Картина ясно говорила о появлении в русской живописи нового, интересного, значительного, своеобразного мастера. Нестеров отправил картину на Семнадцатую передвижную выставку, где он впервые участвовал в качестве экспонента, но еще до вернисажа картину приобрел Третьяков.
На вырученные за картину деньги в мае 1889 года Нестеров едет за границу, изучает великих мастеров прошлого в городах Италии, а также в Париже и Дрездене. Сильное впечатление произвели на него итальянские мастера XV века: Фра Беато Анжелико, Сандро Боттичелли, Филиппо Липпи. Его поразила прежде всего их необыкновенная духовность: «Сила их – есть сила внутренняя… Внешний же вид настолько первобытен и прост, что разве и поражает чем – это необыкновенной наивностью».
Вернувшись, он поселяется в деревне недалеко от Абрамцева и приступает к работе над новой картиной – «Видение отроку Варфоломею» (1889–1890).
Рассказывая о том, как создавалась картина «Видение отроку Варфоломею», Нестеров говорил: «Она писалась как легенда, как стародавнее сказание, шла от молодого пораненного сердца, была глубоко искренна…»
При всей условности сюжета пейзаж «Варфоломея» конкретен, он отмечен тонкими исканиями в области колорита, светлой и нежной мелодией цвета. Ему, так же как и другим лучшим пейзажам художника, присуще проникновенное чувство родного, национально-русского.
«Видение отроку Варфоломею» при своем появлении на Передвижной выставке 1890 года вызвало самые противоречивые суждения. Мнения о ней, вспоминал Нестеров, резко разделились, одни горячо ее приветствовали, но многие из «старших членов Товарищества», к которым примкнул и Стасов, высказывались против картины, усмотрев в ней отступление от реалистических методов изображения.
В девяностые годы Нестеров создал еще несколько полотен, посвященных Сергию Радонежскому. Но все они гораздо слабее первого.
С начала девяностых годов начинается длительный период, когда Нестеров в основном занимался храмовой живописью. Пятнадцать лет провел художник на лесах различных церквей и соборов. По его эскизам выполнены росписи Владимирского собора в Киеве (1890–1895), где Нестеров выступил прямым продолжателем В.М. Васнецова, мозаики и иконы церкви Спаса на крови в Петербурге (1894–1897), росписи церкви храма Александра Невского в Абастумани (1902–1904), храма Марфо-Мариинской обители в Москве (1908–1911). Эти декоративные ансамбли – образцы не только православной эстетической традиции, но и своеобразного «церковного модерна». В образах нарастает лирическое начало, иконность сменяется психологической драмой. Нестеров, по словам В.В. Розанова, «пишет не Христа», а «как человек прибегает к Христу».
Сам Нестеров довольно критически оценивал свои церковные росписи: «Может, мои образа и впрямь меня съели, ну быть может, мое "призвание" не образа, а картины – живые люди, живая природа, пропущенная через мое чувство, словом – "опоэтизированный реализм"».
Под влиянием романов Мельникова-Печерского, посвященных заволжским старообрядцам, Нестеров решил, по его собственным словам, «написать красками роман, роман в картинах…». Художник написал три из пяти задуманных «глав» романа – картины «На горах» (1896), «Великий постриг» (1897–1898) и «На Волге» (1905).
По поводу первой из них были сказаны им программные, по сути дела, слова: «Связь пейзажа с фигурой… одна мысль в том и другом, способствуя цельности настроения».
«Именно эта цельность, присущая всем трем работам, гармония действия и среды, в которой это действо происходит, органическая живописность снимают с картины-сюиты налет прямой повествовательности, заставляют воспринимать их не как прозаические произведения, несмотря на явно выступающую в них фабулу, а как лирические стихотворения, – пишет А.А. Русакова. – В дальнейшем, не желая расставаться с темой женской души, Нестеров создал ряд небольших картин, пронизанных чисто русской "любовью-жалостью" к их героиням, – "Думы", "Усталые", "Лето"».
25 сентября 1898 года художник был избран академиком живописи. В июле 1902 года Нестеров вступает в брак второй раз. Его избранницей становится Екатерина Петровна Васильева. Жениху – сорок лет, невесте – двадцать два. «Она действительно прекрасна, высока, изящна, очень умна, по общим отзывам дивный, надежный, самоотверженный человек», – писал о ней Михаил Васильевич. В 1904 году рождается дочь Анастасия, прожившая совсем недолго. В 1907 году у Нестеровых появляется сын Алексей.
«1900–1910-е годы – один из самых ярких, интересных и в то же время противоречивых периодов в творчестве Нестерова, – пишет Н.П. Шарандак. – В его произведениях появились новые черты, которые станут характерными для дальнейшего искусства художника: он все чаще обращался к крупнофигурным композициям, стремился к монументальности и обобщенности форм. Изменился и эмоциональный настрой полотен. В них усилились тревожные ноты, мотивы одиночества, страдания…»
Усилился интерес Нестерова к религиозно-философским исканиям. Оторванность от жизни нестеровской философии привела художника к крупному творческому поражению, которым явилась картина «Святая Русь» (1901–1905)… Русский народ художник изобразил в качестве народа-богоискателя. Очень верную оценку дал картине Л.Н. Толстой, назвав ее «панихидой русского православия». В 1905–1906 годах был создан первый портретный цикл художника, принесший ему славу одного из самых серьезных своеобразных портретистов начала века.
Вот что пишет А.А. Русакова: «Застывшая, замершая, с устремленным вдаль взглядом больших печальных глаз, сидит хрупкая молодая женщина, жена художника ("Портрет Е.П. Нестеровой", 1905). Забилась в кресло его дочь, в бледном лице которой много затаенной тоски ("Портрет О.М. Нестеровой", 1905). В другом, знаменитом ее портрете ("Амазонка", 1906), несмотря на уверенную грацию утонченной светской девушки, кажется, что она так же одинока, как женщины нестеровских картин, и ее элегантный строгий туалет не мешает видеть, что чертами прекрасного лица она напоминает излюбленный художником женский тип. Одновременно Нестеров сумел уловить в лице своей дочери выражение неудовлетворенности и неопределенных стремлений, характерных для части русской интеллигентной молодежи начала века. Живописная загадка портрета, особая его острота вытекает из противопоставления четкого, подчеркнутого силуэта фигуры очень "нестеровскому" пейзажному фону. Спокойные воды широкой реки, бледное небо, розоватый отблеск заходящего солнца на низком луговом берегу – все это сообщает картине тихую прелесть. Может быть, именно эти черты делают "Амазонку", такую "европейскую" по изобразительному языку, удивительно русской по сути образного содержания».
После 1907 года художник возвращается к старым мотивам, в его произведениях снова появляется образ человека, ушедшего от мирской суеты, посвятившего свою жизнь религии («Схимник», 1910; «Лисичка», 1914).
В 1917 году он пишет картину «Философы», которую впоследствии считал одной из лучших своих работ. Нестеров изобразил двух крупных религиозных мыслителей того времени – П.А. Флоренского и С.Н. Булгакова.
«Художник заостряет характерные черты облика каждого из изображенных, – отмечает Н.П. Шарандак. – Мы не ощущаем сочувствия Нестерова к своим моделям. Он смотрит на них со стороны, даже несколько холодно. К "Философам" примыкает по глубине и остроте характеристики написанный несколько ранее "Автопортрет" (1915) и полотно "Архиепископ" (1917). Этими произведениями завершается дореволюционный период творчества художника».
Гражданская война надолго отрезала Нестерова от Москвы, он был в Уфе, тяжело болел в эти годы и не мог заниматься любимым делом в полную силу. Только в 1920 году художник перебрался в Москву. Нелегким было его материальное положение. В ту пору он писал Турыгину: «Не работается, ни к чему. Повторять себя надоело, а новых мыслей нет, а те, что есть, – около печки сидя, не напишешь».