Его корабль отплыл вдоль побережья прямо в Тумбес, но спустя две недели штормы, встречные ветры и течения вынудили его укрыться в бухте Святого Матвея. Писарро сошел на берег и отправился пешком на юг. Корабли нагнали его, следуя вдоль побережья. Проведя тринадцать дней в тесноте на борту трех маленьких судов, боровшихся с ветром и непогодой, солдаты были измождены. Несмотря на это, Писарро после трудного перехода через полноводные реки области Коакве совершил набег на маленький город. Испанцам повезло: они награбили золота и серебра на 20 тысяч песо, большей частью в виде грубых украшений. Сокровища он погрузил на корабли и отправил в Панаму в расчете на то, что, увидев их, остальные конкистадоры присоединятся к нему.
Затем он возобновил продвижение на юг.
Награбить больше не удалось. Деревни, попадавшиеся на пути, были покинуты, а все самое ценное унесено. Конкистадоры страдали от ужасной жары и тропических ливней. Их кожа покрывалась огромными гнойными язвами. Люди теряли сознание, умирали. Это было самое бестолковое начало кампании, когда-либо задуманное военачальником, и то, что испанские солдаты дошли до залива Пуаякиль, красноречивее всего свидетельствует об их стойкости. Походная жизнь длилась пятнадцать месяцев.
Писарро решил, что остров Пуна может стать для них подходящей базой. Обитатели Пуны враждовали с Тумбесом, лежавшим всего в тридцати милях от них. Остров был большой и лесистый, здесь можно было не опасаться внезапного нападения. Писарро устроил лагерь и стал ждать подкрепления. Во время похода на юг к нему присоединились два корабля. Первый привез королевского казначея и других чиновников, не успевших примкнуть к экспедиции, когда она отплыла из Севильи, второй – 30 солдат.
Из Тумбеса прибыли индейцы, и хотя Писарро знал, что они – заклятые враги обитателей Пуны, он принял их в своем штабе. А потом, когда два его переводчика предупредили Писарро, что вожди Пуны собрались на совет и готовят нападение, он тотчас же окружил их на месте встречи и выдал жителям Тумбеса. Итогом стала кровавая резня. На лагерь напали несколько тысяч воинов Пуны, и испанцам пришлось искать убежища в лесу. Потери были сравнительно небольшие: несколько убитых, брат Эрнандо Писарро был ранен дротиком в ногу. Но индейцы продолжали атаковать лагерь.
Когда прибыли еще два корабля с сотней добровольцев и лошадьми (кораблями командовал Эрнандо де Сото), Писарро почувствовал, что у него достаточно сил, чтобы перебраться на материк. Слабое сопротивление тумбесцев было быстро подавлено конницей Писарро. Основной отряд испанцев пересек залив на двух судах. Наконец они вошли в Тумбес – город, где, как гласила легенда, в садах висели золотые фрукты, а храмы были облицованы золотом и серебром. Однако их ждало горькое разочарование: город Тумбес в заливе Гуаякиль, описанный четырьмя годами ранее как процветающий, лежал в руинах, а его население вымерло от оспы. От него не осталось ничего, кроме крепости, храма и нескольких зданий.
Писарро лишился возможности быстро обогатиться, зато, как оказалось, получил нечто гораздо большее – ключ к завоеванию страны. Территория была раздроблена и могла вновь покориться одному правителю. Это Писарро выяснил, когда расспрашивал о причинах столь плачевного состояния города. Разрушение его было делом рук островитян с Пуны. По словам перуанцев, король-Солнце – Инка Уаскар, был слишком занят войной с братом Атауальпой, чтобы оказать городу необходимую помощь. Он даже отозвал из крепости своих воинов. Борьба за власть завершилась незадолго до высадки Писарро в Тумбесе. Атауальпа победил, и его войско пленило Уаскара. Узурпатор из Кито стал Инкой (верховным правителем), но жители Тумбеса и других районов не одобряли смены правителя.
Империя инков была раздроблена, чем и воспользовался Писарро.
Оставив часть отряда в Тумбесе, он отправился с лучшими солдатами в глубь страны, чтобы привлечь на свою сторону туземное население. Франсиско использовал политику Кортеса. Грабеж был запрещен. Доминиканские монахи обращали индейцев в христианство. Поход превратился в крестовый, и у солдат появилось ощущение их божественного предназначения. Жажда золота не уменьшилась, но теперь она рядилась в мантию христовой истины. Индейских вождей, оказывавших сопротивление, сжигали живьем в назидание другим, и вскоре вся округа была покорена.
В июне он заложил поселение на реке Чира, примерно в 80 милях к югу от Тумбеса. Поселение строилось по обычному колониальному образцу: церковь, арсенал и здание суда. Однако, несмотря на то что в Сан-Мигеле существовало законно назначенное городское правление, Писарро воспользовался своими полномочиями, данными испанским правительством. Это дало ему возможность наделить каждого колониста землей, а поскольку индейцы привыкли к палочной дисциплине, которую насаждали их собственные правители, они не роптали. Все добытое золото и серебро испанцы переплавили в слитки, и Писарро сумел уговорить солдат отказаться от своей доли. Поэтому после вычета королевской доли, пятой части, он смог отправить сокровища на двух судах в Панаму, оплатив счета экспедиции.