Почти двадцать лет спустя императором снова стал представитель рода Комнинов — племянник императора Исаака I Алексей.
Алексей, еще будучи несовершеннолетним, совершил свой первый военный поход. Это был первый и единственный поход, в котором он находился в подчиненном положении. С тех пор он выступал только как стратег-автократор.
Алексей неоднократно подавлял мятежи против византийских императоров. Если войска противника сильно превосходили его собственные, Алексей предпочитал действовать хитростью.
Против сильного Алексея и его старшего брата Исаака начали плести интриги при дворе. Решив, что лучшая защита — нападение, братья сами подняли восстание и, поддержанные войсками, 1 апреля 1081 года вступили в столицу.
Император сначала предложил Алексею стать соправителем, но, преданный всеми, потом отрекся от престола и передал власть Алексею.
Когда войска решали вопрос о том, кто будет императором, Алексей получил большую поддержку, и Исаак, хотя и был старшим братом, сам надел ему на ногу пурпурную сандалию.
Став императором, Алексей I прежде всего обратил внимание на внешнюю опасность, которая угрожала стране с трех сторон: на востоке грозили турки, запад захватил вождь сицилийских норманнов герцог Роберт Гвискар, а весь север и придунайские земли давно уже находились в руках печенегов.
Оставив горячо любимую мать заниматься внутренними делами, Алексей отправился на восток и в течение весны добился заключения мирного договора с турками. Потом он начал военные действия против норманнов.
Трижды потерпев поражение, на четвертый раз он добился успеха. Содержание армии требовало больших затрат, а денег в казне не было.
Тогда Алексей приказал переплавить все имевшиеся у Комнинов золотые и серебряные вещи. Но и этого было мало. Император отдал приказ отдать в переплавку церковную утварь. Этот шаг вызвал сопротивление священников, но Алексей не обратил на них никакого внимания.
Особенно длительной и упорной была борьба с печенегами, в течение многих лет наводивших ужас на население империи. Зимой 1091 года они даже подошли к столице. Не имея достаточно сил для сопротивления, Алексей заключил союз с половецкими ханами, подкрепив его богатыми дарами. И лишь с их помощью 29 апреля 1092 года печенеги были разбиты. Много кочевников было взято в плен. Воины императора испугались такого количества пленных, и ночью почти все были убиты. Так в одни сутки народ, наводивший ужас на соседей, был истреблен. Избавившись от внешней угрозы, Алексей занялся восстановлением городов, возрождением ремесел и укреплением армии. Он сделал ставку на наемную армию и ополчение прониаров. Прониары, подобно западным рыцарям, получали земельные наделы на условиях военной службы.
В конце 1096 года император смог проверить боеспособность своего нового войска: вместе с прибывшими крестоносцами оно участвовало в крестовом походе. Во время этого похода отношения между византийцами и крестоносцами складывались самым неблагополучным образом, постоянно вспыхивали ожесточенные схватки. Поэтому Алексей тоже стал неприязненно относиться к пришельцам. Когда пилигримы были осаждены турками в Антиохии, Алексей отказался прийти им на помощь.
В 1197 году сын Роберта Гвискара, Боэмунд, уже однажды побежденный Алексеем, снова вторгся в Иллирию, но встретившись с новым войском императора, он по достоинству оценил его мощь и признал себя и своего племянника Танкреда, владевшего Антиохией, вассалом Византии.
В последние годы своего правления Алексей много воевал с турками, в 1113 году он разгромил их под Никеей, а в 1116 году регулярными набегами опустошал окрестности турецкой столицы Иконии. В конце концов турецкий султан был вынужден просить мира.
Подписав мирный договор с турками, Алексей I заболел, а власть перешла в руки его сына Иоанна II. Алексей хотел видеть своим преемником Иоанна, а его жена больше любила дочь Анну и ее мужа Никифора Вриенния, поэтому вскоре после смерти Алексея Никифор и Анна подняли мятеж против Иоанна. Однако заговор был раскрыт. Иоанн никого из заговорщиков не наказал, он лишь на время отобрал их имущество.
Выступив против нарушивших договор турков, Иоанн захватил Лаодику и Сазополь, в 1133 году отбил у турок Кастанон и Гангры, а в 1135 году в Киликии овладел Тарсом и принял сдачу Аварназа. В 1122 году он успешно вел войну с печенегами, в 1124 — победил сербов и заключил мирный договор с венграми. В 1137 году император выступил против княжества крестоносцев Антиохии, и князь Раймонд признал его своим сюзереном. После этого Иоанн вторгся в Сирию, где взял Пизу и Сесер. Во время этого похода его малолетний сын Мануил без ведома отца вступил в неравный бой с турками и с большим трудом победил их. Император при всех похвалил сына за отвагу, а потом отвел в палатку и выпорол за самоуправство. В 1143 году на охоте Иоанн дротиком убил огромного кабана, но при этом поранился своей отравленной стрелой. Почувствовав приближение смерти, он созвал придворных и объявил своим преемником младшего сына Мануила.
Два его старших сына умерли, а третий, Исаак, прославился своей трусостью.
В первые годы правления Мануил I был щедр, милостив и приветлив к приближенным, охотно выслушивал их советы. Но со временем он изменил стиль правления и стал обращаться с приближенными как с рабами, всем ему обязанными, уменьшились и его благодеяния, т. к. все больших расходов требовало ведение бесчисленных войн.
Мануил был самым воинственным императором из Комнинов. Он воевал против турецкого султана Мансута и гнал его до самой Никонии.
Тактику партизанской войны он применил против выступивших во второй крестовый поход пилигримов. Он воевал с нормандцами и с половцами, победил сербов и венгров, вел войну в Италии.
В 1158 году Мануил снова пошел на Антиохию, но, сраженный изъявлением верноподданнической покорности князя Рейнальда, простил ему все прегрешения и женился на юной и прекрасной антиохской принцессе Марии.
В 1168 году он в союзе с иерусалимским королем Амарильхом предпринял поход в Египет, но осада Дамиетты была снята после того, как египтяне сожгли все осадные машины.
В 1176 году Мануил начал большой поход против турок. Построив крепости Доривлею и Сувлет, он направил войска на Иконию. Но его воины были разбиты в Иврицких теснинах, а сам император, один из немногих оставшихся в живых, вынужден был просить мира у турецкого султана, пообещав разрушить Доривлею и Сувлет. Но разрушил он только Сувлет. Тогда турки снова начали нападать на азиатские земли, принадлежавшие Византии. Мануил разгромил турок при переправе через реку Менандр и после этого охладел к политике. Он увлекся астрологией, а перед смертью постригся в монахи.
Сын Мануила, Алексей II, стал императором еще совсем ребенком. Все время он проводил на охоте и скачках, а управление передал в руки матери и ее любовника, своего двоюродного брата, Алексея Комнина.
Мария и Алексей, более занятые собой и своими чувствами, чем делами империи, позволили обкрадывать казну, заботы об общественных делах были забыты, а государственные советы не созывались.
Воспользовавшись начавшимися беспорядками в стране, двоюродный брат Мануила I, Андроник Комнин, объявил, что он хочет защитить права Алексея II. Это заявление привлекло к Андронику знать и войска. Алексея Комнина ослепили, Марию осудили и казнили. Короновав Алексея самодержавным государем, Андроник подготавливал почву для захвата власти. После казни Марии он был объявлен императором и соправителем Алексея, а спустя несколько дней несчастного юношу удавили тетивой от лука, отрезанную голову поднесли Андронику, а тело сбросили в море.
Первым делом Андроник женился на жене Алексея II тринадцатилетней принцессе Агнессе, которая еще не была замужем.
Пришедший к власти путем жестоких убийств Андроник и в дальнейшем проявил себя как жестокий правитель. Он убивал всех, кто мешал ему, всех, кто когда-либо хоть немного его обидел. А однажды он приказал умертвить всех заключенных, независимо от тяжести совершенных ими проступков. Все царствование Андроника было отмечено казнями и репрессиями.