От Гребера Мартин получает для изучения диссертацию Фр. Брентано «О многообразии значений сущего согласно Аристотелю» (1862). Эта работа становится начальным толчком для более глубокого и вдохновенного изучения древнегреческой философии.
После окончания гимназии первой ступени в Констанце Мартин с 1906 года продолжает обучение во Фрейбурге, тоже в престижных католических гимназиях следующих ступеней. Получив гимназическое образование, Хайдеггер поступает во Фрейбургский университет, на теологическом факультете которого в 1909 году и начинается его студенческая жизнь. Своим теологическим учителям Мартин обязан освоением католической философской традиции, прежде всего работ Фомы Аквинского и Суареса.
Ко времени окончания университета (1915) в духовном развитии Хайдеггера намечается разрыв с католическим влиянием. «Бывшему воспитаннику» католических учебных заведений это дается очень нелегко. Хайдеггер останется благодарным и признательным своим воспитателям, но поблагодарит их своеобразно: «Без этого изначального теологического воспитания я бы никогда не вступил на путь мышления».
Если судить по публикациям студента Хайдеггера в ультраконсервативном католическом еженедельнике (а это краткие заметки или стихи, посвященные церковным событиям того времени), в 1910–1911 годах он был восторженный ученик католических теологов. О том же говорят и его работы, помещенные в солидном журнале немецких католических академических союзов. Это в основном хвалебные рецензии на произведения почтенных официальных теологов. Но одновременно талантливый студент погружается в изучение философской литературы. И работает Хайдеггер так самозабвенно, что ему (из-за вызванных нервным переутомлением неблагоприятных, астматического характера, изменений сердечной деятельности) в зимнем семестре 1910–1911 года приходится прервать учебу сначала для лечения, а потом домашнего отдыха. Ухудшившееся здоровье стипендиата Хайдеггера беспокоит церковников. Мартин, пытаясь поправить положение, истязает себя физическими упражнениями и на всю жизнь зарабатывает сердечный недуг.
В итоге финансовая поддержка со стороны церковников прекратилась. Мартин проходит через первый в своей жизни экзистенциальный кризис, который он вполне обоснованно увязывает с происхождением из «мелкой среды». Потом он неоднократно будет возвращаться к теме «маленького человека», посягнувшего на разгадку «тайны великих». Например, в работах, посвященных поэзии Гельдерлина. Горечь от пережитой беспомощности и унижения Хайдеггер пронесет через всю жизнь. После отказа в стипендии разрыв с католиками все же не происходит. Хайдеггер, правда, обязан сдать экзамены за 1911–1912 учебный год, чтобы подтвердить свое право учиться в университете — теперь уже не теологии, а математическим и естественным наукам.
С 1912 года он получает государственную стипендию. Покровителем Хайдеггера, однако, опять становится теолог — на этот раз профессор Йозеф Зауер, преподаватель истории искусств и связанной с историей христианства археологии.
Занявшись математикой, логикой, химией, физикой (в частности, теорией относительности), Хайдеггер постигает новые для себя области знания. Его сразу захватывает проблема времени. Он слушает и лекции философов — в частности, Генриха Риккерта. Ему хочется писать работу о логической сущности понятия числа, однако он вынужден в обмен на финансовую поддержку требующих идейного послушания принять предложение католиков. Деньги ему выделяют по тем временам немалые (1000 марок в год), но и условие строгое: «Разрабатывать учение святого Фомы Аквинского и оставаться в пределах теологии».
В 1915 году Хайдеггера зачислили приват-доцентом на философский факультет. Уже год шла первая мировая война. Вызванного для прохождения военной службы, Хайдеггера подвергли основательному медицинскому осмотру и в конце концов отпустили из-за неврастении и болезни сердца. Правда, по законам военного времени ему приходилось заниматься цензурированием писем. Дело крайне неприятное, но об отказе не могло быть и речи. Однако фронт был далеко, война обходила стороной. Хайдеггер целиком погрузился в свои заботы и проблемы. А главное, он искал собственный путь в философии.
Хайдеггера с самой юности захватывали сочинения Ницше, Достоевский, Рильке, Тракль. Потом его кумиром стал еще и Гельдерлин.
В автобиографии, написанной в 1915 году, Хайдеггер рассказывает. «Изучение Фихте и Гегеля, усиленное обращение к «Страницам естественнонаучного образования понятий» Риккерта и исследованиям Дильтея, не в последнюю очередь лекции и семинарские занятия господина тайного советника Финке имели своим следствием то, что во мне разрушилась вызванная любовью к математике нелюбовь к истории. Я понял, что философия не должна односторонне ориентироваться только на математику, естествознание либо историю; правда, последняя — в виде истории философии — несравненно более плодотворна. Возрастающий интерес к истории облегчил мне приобретение углубленных знаний философии средневековья, которое признается необходимым для фундаментального построения схоластики. А занятия средневековой мыслью для меня состояли прежде всего и скорее всего не в реконструкции исторических отношений, касающихся отдельных мыслителей, а в истолковывающем понимании теоретического содержания их философии с помощью средств современной философии. Так и возникло мое исследование, посвященное учению о категориях и значении у Дунса Скота, оно демонстрирует созревший во мне план широкого изображения средневековой логики и психологии в свете современной феноменологии при одновременном рассмотрении исторического места отдельных средневековых мыслителей».
Только что появившийся во Фрейбургском университете профессор Эдмунд Гуссерль теперь стал для Хайдеггера на первом плане. Уже тогда признанные классическими гуссерлевские «Логические исследования» (1900–1901), появившиеся в 1913 году «Идеи к чистой феноменологии» способствовали тому, что создателя нового философского направления окружают восторженные ученики и поклонники.
Приват-доцент Хайдеггер объявляет прием на семестр 1915–1916 года и с успехом читает лекционный курс на тему «Основные линии античной и схоластической философии». С теологами пока не порывает, потому что метит на вакантную профессорскую должность именно по христианской философии Теологи, однако, его игнорируют. Обиженный приват-доцент мечет против клерикалов громы и молнии. Эти черты характера, особенности личности — непринципиальность, конформизм, когда выгодно, и гневное возмущение против того же самого, но по сугубо личным причинам, — проявятся не однажды.
Происходит еще одно событие в жизни Хайдеггера, усиливающее отчуждение от католичества — в 1917 году он вступает в брак с Эльфридой Петри, изучающей экономику во Фрейбурге. Жена Хайдеггера — дочь высокопоставленного прусского офицера; она евангелическо-лютеранского вероисповедания. Влияние жены, сразу уверовавшей в гениальность и высокое предназначение мужа, ставшей ему опорой, другом, секретарем, будет возрастать, а с ним неизбежно будет расти и отчуждение от католичества.
Пока же Мартин убеждает обеспокоенных родителей, друзей, покровителей, что жена де намеревается перейти в католичество. В 1919 году у них рождается сын Георг, в 1920-м — Германн. Но даже и теперь отношения с теологами Хайдеггер продолжает поддерживать. В 1916–1917 учебном году он читает курс лекций, видимо, по основным проблемам логики — формально он предназначен для студентов-теологов. Последним, однако, курс кажется сложным, перенасыщенным какими-то новыми и непонятными терминами. Зато многие студенты светских факультетов составляют все более восторженную аудиторию.
А тем временем возникает вопрос об освободившемся месте экстраординарного профессора в Марбургском университете. Пауль Наторп, заинтересовавшийся кандидатурой Хайдеггера, вступает в переписку с Гуссерлем, ибо пока не знает возможностей молодого философа.
Поступает отзыв Гуссерля — в целом благоприятный («многообещающий историк средневековой философии», все делает «серьезно и основательно», книга о Дунсе Скоте обнаруживает «высокую одаренность»), но снабженный и оговорками: знания молодого ученого пока еще поверхностны, настоящего опыта преподавания он не имеет; тесно связан с католиками. И еще поразительная деталь: Гуссерль замечает, что мало знает и редко встречает Хайдеггера, ибо тот очень занят по «военной линии», то есть на цензорской службе!