В феврале 1796 года Бонапарт добился, чтобы его назначили на пост командующего южной армией, сосредоточенной у границ Италии. Директория рассматривала это направление как второстепенное. Военные действия здесь начинались только с той целью, чтобы отвлечь внимание австрийцев от главного, германского, фронта. Но сам Наполеон был другого мнения. 5 апреля он начал свой знаменитый итальянский поход. На протяжении нескольких месяцев французы дали австрийцам и их союзникам пьемонтцам несколько кровопролитных сражений и нанесли им полное поражение. Вся Северная Италия перешла под контроль революционных войск. В апреле 1797 года австрийский император Франц отправил Бонапарту официальное предложение о мире, который был подписан 17 октября в местечке Кампо-Формио. По его условиям Австрия отказалась от большей части своих владений в Ломбардии, из которых была создана марионеточная, зависимая от Франции Цизальпинская республика.
В Париже весть о мире встретили бурным ликованием. Директора хотели поручить Бонапарту войну против Англии, но он выдвинул на рассмотрение другой план: завоевать Египет, с тем чтобы угрожать оттуда британскому владычеству в Индии. Предложение было принято. 2 июля 1798 года 30 тысяч французских солдат в полном боевом порядке выгрузились на египетский берег и вступили в Александрию. 20 июля в виду пирамид они встретились с неприятелем. Сражение продолжалось несколько часов и кончилось полным поражением турок. Бонапарт двинулся в Каир, который занял без всякого труда. В конце года он выступил в Сирию. Поход был страшно тяжёл, особенно из-за недостатка воды. 6 марта 1799 года французы взяли Яффу, но осада Акры, продолжавшаяся два месяца, оказалась безуспешной, так как у Бонапарта не было осадной артиллерии. Эта неудача решила исход всей кампании. Наполеон понял, что его предприятие обречено на провал и 23 августа 1799 года покинул Египет.
Во Францию он плыл с твёрдым намерением низвергнуть Директорию и овладеть верховной властью в государстве. Обстоятельства благоприятствовали его замыслам. 16 октября, едва Наполеон въехал в столицу, крупные финансисты немедленно изъявили ему свою поддержку, предложив несколько миллионов франков. Утром 9 ноября (18-го брюмера по революционному календарю) он созвал к себе генералов, на которых мог особенно положиться, и объявил, что пришло время «спасать республику». Корнэ, человек, преданный Бонапарту, объявил в Совете старейшин о «страшном заговоре террористов» и об угрозе республике. Для наведения порядка Совет немедленно назначил Наполеона начальником всех вооружённых сил, расположенных в столице и её окрестностях. Оказавшись во главе армии, Наполеон потребовал кардинального изменения конституции. Под гром барабанов гренадеры ворвались в зал собрания и выгнали из него всех депутатов. Большинство из них разбежалось, но несколько были схвачены и доставлены под конвоем к Наполеону. Он приказал им вотировать декрет о самороспуске и передаче всей власти трём консулам. В действительности же вся полнота власти сосредоточилась в руках первого консула, которым и был объявлен генерал Бонапарт.
8 мая 1800 года, быстро покончив с неотложными внутренними делами, Наполеон отправился на большую войну против австрийцев, которые опять заняли Северную Италию. 2 июня он захватил Милан, а 14-го у деревушки Маренго произошла встреча главных сил. Всё преимущество было на стороне австрийцев. Тем не менее их армия была наголову разбита. По Люневильскому миру от Австрии были отторгнуты остатки Бельгии, Люксембург и все германские владения по левому берегу Рейна. Мирный договор с Россией Наполеон заключил ещё прежде. 26 марта 1802 года в Амьене был подписан мирный трактат с Англией, положивший конец тяжёлой девятилетней войне Франции против всей Европы.
Два года мирной передышки, которые Франция получила после Люневильского мира, Наполеон посвятил кипучей деятельности в области организации управления страной и законодательства. Он ясно отдавал себе отчёт в том, что новая система буржуазных отношений, которая сложилась во Франции после революции, не может нормально действовать без фундаментальной разработки новых юридических норм. Дело это было невероятно трудное, однако Наполеон приступил к нему, организовал и довёл до конца с той же быстротой и тщательностью, которая всегда отличала его работу. Уже в августе 1800 года была образована комиссия для выработки проекта гражданского свода законов. В марте 1804 года кодекс, подписанный Наполеоном, стал основным законом и базисом французской юриспруденции. Как и многое из того, что было создано при нём, кодекс этот функционировал при всех последующих режимах и правительствах в течение многих лет после смерти Наполеона, вызывая заслуженное восхищение за свою ясность, последовательность и логическую выдержанность в защите интересов буржуазного государства. Одновременно начата была работа над торговым кодексом, который должен был служить важным дополнением для гражданского. В апреле 1804 года сенат вынес постановление, дающее первому консулу Наполеону Бонапарту титул императора французов. 2 декабря 1804 года в соборе Нотр-Дам в Париже папа Пий VII торжественно венчал и помазал Наполеона на царство.