Высказав ряд обвинений против Савонаролы, папа лишь подозревал его в ереси, да и то лишь потому, что слышал о ней от других. Этим ясно доказывается, что обсуждений и исследований учения Савонаролы не проводилось.
Отлучение обосновывалось только нежеланием Савонаролы, как приора монастыря Св. Марка, присоединить свой монастырь к новой Тоскано-Римской конгрегации. Церковь не могла объявить учение Савонаролы еретическим.
Как бы там ни было, а отлучение прибыло во Флоренцию и 18 июня с великой торжественностью было объявлено в церквах Санта-Кроче, Санта-Мария Новелла, Санто-Спирито, Аннуччиата и Бадиа. Оно было прочитано в присутствии всех монахов, при зажженных факелах и при звоне колоколов. Затем огни были потушены и все погрузилось в тишину и мрак.
Савонарола стал готовиться к защите. 19 июня 1497 года он написал «Письмо всем христианам и возлюбившим Бога против отлучения, добытого обманом». 8 июля Савонарола написал письмо папе, в котором говорилось: «Св. Отец, Ваши порицания огорчают нас безмерно, потому что Республика всегда питала уважение к Св. Престолу».
Попытки умилостивить папу оказались не совсем безнадежными.
Савонарола получил предложение весьма странного характера. Утверждают, будто кардинал Сиены дал понять ему, что если одному из его кредиторов будет уплачена сумма в 5000 скуди, то он выхлопочет ему отмену осуждения. Савонарола с негодованием отверг это бесстыдное предложение.
Противники Савонаролы написали в Рим петицию, в которой изложили обвинения. Подписали ее 363 человека. В течение 6 месяцев Савонарола, запершись в своей келье, излагал свое учение: он доказал недействительность отлучения, указав, что добрый католик может противиться неправильным приказаниям папы.
Дело Савонаролы обсуждалось в те дни весьма горячо, было опубликовано множество брошюр в его защиту.
И вот в день Рождества Христова Савонарола отслужил 3 торжественные мессы. Затем он объявил, что в ближайшее воскресенье будет проповедовать. «Некоторые думают, что это отлучение, хотя, может быть, и не действительное в очах Божьих, но все же имеет силу для церкви. Для меня достаточно, если я не буду осужден Христом!»
18 марта 1498 года он закончил свою проповедническую деятельность, продолжавшуюся 8 лет. Савонарола не совершил чуда и не заставил своих врагов замолчать.
Он сам отдался в руки посланцев Синьории. Савонарола был подвергнут допросу уже в первую ночь своего заключения, с 8-го на 9 апреля.
При обсуждении вопроса об аресте проповедника и его влиятельных сторонников мессер Гвидантонио Веспуччи предложил: «Монах Джироламо должен быть допрошен умудренными житейским опытом мужами, которые сохранят ответы его в секрете; по окончании же процесса можно будет обнародовать лишь то, что заблагорассудится сиятельным членам Синьории. В Рим посылать монахов не следует, но папа должен быть уверен, что они будут содержаться под крепкой стражей». На том и порешили. Сначала допрос вели флорентийские власти. Позднее, в мае, от папы прибыли генерал Доминиканского ордена Д. Туриано и главный судья Рима Ф. Ромолино для расследования дела Савонаролы. «Мы устроим из него хороший костер», – пообещал Ромолино флорентийским властям, поблагодарив одновременно за любезное предоставление в распоряжение гостя молодого пажа, роль которого с успехом исполняла какая-то бойкая девица.
Чтобы добиться нужных показаний, прибегли к обычному средству – пытке на дыбе, которой Савонарола был подвергнут еще до приезда высоких сановников святого престола. Содержание его показаний было таково, что судьи признали необходимым немедленно скрыть написанные им листы, а впоследствии и совершенно их уничтожить.
Не в силах выдержать дальнейшие мучения, монах признавал возводимые на него обвинения, но только для того, чтобы вскоре, собравшись с духом, объявить собственные слова лживыми, сказанными из страха перед новым допросом.
«В течение всего процесса, – писал известный итальянский историк П. Вилари, – мы видим Савонаролу таким же, каким знали его и до сего времени. В нем как-то уживались вместе гений и суеверие, возвышенные идеи и самые обычные софизмы, высочайший героизм и временами совершенно неожиданная слабость».
После очередного вздергивания на дыбу у подсудимого вырвали «раскаяние» и заявление, что в его намерения входило низложение папы и что эти планы были следствием его гордыни, слепоты и глупости.
Получив все нужные показания, посланцы Александра VI передали Савонаролу и двух его последователей – монахов Фра Сильвестра и Фра Доменико – в руки светской власти.