В 48 году до н. э. воспитателю молодого Птолемея XIII, евнуху Пофину, удалось поднять против Клеопатры столицу государства — Александрию. Евнух обвинял юную царицу в стремлении к единодержавию и готовности прибегнуть ради этого даже к помощи Рима. По его словам, она уже кое-что предприняла вместе со своим любовником Гнеем Помпеем, прозванным Великим. Ему она отдалась в благодарность за то, что он за семь лет до того помог её отцу утвердиться на египетском престоле.
Возмутившийся народ угрожал жизни Клеопатры. И она с несколькими преданными ей лицами сочла за лучшее бежать из Александрии, не признав, однако, себя побеждённой.
Брат и сестра, муж и жена — каждый из них готовился кровью отстаивать свои права.
Но тут вмешался Юлий Цезарь, узнавший о распре молодых. Суровый римлянин приказал Птолемею XIII и Клеопатре распустить свои войска и явиться к нему для личных объяснений. Хитрый евнух передал Клеопатре лишь одно распоряжение Цезаря, касающееся войск, скрыв, что её ожидают в Александрии. Своего же воспитанника он спешно послал к Цезарю, но ни словом не обмолвился о первой части приказа.
Цезаря удивило отсутствие Клеопатры, и, прежде чем что-то решить, он тайно отправил к ней гонца в Пелузу.
Царица с нетерпением ждала известий. Доверяя великому полководцу, она немедленно распустила войско. Клеопатра понимала, что ей во что бы то ни стало надо увидеться с «божественным Цезарем». Наконец прискакал гонец, открывший ей истину. Но как пробраться в столицу? Взяв с собой только одного раба, царица на простой рыбачьей лодке ночью прибыла в Александрию. Преданный раб Апполодор завернул царицу в кусок пёстрой ткани, затянул ремнём и, взвалив этот тюк на спину, благополучно добрался до покоев Цезаря, где и возложил к его ногам драгоценную ношу.
Божественная Венера вышла из морской пены, скромная смертная Клеопатра появилась из пёстрой ткани. Ей только что минуло 19 лет. Её странная, обольстительная красота была в полном расцвете. Если добавить, что она обладала удивительным мягким, мелодичным голосом нильских сирен, станет понятным, что поражённый и восхищённый Цезарь потерял голову. Первое свидание римлянина с египтянкой продолжалось почти до утра… Клеопатра торжествовала!
Несмотря на усилия Цезаря, волнения не улеглись, произошли даже столкновения между римлянами и египтянами. Цезарь с Клеопатрой оказались окружёнными во дворце, но вовремя подоспело подкрепление. Птолемей XIII утопился в Ниле. Так окончилась война, известная как «Война Клеопатры», поскольку Цезарь сражался только из любви к царице.
Наведя порядок в Александрии, полководец тотчас, чтобы не раздражать египтян, выдал Клеопатру замуж за её второго брата Птолемея XIV, Неотероса, болезненного шестнадцатилетнего юношу. И этот брак, и двудержавие были фиктивны. Царица оставалась любовницей Цезаря и одна правила государством, опираясь на римские копья.
Диктатора вызвали в Рим, где начались беспорядки и лилась кровь, но тщетно: долг, интерес, обязанности — всё было забыто в объятиях лукавой чаровницы. Они собирались в путешествие по Нилу, мечтая в старых египетских городах наслаждаться своею молодой любовью. Увы, накануне путешествия римские легионеры взроптали, принуждённые, ради прихоти Цезаря, прозябать вдали от своей родины, и только это отрезвило любовника Клеопатры.
Спустя несколько месяцев Клеопатра родила сына, которого назвала Птолемеем-Цезарионом, обнародовав таким образом свои отношения с Цезарем. Впрочем, они не были особым секретом для александрийцев.
Вернувшись в Рим, диктатор заскучал без красавицы и вызвал её к себе. Клеопатра приехала в середине лета 46 года до н. э. вместе с сыном, псевдомужем и в сопровождении огромной свиты. Цезарь уступил египетской царице свою великолепную виллу на правом берегу Тибра, и всё свободное время проводил там. В Риме никто не придавал значения тому, сколько любовниц имел Цезарь, однако, признав публично женщину своей любовницей, он наносил оскорбление всей республике. В храме Венеры была установлена золотая статуя «александрийской куртизанки», и ей воздали божественные почести. К оскорблению народа добавилось оскорбление богов! Распространился слух, будто Цезарь намерен сделать своим законным наследником сына Клеопатры. По мнению Кассия, именно подобные слухи и само поведение «божественного» сократили ему жизнь.