От Равенны к Риму имелось два пути. Цезарь избрал наиболее длинную и извилистую дорогу вдоль побережья Адриатического моря и двинулся по ней форсированным маршем. По мере продвижения Цезаря многие из находившихся здесь рекрутов, набранных для Помпея, присоединялись к нему.
Морально подавленные войска Помпея оставили Рим и отошли к Капуе, в то время как Цезарь, вклинившись между авангардом противника в Корфинии и его главными силами под командованием самого Помпея, расположенными в районе Луцерии, снова добился пополнения своих сил за счет рекрутов противника. Затем он продолжил наступление на юг в направлении Луцерии, продолжая наращивать свои силы.
Однако из-за того, что Цезарь стал не столько окружать, сколько выдавливать Помпея из Рима, тому удалось бежать в хорошо укрепленный порт Брундизий (современный Бриндизи), где наскоро собранные им отряды обеспечили переправу в Диррахий (современный Дуррас).
Цезарь беспрепятственно вошел в Рим, где овладел казной и организовал управление городом. На его сторону перешла и часть воинов Помпея, не успевшая вместе с ним уйти за море. Главной же цели похода – разгрома армии Помпея – Цезарю добиться не удалось, и потому военные действия затянулись на целых четыре года.
Вместо того чтобы преследовать Помпея в Греции, Цезарь перебросил войска в Испанию для разгрома главного союзника своего противника. Сосредоточив на севере Испании галльские легионы, Цезарь оттеснил войска Помпея под командованием его легатов в излучину реки Ибер близ городка Иперды (современная Перида), расположенного непосредственно за Пиренеями. Однако войска Помпея уклонились от боя, штурм города также не увенчался успехом, и Цезарь лишь личным вмешательством смог предотвратить поражение своих войск. Он был вынужден отказаться от осады и приступить к созданию искусственного брода для обеспечения за собой господства на обоих берегах реки Сикорис (Сегре), где расположен город Иперда. Угроза перехвата источников снабжения вынудила противников Цезаря отступить. Цезарь предоставил противнику возможность беспрепятственного отхода и одновременно выслал для его преследования галльскую конницу.
Вместо штурма моста через Ибер, который прикрывал арьергард противника, Цезарь пошел на риск и переправил свою пехоту через глубокий брод, считавшийся доступным только для конницы. В течение ночи, совершив глубокий обход, он перерезал пути отступления противника. Цезарь не пытался сразу завязать сражение, но использовал кавалерию для задержки и изматывания войск противника, а легионы двинул в обход флангов. Цезарь сдерживал порывы своих солдат немедленно вступить в бой и одновременно поощрял их братание с воинами Помпея. В армии его противника начался голод, войска устали, и их боевой дух был подорван. Действиями конницы Цезарь заставил войска противника занять оборону на местности, где не было воды, и это привело к их капитуляции.
Большая часть этой шестинедельной кампании прошла в маневрировании. Цезарь смог одержать фактически бескровную победу и обеспечить приток в свою армию новых солдат из армии Помпея.
При возвращении в Рим Цезарь осадил Марсилию (Марсель), в которой было немало сторонников Помпея. Овладев Марсилией, Цезарь лишил город большей части земельных владений и включил их в состав римской провинции. В Риме Цезарь был провозглашен диктатором. По его распоряжению были окончательно восстановлены в правах все подвергавшиеся преследованиям при Сулле. Цезарь был выбран консулом на 49 год до н. э. и отбыл в Иллирию, где сосредоточивались основные войска Помпея.
Вместо обходного пути по суше Цезарь ради экономии времени избрал кратчайший морской путь. Но это лишь задержало его, поскольку у него не было флота, который имел Помпей. Несмотря на то что Цезарь еще до начала похода приказал собирать и готовить корабли, только незначительная их часть была готова отплыть к берегам Греции. Не желая ждать готовности всего флота, Цезарь отплыл из Брундизия с половиной армии.