На зиму из Бари они вернулись в Рим и сразу же собрались в Лион. Но папа не хотел отпустить Ансельма, потому что на Пасху был назначен собор в Латеране. Этот собор (апрель 1099 году) возобновил все постановления церкви о дисциплине клириков симония, брак и инвеститура трактовались с прежней строгостью. Английские клирики здесь своими ушами могли слышать декрет об отлучении всех тех, кто выдавал и принимал инвеституру. Все вновь выражали горячее сочувствие Ансельму, борцу за суверенитет церкви, каким он теперь уже был в общем представлении.
Сразу же по окончании собора Ансельм и его товарищи отправились в Лион. В июле, находясь там, они узнали о смерти Урбана. Лето Ансельм провел во Франции. Он помогал своему другу Хуго Лионскому, ездил по монастырям и аббатствам, освящал, причащал. Народ, естественно, ждал от него чудес вроде исцелений, но чудеса творить Ансельм совестился и не давал себя поймать.
Вначале августа английского короля Вильгельма застрелили на охоте в лесу Через три дня его младший брат Генрих был коронован в Вестминстере. Ансельм узнал о смерти Рыжего, когда гостил в аббатстве в Оверни. Новость потрясла его, он оплакивал Вильгельма и, не переставая молиться о душе усопшего, срочно вернулся в Лион, куда начали прибывать гонцы от нового короля с требованием немедленного возвращения архиепископа Кентерберийского.
Отношения с Генрихом у Ансельма в целом складывались неплохо. Он оказал новому королю еще одну важную услугу. Когда Роберт возвратившийся из Палестины, с отрядом войск высадился в Портсмуте, большинство нормандских «танов» переметнулось на его сторону. Генрих хотел, чтобы народ присягнул ему. «Народ» же сделал арбитром в этом деле Ансельма, который поддержал Генриха и помог склонить на его сторону нормандцев.
И все же при Генрихе Ансельму тоже пришлось отправиться в изгнание. Новый король не отменил обычай инвеституры. Поэтому, когда на первой их встрече в Солсбери Генрих потребовал от Ансельма еще раз принести присягу, Ансельм воспротивился. Он только что вернулся с Латеранского собора, на котором было ясно сказано всякий, кто осмелится принять или вручить инвеституру, отлучается от церкви.
Генрих оказался в затруднительном положении если бы он отказался от инвеституры — от него уплыло бы полцарства, если бы он настаивал и пошел на конфликт с Римом — он мог быть отлучен, а в его ситуации, с недремлющим Робертом и недовольными нормандцами, это было равносильно утрате короны. И Генрих предложил передать дело на рассмотрение в Рим. Но Пасхалий не разрешил Генриху выдавать инвестиуры прелатам. Тогда Генрих отправил в Рим Ансельма.
Он высадился в Остенде и проехал через Булонь в Шартр. По дороге он везде заезжал к своим многочисленным друзьям. Лето было очень жарким, и все наперебой убеждали Ансельма, что безумие ехать в Италию в такое время. И Ансельм остался в Беке. Но уже в конце августа он был в пути. Папа не дал на общей аудиенции никаких поблажек Генриху, но было ясно, что положение недопустимо обостряется. После долгих совещаний окружение папы посоветовало ему сохранить запрет на инвеституры, но простить и не подвергать отлучению лично Генриха — примерно такая формула уже фигурировала в одном письме папы к королю, но тогда он в этом же и отказывал — по всей видимости, то был дипломатический пробный шар.
Ансельм решил вернуться во Францию и ждать там дальнейших развитий событий. Полтора года Ансельм был в Лионе, пока король вел переговоры с папой. В марте 1105 года он получил письмо от Пасхалия, сообщавшего об отлучении советников, провоцировавших короля настаивать на сохранении обычая светской инвеституры. Папа писал также, что он пока ничего не решает насчет самого короля, потому что ждет очередного посольства из Англии. Ансельм понял, что из Рима ждать нечего, и отправился на север.
По дороге он заехал в Блуа к контессе Аделе, дочери Завоевателя, сестре Генриха, которая была больна. Он пробыл с ней до ее выздоровления и сообщил ей, что направляется произнести отлучение Генриха. Контесса разволновалась. Отлучения в те времена были обычным и законным оружием в спорах о собственности. Но отлучение отлучению рознь, и получить отлучение от Ансельма было бы крупной неприятностью для Генриха, особенно теперь, когда он готовился к решающей схватке с Робертом. Адела взяла Ансельма с собою в Шартр и устроила встречу Ансельма и короля в замке «Орел» на берегу Риели (это случилось 22 июля 1105 году), и там было достигнуто примирение. Ансельм был восстановлен в правах на владение имением кентерберийской епархии.
Генрих был крайне предупредителен и очень агитировал Ансельма ехать в Англию. Но он не уступал в вопросе об инвеституре — требовалось сначала как-то договориться с Римом. Во время отсутствия Ансельма английская церковь очень бедствовала. Он получал очень много жалоб от духовенства и призывов скорее вернуться, в том числе и от отлученных епископов.
Наконец, в апреле 1106 года пришли свежие инструкции от папы, освобождавшие от отлучения всех, кто ранее ему подвергся, и обязывавшие Ансельма вернуться в Англию. Но Ансельм из-за болезни должен был еще задержаться в Нормандии. В конце концов он возвратился на остров 1 августа 1106 года в Лондоне, в королевском дворце, состоялось намеченное первоначально на Троицу, но отложенное из-за болезни Ансельма собрание знати и духовенства.
Три дня вопрос об инвеституре обсуждали только король и епископы, без участия Ансельма. Решено было, что больше в Англии никто не будет получать епископат или аббатство принятием кольца и посоха из рук короля или другого светского лица. А Ансельм со своей стороны никому не откажет в посвящении, ссылаясь на присягу, даваемую посвящаемым королю. После этого королем, по совету Ансельма, были назначены пастыри для всех вдовствующих церквей Англии — и 11 августа они были посвящены в Кентербери.
В сентябре Генрих воевал в Нормандии и 11 сентября 1106 году одержал решающую победу над Робертом, объединившую под одной короной две страны. В последние годы жизни Ансельм написал работу «О согласии провидения, предопределения и благодати Бога со свободной волей».
Эдмер пишет, что за два года до смерти он уже очень ослаб и не мог держаться в седле, поэтому ездил в повозке. За год с небольшим до своей кончины он похоронил друга — рочестерского епископа Гундульфа, крупного зодчего. Ансельм умер в среду перед днем вечери Господней, 21 апреля, в год от воплощения Господа нашего 1109, 16-й его понтификата, а жизни его 76-и. Перед смертью он выражал близким сожаление, что не успел исследовать вопрос о происхождении души.
Его канонизации требовал Томас Бекет, но не сумел добиться ее. Она была ратифицирована папой Александром VI, Родриго Борджа. Потом эта канонизация была признана недействительной, и в XIX веке он был еще раз канонизирован, на сей раз правильно.
Ансельм Кентерберийский работал над рациональными доказательствами бытия Бога. В сочинении «Монологиум» он исходит из того, что за случайным, относительным и бренным бытием скрывается нечто необходимое, абсолютное и вечное. Таким началом бытия, согласно Ансельму, может быть только Бог. Таково доказательство бытия Бога, которое, как считает Ансельм, основано на опыте.
Другое его доказательство известно под названием «онтологическое доказательство». Оно изложено в его работе «Прослогион» и основано, по словам Ансельма, не на опыте, а на разуме. Ансельм утверждает, что даже безумец, высказывающий атеистические суждения, опирается при этом на идею Бога как абсолютного совершенства. Таким образом из мысли о Боге Ансельм, по сути дела, выводит факт его реального существования. Современники дали Ансельму «ученое прозвище» — «Чудесный доктор», хотя сам он отнюдь не злоупотреблял «чудесами» и большим чудом считал «естественное восстановление праведности», чем воскресение из мертвых. Прозвище относилось, скорее всего, к свойствам его души. В тот век, грубый и мрачноватый, этот человек должен был казаться современникам «чудесным».