского, с которым Эпаминонду удалось заключить договор. По этому договору Фивы получили Фарсал, а друг и соратник Эпаминонда Пелопид, находившийся в фессалийском плену, был освобожден.
Последовавшие в 368–367 годах до н. э. попытки эллинов заключить общий мир не привели ни к чему, так как ни одно из главных греческих государств ничем не хотело поступиться в своих требованиях, и в 366 году до н. э. Эпаминонд вновь появился в Пелопоннесе с войском. Прежде всего он присоединил к беотийскому союзу остававшихся нейтральными ахейцев. Но вскоре Ахайя вновь отошла от Беотийского союза из-за того, что фиванское правительство, несмотря на возражение Эпаминонда, силой утвердило во вновь присоединенных городах демократию.
В результате, хотя и временной, отставки Эпаминонда демократическая партия Фив из-за своей близорукой политики и ошибочной дипломатии потеряла завоеванные для себя преимущества. Это дало возможность союзникам Фив воспротивиться их руководству. В 362 году до н. э. Фивы были поставлены перед выбором: подтвердить свою власть силой или пожертвовать своим престижем.
Для превращения Фив в морскую державу Эпаминонд решил создать флот и настоял на постройке сотни триер и отправлении экспедиции на восток. Византий перешел на сторону Фив, а острова Хиос и Родос также заключили союз с Эпаминондом.
Но скоро против беотийцев образовалась достаточно сильная коалиция, в которую вошли такие крупные государства, как Афины, Спарта, Мантинен. Эту коалицию возглавил царь Агесилай II.
Вступив на Пелопоннесский полуостров, Эпаминонд воссоединился под Тегоей со своими пелопоннесскими союзниками, оказавшись, таким образом, между Спартой и войсками остальных государств антифиванской коалиции, сосредоточившимися в районе Мантинеи. Когда спартанские войска выступили из города для соединения со своими союзниками, Эпаминонд ночью предпринял внезапный бросок на Спарту, использовав для этой цели свои подвижные войска. Он не добился успеха только потому, что один дезертир своевременно предупредил спартанцев, и они, совершив форсированный марш, возвратились в город. Тогда Эпаминонд решил добиться победы боем и двинулся от Тегеи через долину к Мантинеи, находившейся на расстоянии около 19 километров. Противник занял сильную позицию шириной 1,6 километра в наиболее узком месте долины.
27 июня (или 3 июля) Эпаминонд двинулся прямо к лагерю противника, заставив его построить свои войска в боевой порядок фронтом в направлении ожидаемого наступления Эпаминонда. Однако, не доходя нескольких километров до лагеря спартанцев, он неожиданно повернул влево, укрывшись от наблюдения противника за высотами. Этот внезапный маневр создал угрозу их правому флангу. Чтобы еще больше расстроить боевые порядки спартанцев, Эпаминонд, остановившись, приказал своему войску сложить оружие, показывая, будто собирается расположиться лагерем. Обманутый противник расстроил свои боевые порядки, воины вышли из строя.
Тем временем Эпаминонд под прикрытием легких частей уже закончил построение своих войск в тот порядок, который был когда-то применен в сражениях при Левктрах, но еще более совершенный. Затем он подал сигнал к атаке, и воины, быстро разобрав оружие, бросились вперед. Правое крыло спартанцев уже было разбито, и фиванцы теснили центр. Но в этот решающий момент сражения Эпаминонд был смертельно ранен. В войсках беотийцев возникло замешательство, перешедшее в общее отступление.