С умножением братии Пахомий Великий ввел в монастыре своем устав. По своему внешнему поведению настоятель должен был быть образцом строгости, осторожности, умеренности, точности и т. д. Он не должен был вступать в бесполезные разговоры и слушать их; не должен искать лучшей одежды, пищи и постели. В правилах Пахомия Великого было точно и определенно указано, чтобы настоятель не переступал границ своей власти, управлял бы без жестокости, не разговаривал бы высокомерно, остерегался пускать в душу свою гордыню и суетность, когда будет наставлять иноков. Смирение и любовь — вот две главные добродетели, которые Пахомий Великий требовал от настоятелей монастырей. Они должны были знать обо всех сомнениях и искушениях, которые будут возмущать душу иноков, утешать их в борьбе с ними; если же заметят на лице их печаль, должны выяснить причину ее. Если же не делают этого по недостатку любви или внимания, если сами причиняют скорбь брату своим неправильным поступком, то подвергаются наказанию и даже отрешаются от должности, пока не научатся большей любви.
О желающем вступить в монастырь извещают настоятеля, и тогда он поручает опытному старцу испытать искренность его желания. В течение 10 (и более) дней испытуемый вне монастыря должен повергаться на землю перед проходящими братиями и терпеть поношения, чтобы показать свое терпение и смирение. В эти же дни его учат молитвам и псалмам и тщательно испытывают: не от беды ли какой он пришел в обитель? Может ли отречься от родителей, отказаться от состояния?
Монахи в обители Пахомия Великого отказались от всякой личной собственности, носили одинаковую одежду. Жизнь их протекала в молитвах и труде — плетении, огородничестве и садоводстве; позднее иноки стали заниматься ремесленными работами. Развитие хозяйственной деятельности общежитий привело даже к некоторой дифференциации труда, и в одном из «Житий» Пахомия Великого называется целый ряд монахов, посвятивших себя определенному ремеслу: кузнецы, сапожники, земледельцы и др. Но труд в обители Пахомия Великого не являлся самоцелью; он рассматривался как служение Богу и должен был сопровождаться молитвой и молчанием.
Принятые в число братьев становились полноправными членами общежитий только после искуса и наставлений, даваемых опытными, «истинными» монахами. В каждой «лавре» монахи делились на декурии. Для каждых двадцати братий возводилось особое помещение, в котором они жили под надзором и руководством домоправителя, причем разделение монахов на декурии совпадало с разделением их по роду занятий. В общем доме у каждого была своя келья, двери которой всегда держали открытыми. Три-четыре дома составляли трибу, каждая из которых в течение недели выполняла общие монастырские работы, заведуя церковью, кухней и т. д. Утром и вечером все собирались на общую молитву, по субботам и воскресеньям — на литургию. Три раза в неделю «старшие» наставляли братьев в вере и монашеской жизни, разъясняли им их недоумения. «Старшие» же руководили и чтением братьев, указывая, какие им следует брать книги из монастырской библиотеки, а также отвечали на возникшие после чтения вопросы.
Таким образом, религиозная жизнь братии в обители Пахомия Великого определялась одинаковой для всех формой более, чем в лаврах и монастырях, живших по уставу Антония Великого. Этим был положен предел личной религиозной инициативе, и желающий спастись, вступая в монастырь преподобного Пахомия, признавал и установленный в нем образ жизни. Подчиняя свою волю монастырскому уставу, он мог проявлять свое религиозное рвение только в рамках, установленных традицией монастыря. Такая традиционная форма жизни, устраняя проявления возможного индивидуализма, сильнее влияла на среднюю массу вступающих, воспитывала их и не позволяла отступать назад.
Отдельные общежития не теряли связи друг с другом. Два раза в год все монахи должны были собираться в главном монастыре, настоятелю которого подчинялись «отцы» других монастырей. Узы эти были не только религиозными, т. к. все сработанное монахами доставлялось в Бафуа, где главный эконом распределял все между отдельными монастырями сообразно их нуждам. Излишки же отправляли в соседние города и даже в Александрию. Поэтому, несмотря на все старания преподобного Пахомия оградить монастырь от мира, связь эта постоянно крепла и развивалась.