С этого момента начинается третья, фантастическая часть жизни барона, ставшая самой короткой.
Обвинение, которое подготовили епископ Нантский Жан де Малеструа и инквизитор Жан Блуэн, представлявший главного инквизитора Франции Гильома Меричи, состояло из 47 пунктов, охватывавших три главных вопроса: оскорбление служителя церкви (за совершение насилия над Ферроном), вызывание демонов и сексуальные извращения с детьми. Например, в пункте 16 утверждалось, что «в одной из нижних комнат замка, или крепости Тиффож, принадлежавшего жене вышеназванного Жиля, около пяти лет назад монсеньор Франческо Прелати, самозваный специалист в запрещенном искусстве геомантии, и Жан де ла Ривьер начертили множество магических знаков, кругов и цифр. Также в некоем лесу около вышеназванной крепости Тиффож некто по имени Антуан де Палерм из Ломбардии вместе с другими волшебниками и вызывателями демонов занимался гаданием и вызыванием злых духов по имени Орион, Вельзевул, Сатана и Велиал с помощью огня, фимиама, мирры, алоэ и других ароматических веществ».
Кроме вызывания духов, в обвинении упоминались и человеческие жертвоприношения. В 15-м пункте обвинения читаем: «Вышеназванный обвиняемый Жиль де Рэ и его сообщники брали невинных мальчиков и девочек и бесчеловечно забивали их, убивали, расчленяли, сжигали и подвергали всяким пыткам, а вышеупомянутый Жиль, обвиняемый, приносил тела упомянутых невинных детей дьяволам, призывал и заклинал злых духов и предавался гнусному содомскому греху с маленькими мальчиками и противоестественно удовлетворял свою похоть с молоденькими девочками».
Другие обвинения дополняли перечисленные преступления. В одном говорилось, что Жиль де Рэ приказал «сжечь тела вышеназванных невинных детей и выбросить их в рвы и канавы вокруг упомянутых замков и в выгребные ямы упомянутого замка Ла-Сюэ». В другом утверждалось, что де Рэ якобы предлагал «руку, глаза и сердце одного из упомянутых детей со своей кровью в хрустальном кубке демону в знак уважения и поклонения». В третьем – Рэ подвергался судебному преследованию за хранение и чтение запрещенных книг по магии.
В целом де Рэ был осужден как «еретик, вероотступник, вызыватель демонов... повинный в преступлениях и противоестественных пороках, содомии, богохульстве и осквернении неприкосновенности святой церкви».
13 сентября 1440 года епископ вызвал де Рэ (не оказавшего сопротивления) в суд. Предварительные слушания состоялись 28 сентября, 8, 11 и 13 октября, официальный суд начался 15 октября.
После шести заседаний 19 октября де Рэ был подвергнут пытке, и, чтобы получить необходимые изобличающие показания, его слуги и четыре предполагаемых сообщника были также подвергнуты пытке. В целом были заслушаны 110 свидетелей, включая доносчиков.
Показания в гражданском суде связывались с исчезновением детей. Типичным было свидетельство Тома Эйсе:
«Томас Эйсе и его жена, проживающие в Сент-Питергейте, свидетельствуют под присягой, что они жили в Машекуле в течение года и были там на прошлое Рождество. И тогда, поскольку они были бедными людьми, они отправили своего сына, около десяти лет, просить подаяние в замок Машекуль, где тогда находился сир де Рэ, и с того времени не видели вышеназванного ребенка и не имели вестей о нем».
После пяти заседаний светского суда, начавшегося в 2 часа пополудни в пятницу 21 октября 1440 года, де Рэ был подвергнут пытке. Наконец он пообещал сознаться «добровольно и свободно» (как отмечено в судебных отчетах). Теперь де Рэ подтвердил все выдвинутые против него обвинения. Инквизитор объявил барона виновным в вероотступничестве, ереси и вызывании демонов, епископ обвинил его в содомии, богохульстве и осквернении привилегий церкви. Духовные суды продолжались почти 40 дней и завершились решением передать барона светским властям для наказания. Тем временем гражданский суд под председательством Пьера де Лопиталя, канцлера бретанского парламента, снова предъявил обвинение в убийстве (чего не могли сделать церковные суды) и вскоре осудил его по этому обвинению.
26 октября 1440 года в Нанте после молитвы и покаяния Жиль де Рэ (накануне отлученный от церкви) был задушен, а его тело положили на погребальный костер вместе с телами двух его сообщников (Анри Гриара и Пуату). Затем, однако, его родственникам было разрешено взять тело, прежде чем огонь доберется до него, и поместить в ближайшую кармелитскую церковь.
Судебное разбирательство по делу барона де Рэ выглядело как незаконное. Ни один из 5000 слуг барона не был вызван в суд для дачи показаний, незначительные показания вообще не заслушивались, а его собственные приближенные подвергались пыткам и, дав показания против барона, освобождались.