Пашков, по отзыву самого Аввакума, был «суров человек», и ему будто бы «с Москвы от Никона приказано» было мучить Аввакума. Конфликт между воеводой и протопопом обозначился с первых дней их совместного путешествия и скоро превратился в упорную борьбу, о которой сам Аввакум впоследствии сказал: «…он меня мучил или я ево, – не знаю, Бог разберет в день века».
Вместе с мужем в далекую ссылку, в неведомые земли безропотно шла Настасья Марковна. Она рожала и хоронила по дороге детей, вытаскивала их из реки во время бури, спасала детей от голодной смерти, выкапывая коренья и подбирая недоеденные волками объедки. Марковна помогала мужу стойко переносить все невзгоды, и лишь однажды из ее истерзанной груди вырвался крик отчаяния: «Долго ли муки сея, протопоп, будет?» Но стоило протопопу вместо утешения сказать: «Марковна, до самыя смерти!», как, собрав все силы и волю, она со вздохом ответила: «Добро, Петрович, ино еще побредем!»
За вычетом того небольшого срока, когда Аввакуму было еще разрешено служить в церкви в Тобольске, почти все годы ссылки он разделял условия походного быта казаков-первопроходцев: тянул в ледяной воде дощаник, волок сани, валил и гнал по рекам строевой лес, ставил срубы, промышлял рыбу и зверя. Нужда и голод, побои и издевательства, полная зависимость от жестокосердного начальника только духовно укрепляли протопопа. В Сибири родилась слава Аввакума как героя и мученика за веру и правду, и молва о его подвиге и стойкости достигла Москвы.
Прошло почти одиннадцать лет. Протопопу приказано было вернуться в Москву, куда он и приехал в 1664 году. Никон к этому времени был уже отстранен от руководства церковью, и царь, фактически возглавивший церковную реформу, захотел «милостью» склонить Аввакума на свою сторону. Но протопоп и в Москве проявил свою непреклонность. Как царь и бояре ни старались переубедить его, прибегая к лести и подкупу, терпения мятежного протопопа хватило только на несколько месяцев. А потом он разразился гневной челобитной к царю, самовольно стал восстанавливать старые обряды и открыто проповедовать свои взгляды, вследствие чего «запустошил церкви» в Москве. Царь и власти в августе 1664 года приняли решение снова отправить его в ссылку в Мезень. Спустя полтора года протопопа вновь привезли в Москву, где был собран церковный собор для разбора и обличения раскольничьих заблуждений. Но и здесь, как гласит официальный документ, Аввакум «покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и священный собор укорял и неправославным называл». Тогда по решению собора Аввакум был расстрижен, предан проклятию как еретик и отправлен в Пафнутьев монастырь, где «заперши в темную полатку, скована держали целый год».
После новых бесполезных увещеваний, которые продолжались больше года и в которых со стороны церковных властей принимали участие прибывшие в Москву вселенские патриархи, Аввакум вместе со своими единомышленниками, попом Лазарем и иноком Епифанием, был отправлен в Пустозерский острог на Печоре, «место тундряное, студеное и безлесное». Здесь Лазарю и Епифанию были вырезаны языки и искалечены правые руки. Относительно Аввакума ограничились заточением в земляном «срубе», посадив его на хлеб и воду. Этот сруб представлял собой вырытую в земле глубокую яму, которую у входа охраняли стрельцы. Но и «осыпанный» мерзлой землей, без книг, Аввакум продолжал свою деятельность. Не имея возможности проповедовать в церкви и на площади, он взялся за перо, а не случалось пера под рукой – писал «в темнице лучинкою». Из пустозерского «рва» через «верных людей» передавались пламенные послания Аввакума сначала в Мезень, а оттуда в Москву. Никогда слава Аввакума не была так велика, а его деятельность столь опасна для властей, как теперь, когда он был заживо погребен за Полярным кругом. Не без прямого воздействия пустозерских писаний началось в 1668 году и продолжалось восемь лет Соловецкое восстание. Теперь Аввакум уже не столько уговаривал царя, сколько угрожал. Так, в челобитной к молодому царю Федору Алексеевичу он писал, что отец его угодил прямо в ад. Здесь содержался прямой намек – ведь царь Алексей Михайлович умер сразу после подавления Соловецкого восстания, проклятый его участниками. Это послание решило судьбу мятежного протопопа и его соузников. 14 апреля 1682 года осужденных привязали к четырем углам сруба, завалили дровами и берестой и сожгли.