В конце 786 года он выступил против герцога Беневентского Арихиза, владевшего южной частью Апеннинского полуострова и мечтавшего объединить под своей властью всю Италию. В начале 787 года Карл уже был в Риме, а затем подошёл к Капуе. Напуганный этой стремительностью, Арихиз отступил к Салерно и оттуда отправил к Карлу своего сына для переговоров. Он обещал полное повиновение, лишь бы король не опустошал его территории. Карл согласился. После этого сам герцог и его народ принесли королю франков присягу в верности. Таким образом, вся Италия, до самого юга, признала власть франкского короля. Развязав себе руки в Саксонии и Италии, Карл обратился против баварского герцога Тассилона, старого союзника лангобардов. В том же году он окружил Баварию с трёх сторон войсками. Тассилон вынужден был принести клятву верности. В 788 году Карл вызвал герцога на суд, низложил и заставил постричься в монахи. Герцогская власть в Баварии была упразднена, а страна отдана под управление графам.
Затем началась тяжёлая аварская война. По свидетельству биографа Карла Эйнгарда, она была самой ожесточённой после саксонской и потребовала от франков очень больших издержек. Летом 791 года армия Карла тремя различными путями вторглась в страну аваров и дошла до Венского леса, где были их главные укрепления. Покинув свой лагерь, авары бежали вглубь страны, франки преследовали их до впадения реки Раб в Дунай. Дальнейшее преследование прекратилось вследствие массового падежа лошадей. Армия вернулась в Регенсбург, нагруженная большой добычей. Весь год Карл провёл в этом городе, но от нового похода против авар его отвлекло восстание саксов. Размах его превзошёл даже события 785 года. К саксам присоединились фризы и славяне. Повсюду были разрушены храмы и перебиты франкские гарнизоны. Осенью 795 года король с сильной армией опустошил Саксонию и дошёл до Нижней Эльбы. Но едва он ушёл, восстали саксы, проживавшие к северу от Эльбы (в Нордальбингии). Карл должен был обратиться против них. Тем временем хорутанский князь Войномир возобновил войну против авар, взял их укреплённый лагерь и захватил богатую добычу. Летом 796 года сын Карла Пипин вновь напал на авар, опустошил всю их страну и разрушил до основания хринг. После этого похода, по словам Эйнгарда, в Паннонии не осталось в живых ни одного её обитателя, а место, на котором находилась резиденция кагана, не сохранило и следов человеческой деятельности. Воинственный народ авар, в течение нескольких столетий наводивший ужас на всю Восточную Европу, перестал существовать.
Сам Карл с сыновьями Карлом и Людовиком воевал в Саксонии. В конце лета - начале осени 797 года он начал грандиозный поход по суше и по воде и, опустошая всё на своём пути, подошёл к Нордальбингии. Со всех сторон к нему сбежались саксы и фризы, дав большое число заложников. В ходе экспедиции Карл расселил в Саксонии франков, а многих саксов увёл с собой в Франконию. Весной 798 года он подверг полному опустошению земли между Везером и Эльбой. Одновременно союзные франкам ободриты разбили нордальбингов у Свентаны, перебив до 4 тысяч саксов. После этого Карл смог вернуться во Франконию, ведя за собой до полутора тысяч пленных. Летом 799 года король вместе с сыновьями отправился в последний поход против саксов. Сам он оставался в Падерборне. Тем временем Карл Юный завершил усмирение Нордальбингии. Обескровленная многолетней войной Саксония склонилась перед победителем. Покорение этой обширной страны и включение её в состав франкского государства стало важным событием раннесредневековой истории Европы. В результате всех этих войн королевство франков увеличилось почти в два раза по сравнению с тем, каким оно было при Пипине. Пределы его простирались от Шлезвига на севере до Калабрии на юге, от Атлантического океана на западе до Венского леса на востоке. Впервые со времён древней Римской империи вся Западная Европа объединилась под властью одного государя. Королевский титул уже не мог удовлетворить создателя и обладателя этой грандиозной империи.