Всё же им приходилось с ним считаться. Когда царская рать государя Василия Шуйского летом 1609 года попыталась овладеть Тушиным, именно казаки Ивана Заруцкого остановили московское войско в бою на берегах реки Химки. Когда Тушинский лагерь стал распадаться, атаман решил перейти на службу к польскому королю Сигизмунду III.
Когда польское коронное войско вознамерилось пойти новым походом на Москву, подданные короля в Тушине получили приказ оставить лагерь самозванца. Сразу после получения такого известия донские казаки, захватив с собой Лжедмитрия II и его жену Марину Мнишек (которая «узнала» в «тушинском воре» своего мужа царя Дмитрия I — Григория Отрепьева), бежали в Калугу.
В Калуге, которая стала «царской столицей», Заруцкий вступил в связь с царицей Мариной, которая, оказавшись в России, так и не пожелала перейти из католичества в православие. После убийства Лжедмитрия II личной охраной из касимовских татар атаман хотел покинуть город, но казаки удержали его у себя силой.
Считается, что в Калуге он тайно женился на вдове Марине Мнишек, которая уже родила сына Ивана. На Руси этого младенца-«царевича» называли «ворёнком».
…Когда рязанский воевода Прокопий Ляпунов стал собирать Первое земское (народное) ополчение для освобождения первопрестольной Москвы от поляков, Заруцкий примкнул к нему со своими казаками. В январе 1611 года атаман в звании боярина вошёл в состав земского правительства вместе с Ляпуновым и князем Дмитрием Трубецким.
Считается, что Заруцкий был лично причастен к убийству казаками воеводы Прокопия Ляпунова. Одним из доказательств стало то, что после гибели от казачьих сабель рязанского воеводы именно Иван Заруцкий стал добиваться своего главенства в земском правительстве.
С началом формирования Второго земского ополчения князя-воеводы Дмитрия Пожарского и нижегородского купца Козьмы Минина боярин-атаман стал его противником. Когда ополчение выступило в освободительный поход на Москву, он пытался организовать покушение на князя Пожарского, но был разоблачён.
Когда ополчение земцев приблизилось к Москве, Иван Заруцкий с немногочисленным отрядом казаков бежал из-под столицы в Коломну. Там под стражей находилась Марина Мнишек с сыном. Город Коломна был разграблен, а Заруцкий ушёл в рязанский Михайлов.
В начале 1613 года, спасаясь от преследования, Иван Заруцкий вместе с Мариной и «ворёнком» стали уходить всё дальше от Москвы на юго-восток. По пути грабились селения. Разгрому подверглись города Епифань, Крапивна, Дедилов. Отряд Заруцкого редел, поскольку многие казаки «отложились» от своего атамана, пролившего немало безвинной крови мирных людей.
В августе 1613 года против опасных беглецов, претендовавших на царский престол, был направлен из Москвы с войском князь Одоевский. Под Воронежем произошёл двухдневный бой. Атаман Заруцкий окончательно разбит не был, и со своим отрядом бежал в Астрахань. Дальнейшие события разворачивались так.
«В Астрахани, которой Заруцкий овладел при помощи ногайских татар зимой 1613 года, он казнил воеводу князя Хворостинина и многих других, не разбирая ни сана, ни пола, ни возраста. Грабил бухарских и персидских купцов. Выкрал из Троицкого монастыря серебряное паникадило, из которого сделал себе стремена. Пытался вступить в сношения с персидским шахом Аббасом и рассылал грамоты от имени царя Дмитрия Ивановича, царицы Марины и царевича Ивана.
Выведенное из терпения бесчинствами Заруцкого, население Астрахани наконец восстало против него. И он, запершись в кремле с тремя сотнями верных ему людей, начал громить Астрахань из пушек.
В ночь на 12 мая 1614 года, когда к Астрахани приблизился передовой отряд царских войск (700 человек под командой стрелецкого головы Хохлова), Заруцкий бежал вверх по Волге, в Ногайскую сторону. 14 мая спустился вниз по Волге, на трёх стругах вышел в Каспийское море, пробираясь на Яик (Урал).
24 июня царские войска осадили Медвежий городок на Яике, где Заруцкий с Мариной и её сыном находился как бы в плену у казачьего атамана Уса. На следующий день казаки выдали опасных беглецов, которые 6 июля были доставлены в Астрахань, а оттуда в Москву».
…Атамана-воеводу «тушинского вора» в Москве ожидала смертная казнь: он был посажен на кол. Казнён был и «ворёнок» — малолетний «царевич» Иван. Марина Мнишек была заточена в Коломне, где и закончила свою жизнь, до последнего отстаивая своё «законное право» на русский престол.