В двадцать один год Аввакум стал дьяконом, а в двадцать три «был поставлен в попы» в селе Лопатицы. Но долго он в Лопатицах не удержался из-за своего строптивого характера и ссоры с местным воеводой. В 1647 году Аввакум был вынужден вместе с женой и новорожденным сыном отправиться в Москву искать защиты от преследования властей. В столице он познакомился с царским духовником Стефаном Вонифатьевым и его единомышленниками – «ревнителями древлего благочестия», поставившими цель поднять религиозный и нравственный уровень духовенства, придать благообразие и чинность беспорядочной и суетной церковной службе.
Заручившись поддержкой Вонифатьева, Аввакум возвращается в Лопатицы. В Москве он поклялся «отцам», что будет «ревновать во Христе» и стараться о благочестии. Однако его усердие по исправлению нравов вновь воздвигло «бурю» и гнев «начальников». В конце концов, он вынужден был покинуть Лопатицы и переехать в Юрьевец-Повольский, где был рукоположен в протопопы, но и на новом месте продержался недолго, восстановив на этот раз против себя уже и местный клир и прихожан суровой проповедью нравственности. Ему уже было за тридцать, когда он «вдругорядь сволокся к Москве» и стал служить в Казанском соборе, где настоятелем был его покровитель Иван Неронов, входивший в круг ревнителей благочестия.
Наступил 1652 год, год изгнания взбунтовавшимся народом Аввакума из Юрьевца, год смерти московского патриарха Иосифа. Три последних года жизни патриарха русской церковью фактически руководили ревнители благочестия. С ними полностью был солидарен архимандрит новгородский Никон, который у себя в Новгороде осуществлял их идеи, непрестанно советуясь с ревнителями.
Реальных претендентов на патриарший престол было двое: «отец духовный» царя Стефан Вонифатьев и «собинный (особый) друг» царя честолюбивый и энергичный Никон. Царский духовник прямо указал на Никона как на достойного преемника покойного патриарха. Для ревнителей благочестия Никон был «наш друг», и они его поддержали. Как потом напишет Аввакум, не знали они, что «врага выпросили и беду на свою шею».
Как только Никон был поставлен патриархом, он сразу же изменил свое отношение к прежним друзьям, сразу же «возлюбил стоять высоко, ездить широко». Оговорив себе право быть независимым даже от царя, он тем более не собирался выслушивать назидания и обличения ревнителей.
Никон принял единоличное решение провести реформу русской церкви «по греческому чину». Этим он сразу же превратил ревнителей благочестия в своих врагов. Они верили в непогрешимость русских книг и русских обрядов и не верили грекам, потерявшим истинную веру, достоинство и добрые нравы под турецкой властью.
Первым выступать перед народом, обличая нововведения патриарха, стал протопоп Аввакум. После изгнания Ивана Неронова из Казанской церкви и заключения его в Спасов-Каменный монастырь, Аввакум отказался служить по новому образцу в Казанском соборе и демонстративно перенес службу во двор опального Неронова, приспособив для этой цели «сушило» – сарай для сена. Во время всенощной он был схвачен и посажен на цепь в подземелье московского Андроникова монастыря. Три дня и три ночи здесь держали протопопа, не давая ему пищи и воды. На четвертый день вывели Аввакума из погреба и стали уговаривать подчиниться патриарху, но перенесенные истязания лишь утвердили протопопа в мысли, что он страждет за правую веру.
Так начался крестный путь Аввакума. Никакие пытки и истязания, гонения и ссылки, уговоры царя и бояр, обещания земных благ за отказ от своих убеждений не смогут заставить его прекратить борьбу против «блудни еретической» – Никоновой реформы. «Держу до смерти, яко же приях; не прелагаю предел вечных, до нас положено: лежи оно так во веки веком!» – под таким девизом пройдет его вся дальнейшая жизнь.
17 сентября 1653 года Аввакум «за ево многое бесчинство» был сослан в Сибирь. Тринадцать недель везли мятежного протопопа вместе с семьей в Тобольск, много лишений и нужды пришлось им вытерпеть на этом длинном пути. В Тобольске Аввакум оставался недолго: пришел из Москвы указ ехать на Лену, а по дороге туда, в Енисейске, застал его новый указ – отправляться ему в Даурию под начальство воеводы Афанасия Пашкова. Воеводе было приказано искать в Даурской земле пашенные места с угодьями и в этих местах ставить остроги. В эту колонизационную экспедицию и был направлен Аввакум в качестве священника, из-за чего он оказался в прямой зависимости от начальника отряда.