По мнению секретаря Ватикана Дитриха фон Ниму, Бонифаций IX не мог ничего решить самостоятельно, и всеми делами фактически заправлял Косса. Он составлял папские буллы и энциклики, писал тексты анафем, которые папа направлял своим врагам, устанавливал цены за должности, объявлял аукционы по ним и придумывал другие способы пополнения папской казны.
Балтазар стал незаменимым человеком при папском дворе, и он пользовался выгодами своего положения. Его друзья, спасшиеся вместе с ним при кораблекрушении, а затем из Ночерской крепости, получили выгодные должности, а Яндру Балтазар поселил в один из роскошнейших римских палаццо и навещал ее по ночам, не упуская возможности днем встретиться с другой женщиной.
Он внимательно следил за изменениями в политической жизни. Когда один из противников Бонифация IX, Колонна, организовал против него заговор, Косса встал во главе папского войска. Заговорщики были разгромлены, главных зачинщиков повесили.
27 февраля 1402 года, отдавая должное заслугам Коссы, Бонифаций IX возвел его в сан кардинала. Косее было всего тридцать семь лет, и он наслаждался жизнью, устраивая поистине царские пиры и развлечения. Вот что об этом писал Дитрих фон Ним: «Неслыханные, ни с чем не сравнимые „дела“ творил Балтазар Косса во время своего пребывания в Риме. Здесь было все: разврат, кровосмешение, измены, насилия и другие гнусные виды греха, против которых обращен был когда-то гнев Божий». И далее: «Только в Болонье Косее удалось совратить более 200 женщин. Он поехал туда по поручению папы для решения различных вопросов, касающихся церкви и политики, но не забыл при этом своих любовных дел. Любовницами его были замужние женщины, вдовы, девушки и монашки, жившие в монастыре. Некоторые из них любили его и по доброй воле становились его любовницами, но некоторые были грубо изнасилованы в монастырях».
В начале 1403 года Косса отправился по поручению Бонифация IX в Болонью. Там он попытался разыскать Иму Даверону, с которой не виделся восемнадцать лет. Но Имы в Болонье не оказалось. По словам ее бывшей служанки, она вышла замуж и переехала жить в Милан.
Из Болоньи Косса отправился в Феррару, где возглавил войско, которое вскоре заняло Болонью, Реджо и Парму – города, отошедшие от Папской области и управлявшиеся местными феодалами. В этой операции Балтазар проявил себя не только как способный военачальник, но и как прекрасный политик и превосходный дипломат, ловко использовавший интригу, обман и предательство. В результате 25 августа 1403 года Болонья, Перуджа и Асси-зи – самые богатые приходы Папской области – оказались в подчинении папского легата кардинала Балтазара Коссы.
Во всех военных походах Балтазара сопровождали два старых пирата – Ри-нери Гуинджи и Гуиндаччо Буанакорса. Первый из них, знакомый с теологией, благодаря поддержке Коссы стал епископом Фано. Гуиндаччо остался простым священником, ибо даже Косса не решался дать ему более высокий сан.
В ноябре 1406 года Балтазара известили о том, что в Риме скоропостижно скончался от апоплексического удара папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX, правивший всего два года.
Э. Фанчелли писал: «Все знали, что папа Иннокентий VII постоянно завидовал политическим успехам своего легата и помышлял о том, чтобы лишить его управления Болоньей. И когда он умер, поползли слухи, что он отравлен Коссой и его единомышленниками. Со временем эти слухи подтвердились».
В ноябре 1406 года конклав избрал папой Анджело Коррариро, который принял имя Григория XII. Первым протокол об избрании папы подписал Балтазар Косса.
Григорий XII находился в зависимости от всесильного кардинала. Он во всем советовался с ним, оставил его своим легатом в Болонье. Это был наиболее видный и значительный пост в папском государстве. Косса стал первым из кардиналов. Но постепенно Григорий XII стал тяготиться опекой Коссы и, чтобы ослабить его влияние в среде высших священнослужителей, назначил новых кардиналов. Отношения между папой и первым кардиналом резко обострились. Григорий XII предал Балтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Жители Болоньи и Романьи освобождались от клятвы верности Косее.
В ответ на это Косса объявил себя абсолютным и независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени папы. Кроме того, он приступил к объединению священнослужителей и правителей государств, недовольных правлением папы Григория XII.
15 июня 1409 года двадцать четыре кардинала, десять из которых были сторонниками папы Бенедикта XIII, правившего в Авиньоне, и четырнадцать – папы Григория XII, собрались в Пизе, чтобы низложить обоих пап и избрать одного. Косса проделал громадную подготовительную работу, большинство церковных сановников, присутствовавших на нем, высказались за то, чтобы верховным понтификом стал достойнейший из них – Балтазар Косса. Но он отказался от этой чести, мотивируя свой отказ тем, что есть более достойный кандидат на столь высокий пост – грек Петр Филарг, который был его ставленником.
Авторитет Коссы сделал свое дело, и 7 июля 1409 года Петр Филарг стал папой под именем Александра V. Один из историков папства так высказался на этот счет: «Косса давно уже мог быть избран папой, но он решил отказаться от престола и предпочел поставить под удар Петра Филарга, зная, что он, заняв папский престол, станет послушным орудием в руках могущественного кардинала и легата в Болонье. Действуя так, Косса заботился главным образом о себе и своих родственниках. Три его брата, известные пираты, заняли высшие военные должности в папском государстве. Сам же Косса, как советник и наставник папы Александра V, приобрел еще большее могущество. Он руководил внешней политикой святого престола И в случае смерти престарелого Александра V он должен был унаследовать святой престол».
В эти же дни Косса встретил Иму. Узнав о соборе, она уговорила мужа приехать в Пизу и вот уже десять дней жила в городе, тайно приходя к дому, где поселился Косса, в надежде увидеть возлюбленного
Балтазар снял лучший дворец в городе, чтобы там встречаться с Имой. Их идиллия продолжалась почти месяц, пока Яндра не выследила любовников. Нанятый ею убийца четыре раза ударил Иму стилетом. Негодяя схватили и заставили назвать имя заказчика убийства. Хотя раны Имы оказались несмертельными, Косса отравил Яндру…
По странному совпадению в один день с Яндрой, 3 мая 1410 года, умер и папа Александр V, и теперь уже никто не стоял на пути Коссы к престолу апостола Петра. Требовалось лишь собрать кардиналов, которые утвердили бы избрание Коссы, но прежде он расправился с епископом Фано, своим старым другом Он верно служил Косее, но был любовником Яндры и сообщил ей, где живет Има, а этого Косса простить не мог. Он убил Фано в спальне его дома, после чего отправился хлопотать по делу о своем избрании.
Конклав кардиналов собрался в Пизе 17 мая 1410 года и состоял из семнадцати человек. Большинство из них были подкуплены Коссой, он обещал им, в случае если они поддержат его кандидатуру, привилегии и льготы.
Неожиданностей не случилось: бывший пират был избран папой. Возведение на престол должно было состояться 25 мая. Косса решил, что станет Иоанном XIII, поскольку симпатизировал Иоанну XII, занимавшему папский престол за сто лет до него.
Став папой, Косса прежде всего обеспокоился пополнением собственной казны, которую он изрядно поистратил на содержание своего предшественника Александра V, а также на подкуп кардиналов.
Косса установил специальные «тарифы», по которым покупались индульгенции по отпущении грехов. Так, если человек убил мать, отца или сестру, он мог искупить этот грех, купив индульгенцию стоимостью в один дукат. За убийство жены полагалось выплатить 2 дуката, жизнь простого священника стоила 4дуката, жизнь епископа – 9, грех отравления – 1,5, прелюбодеяние – 8, а скотоложство – 12 дукатов.