В одну из таких гробниц и удалился Антоний, наглухо закрыв за собой дверь. Через определенные промежутки времени один человек, с которым Антоний договорился заранее, приносил ему хлеб. Но и уединенная гробница не освободила преподобного Антония от тяжелых и мучительных искушений. Напротив, в гробовой тишине полутемного склепа они стали еще сильнее, греховные образы мира и его чувственные соблазны представлялись ему ярче и заманчивее; изнемогавший в борьбе с плотью дух на каждом шагу видел козни дьявола, принимавшего облик женщин, животных, великанов или черного отрока, называвшегося духом блуда. Антонию казалось, что целые полчища врагов восстают на него, и тогда он взывал к Господу: «Господь мне помощник: буду смотреть на врагов моих» (Пс. 117, 7). В уединенной гробнице преподобный Антоний провел 15 лет. В борьбе с плотскими страстями и внутренней борьбе часто доходил он до искушения, но не возвратился в мир, хотя он и представлялся ему из темноты гробницы таким привлекательным.
К концу этого периода своей жизни Антоний Великий настолько окреп нравственно и так приучил свое тело довольствоваться малым, что решил отправиться в безлюдную пустыню, чтобы в ней устремиться к высшему совершенству. Он переправился на восточный берег Нила и, найдя там одно запустевшее укрепление, продолжил свои подвиги. Место, избранное преподобным Антонием, было пустынным и диким, что как нельзя лучше соответствовало его желаниям. Это была Фиваидская пустыня, которая отделяла Красное море от плодородных долин Нила. В этом укреплении преподобный Антоний заперся, запасшись хлебом на 6 месяцев, вода же находилась внутри ограды. Он никуда не выходил и ни с кем не общался, все время проводя в строгом подвижничестве; только два раза в год принимал через ограду хлеб.
И чего только не вытерпел он в течение долгих лет! «Поистине достойно удивления, что один человек, живя в дикой пустыне, не боялся ни ежедневных нападений дьявола, ни свирепости бесчисленных зверей, ни вреда от пресмыкающихся животных… Часто приходилось ему терпеть голод и жажду, холод и зной», — писал святой Афанасий Великий. И все же этот период был для святого Антония уже не столь тяжелым, как 15 лет, проведенных в гробнице. Искушения не так сильно смущали его, подвиги не утомляли, как раньше, а часто случавшиеся горние видения доставляли утешение и возбуждали на новые подвиги. Освободившись от внутренней борьбы с самим собой, преподобный Антоний стал с большей свободой предаваться созерцанию, думать о Боге и Его благом промысле, о мире с его соблазнами, о жизни земной и небесной, о назначении человека и его обязанностях по отношению к Богу. Так в дикой Фиваидской пустыне у святого отца рождались глубокие мысли, которые впоследствии стали неисчерпаемым источником нравственного назидания для его многочисленных последователей. Правда, уединенная жизнь не спасала совсем от искушений плоти, да и душу преподобного Антония иногда колебали соблазны и сомнения. Иногда он и тосковал, представляя множество скорбей и искушений, которым подвергается человек. Так, ему казалось несправедливым, что одни люди живут до глубокой старости, а другие умирают молодыми; одни богаты, а другие бедны; люди нечестивые благоденствуют на земле, а благочестивые бедствуют. Господь не оставил верного раба Своего, и однажды преподобный услышал голос: «Антоний, себе внимай. А то — суды Божии, и тебе нет пользы испытывать их». После усердной молитвы преподобный Антоний успокаивался и убеждался в том, что правда Божья неизмеримо выше правды человеческой и в тайны промысла Божья никто проникнуть не может.
В полном одиночестве Антоний Великий провел долгих 20 лет: заградив вход в свою пещеру, он только через небольшое отверстие беседовал с приходившими к нему. В его полуразрушенную крепость, окруженную на несколько десятков километров песками, приходили Александрийский епископ Афанасий и языческие философы (чтобы поспорить с человеком «некнижным» и даже не учившимся грамоте); ему писали письма император Константин Великий и его сыновья.
Но настало время, когда он должен был стать руководителем для других. Усиленные просьбы многочисленных ревнителей благочестия, желавших под его руководством подвизаться для Бога, заставили преподобного Антония выйти из затвора. Он открыл к себе доступ в то время, когда в Египте и странах Востока свирепствовали жестокие гонения, воздвигнутые на христиан императором Диоклетианом. Число учеников преподобного Антония быстро возрастало, и вскоре безлюдная пустынь стала похожа на город, в котором процветали правда и благочестие. Одни из пустынников объединились в общину, другие рассеялись по пустыне и жили отшельниками, но все они находились под руководством Антония Великого, который увещевал их своим примером.