В335 году до н. э. философ прибыл туда с женой Пифиадой, с дочерью и воспитанником Никанором. В Академии в то время главою платоновской школы был Ксенократ Аристотель при поддержке македонян, и в первую очередь своего друга Антипатра, которого Александр, ушедший в поход против персов, оставил наместником на Балканах, открыл собственную школу. Правда, как иногородцу, ему разрешили открыть школу лишь за чертой города — к востоку от городской границы Афин, в Ликее. Ранее Ликей был одним из афинских гимнасиев (местом для гимнастических упражнений). Он находился рядом с местом Аполлона Ликейского, что и дало название и гимнасию, и школе Аристотеля.
На территории школы находились тенистая роща и сад с крытыми галереями для прогулки. Так как «прогулка» и «крытая галерея вокруг двора» по-древнегречески «перипатос», то школа Аристотеля получила второе название — «перипатическая». Правда, существует и другая версия возникновения этого названия. Аристотель учил, прогуливаясь по тенистым аллеям. Диоген Лаэртский говорит, что эта привычка развилась вследствие заботы Аристотеля об Александре, которому он запрещал много сидеть. От этой привычки и получило название школа.
Вскоре после переселения Аристотеля в Афины умерла жена его Пифиада, Аристотель горько оплакивал свою потерю и воздвиг ей мавзолей. Через два года после ее смерти он, однако, женился на своей рабыне Гарпимиде, от которой родился у него сын Никомах.
Аристотель вел занятия два раза в день — утром и вечером, по утрам он беседовал о трудных предметах с учениками, знакомыми с началами философии, а по вечерам учил начинающих. Ксенократ, имея много учеников, установил для них определенную дисциплину, назначал по очереди архонтов и устраивал им банкеты. Это понравилось Аристотелю, и он ввел такую же традицию в своей школе, добавив новое правило, чтобы на банкеты ученики являлись не иначе, как в чистой одежде. Это характеризует Аристотеля и выдает неряшливость других философов его времени.
Аристотель рано начал учиться и поздно начал учить, в этом состоит его преимущество За исключением лет, отданных Александру Великому, он всю жизнь посвятил получению знаний и самостоятельной работе мысли. Аристотель утверждал, что после пятидесяти лет умственные силы слабеют, это пора, когда надо пожинать то, что раньше посеял.
Большая часть его сочинении написана в Афинах в последние тринадцать лет его жизни. Такой труд способен был поглотить все время. В те годы, когда Аристотель создавал свои сочинения и терпеливо разъяснял своим ученикам особенности своей философии, Афины представляли собой настоящий вулкан, готовый к извержению. Ненависть к македонянам клокотала в сердцах афинян и грозила произвести разрушительное опустошение. Второй афинский период целиком совпадает с периодом походов Александра Македонского, иначе говоря, с «эпохой Александра». Аристотель пытался внушить Александру мысль о принципиальном различии греков и негреков. Его открытое письмо Александру «О колонизации» успеха у царя не имело. Последний повел на Ближнем Востоке совсем иную политику он препятствовал смешению пришлого, греческого, и местного населения. Кроме того, он вообразил себя восточным деспотом-полубогом и требовал от своих друзей и соратников соответствующих почестей.
Племянник Аристотеля Каллисфен, бывший историографом Александра, отказался признать превращение македонского монарха в фараона и был казнен, что привело к охлаждению отношений между бывшим воспитанником и бывшим воспитателем. Неожиданная смерть тридцатитрехлетнего Александра в Вавилоне (который он предполагал сделать столицей своей державы) 13 июня 323 года до н. э. вызвала в Афинах антимакедонское восстание, в ходе которого представители промакедонской партии были подвергнуты репрессиям.
Хотя Аристотель держался в стороне и вел себя как истинный мудрец, положение его с каждым днем становилось опасным. Не имея веских причин для его изгнания, афиняне обвинили его в неуважении к богам. Верховный жрец Элевсинских таинств предъявил ему стереотипное обвинение в кощунстве. Поводом для этого послужило стихотворение Аристотеля на смерть Гермия. Оно квалифицировалось как пеан — гимн в честь бога, что не подобало смертному, а потому считалось кощунством. Не дожидаясь суда, Аристотель передал управление Ликеем Теофрасту и покинул город, чтобы афиняне вторично не совершили бы преступления против философии, он имел в виду смерть Сократа.
Возможно, мыслитель поспешил с бегством его друг Антипатр вскоре подавил восстание в Афинах и власть промакедонской партии была восстановлена. Из Афин Аристотель уехал в Халкиду, где через два месяца и умер в 322 году до н. э. от болезни желудка, он страдал ею всю жизнь, она в его семье была наследственной болезнью.
Клевета преследовала Аристотеля всю жизнь, хотя он умер естественной смертью, распространился слух, что Аристотель убил себя, не желая предстать на суд перед Ареопагом. Но Аристотель был всегда против самоубийства. Поступки же его никогда не шли вразрез с убеждениями. Некоторые отцы церкви впоследствии утверждали, что Аристотель утонул, бросившись в пролив, отделяющий остров Эвбею от Греции. Это объясняли отчаянием философа из-за невозможности постигнуть в то время явление прилива и отлива. Такой вымысел заслуживает, однако, внимания потому, что свидетельствует о страстной любознательности Аристотеля. Упомянутый же пролив представляет действительно одно из немногих мест Средиземного моря, в которых явление прилива и отлива особенно заметно.
Диоген Лаэртский сохранил завещание Аристотеля, в подлинности которого мы не имеем оснований сомневаться, таково мнение о нем многих авторитетов. Исполнителем своей последней воли Аристотель назначил Антипатра, полководца Александра Македонского. «В случае моей смерти, — говорит Аристотель, — пусть Антипатр возьмет на себя исполнение моей последней воли. До тех пор, пока Никанор в состоянии будет принять управление моим имуществом, пусть о нем пекутся Аристомен, Тимарх, Гиппарх и Феофраст, то же самое относится к моим детям и к Герпиллиде.
Когда моя дочь вырастет, пусть ее отдадут Никанору, если она умрет до замужества или не оставит детей, Никанор наследует все мои богатства и делается властелином всех моих рабов. Никанор обязан заботиться о моей дочери и моем сыне Никомахе, чтобы они ни в чем не терпели недостатка, он должен заменить им отца и брата. Если Никанор умрет до женитьбы или не оставит детей, распоряжения его надлежит исполнить. В таком случае, если Феофраст захочет взять к себе мою дочь, то ему будут принадлежать и все права, предоставленные мной Никанору, если же Феофраст не пожелает женитьбы на моей дочери, тогда судьбой детей моих пусть распорядятся опекуны о Антипатром.
Я прошу опекунов и Никанора помнить меня и не забывать, какую привязанность питала ко мне Герпиллида. Если она после смерти моей захочет выйти замуж, опекуны должны позаботиться о том, чтобы она не выбрала бы человека, стоящего ниже меня по рождению. В случае замужества дать ей сверх всего, что она от меня получила, талант серебра и три служанки, если она пожелает взять последних. Если она захочет жить в Халкиде, то дать ей помещение, смежное с садом, если же предпочтет Стагир, пусть занимает дом моих предков.