Гильом же переехал из Парижа в аббатство Сен-Виктор и лишь изредка наезжал в кафедральную школу ради надзора. Узнав о слабости, проявленной его преемником, Гильом поспешил заменить его (в качестве руководителя школы) другим своим учеником и вынудил таким образом Абеляра опять переехать в Мелен и открыть там новую школу.
Однако и на этот раз Абеляр пробыл в Мелене недолго. Собрав вокруг себя учеников, он вместе с ними вернулся в Париж и «раскинул, — как он выражался, — свой школьный стан» на холме Св. Женевьевы. Неизвестно, чем окончились бы на этот раз бесконечные диспуты Абеляра и его учеников с их противниками.
По семейным обстоятельствам, связанным со вступлением обоих его родителей в монастырь, Абеляр был вынужден вновь уехать на родину, а когда он вернулся в Париж (пробыв некоторое время в Бретани, а затем в Лане, куда он отправился с целью пополнить свое светское образование богословским), Гильома из Шампо в кафедральной школе Парижа уже не было. Назначенный епископом Шалона, он переехал в свою епархию (1113).
Абеляр получил возможность читать лекции в той же самой школе, из которой ранее был изгнан. В Париже, как и в других городах Северо-Восточной Франции, шла упорная борьба между представителями различных философских школ. Именно здесь, и именно в это время в средневековой философии сложились два основных направления — реализм и номинализм, последователи которых вступили друг с другом в ожесточенные столкновения.
Родоначальником средневекового номинализма был Росцелин, учитель Абеляра, а современный Росцелину реализм представлял Ансельм, архиепископ Кентерберийский, ученый наставник богослова Ансельма Ланского, ближайшим учеником которого являлся философский враг Абеляра — Гильом из Шампо.
Средневековый реализм получил свое наименование от латинского слова «rea» — «вещь», так как представители этой чисто идеалистической теории утверждали, что общие понятия (универсалии) обладают реальным существованием независимо от действительно существующего мира и до него. Доказывая таким образом и «реальность» существования объектов веры, средневековый реализм отвечал интересам католической церкви и находил с ее стороны полную поддержку. Учению реалистов номиналисты противопоставили учение о том, что все общие понятия и идеи (универсалии) — есть лишь слова или же наименования («nomia» — «имена») вещей, существующих действительно и предшествующих понятиям (отсюда и само наименование номинализма).
Следовательно, номиналисты резко противопоставляли общее частному и признавали за подлинную реальность один только мир индивидуальных вещей. Отрицание номиналистами независимого существования общих понятий несомненно расчищало почву для стремления к эмпирическим знаниям и в какой-то степени толкало последователей номинализма на путь материалистических выводов.
Церковь сразу же усмотрела опасность в учении номиналистов и на одном из церковных соборов (в Суассоне, в 1092 году) предала взгляды Росцелина анафеме и заставила его отказаться от философских занятий. Несмотря на это, философские взгляды Росцелина оказали чрезвычайно большое влияние на Абеляра, что и привело его к конфликту с представителем крайнего реализма — Гильомом из Шампо, правда, несколько видоизменившим свои взгляды в процессе споров и примкнувшим к умеренным реалистам.
Настойчивое стремление Абеляра опровергнуть учение реалистов неизбежно вело к столкновению с католическими ортодоксами и делало Абеляра весьма подозрительным и нежелательным магистром в их глазах.
Не меньшее раздражение со стороны церкви должно было вызвать и столкновение Абеляра с видным католическим богословом Ансельмом Ланским во время пребывания Абеляра в Лане. Школа Ансельма Ланского с начала XII века была одним из центров богословского образования. В ней воспитывались и обучались многие лица, занимавшие впоследствии видное место в католической иерархии. Можно сказать, что церковь гордилась школой Ансельма Ланского. Однако живой и критический ум Абеляра, специально приехавшего в Лан для того, чтобы прослушать курс богословия у столь известного теолога, не был удовлетворен хотя и красноречивыми, но бессодержательными и пустыми лекциями Ансельма Ланского.
Перестав посещать его школу, Абеляр объявил, что отныне он сам возьмется за толкование священного писания, ибо это доступно любому образованному человеку. Заявление Абеляра, так же как и то, что объявленные им лекции по богословию привлекли к себе очень большое количество слушателей и понравились им, вызвало ярость Ансельма Ланского и его ближайших учеников — Альберика Реймсского и Лотульфа Ломбардского.
Ансельм Ланский поспешил запретить Абеляру чтение лекций по богословию и изгнал его из Лана. Таким образом, столкновение Абеляра с Ансельмом Ланским по богословским вопросам привело к тем же самым результатам, что и философские споры Абеляра с Гильомом из Шампо.
Возвратившись в 1113 году из Лана в Париж, Абеляр возобновил чтение лекций по философии, причем слава его как магистра «свободных искусств» росла с каждым днем.
В кафедральную школу Парижа, где он преподавал, с разных концов Европы стекались ученики стремившиеся приобрести философские знания под руководством проставленного учителя, и постепенно, как признается сам Абеляр, он начал считать себя «владыкою в области диалектики».
Так, в неустанных научных занятиях и в непрерывном общении с многочисленными учениками, Абеляр провел пять наиболее спокойных и обеспеченных лет своей жизни. Роман с Элоизой, поистине замечательной девушкой своего времени, отличавшейся не только красотой и умом, но и редкой для того времени образованностью, нарушил спокойную жизнь философа, а внезапный и трагический конец этого романа привел Абеляра и Элоизу в монастырь (в 1119 году).
Элоиза, племянница парижского каноника Фульбера в момент своей встречи с Абеляром, в это время уже прославленным магистром, была еще совсем юной. Полюбивший ее Абеляр поселился в доме Фульбера и стал учителем, а затем и возлюбленным Элоизы. Однако любви Элоизы к Абеляру пытался воспрепятствовать Фульбер. Тогда спасаясь от гнева Фульбера, Абеляр перевез Элоизу к своей сестре в Бретань, и там Элоиза родила сына.
Затем она возвратилась в Париж и, уступая настойчивым просьбам дяди, вступила в брак с Абеляром, обвенчавшись с ним в одной из парижских церквей Это событие, согласно договоренности Абеляра с Фульбером, должно было оставаться в тайне, по-видимому, для того, чтобы Абеляр мог беспрепятственно продолжать чтение лекций в кафедральной школе Парижа.
Однако Фульбер желая восстановить доброе имя Элоизы, нарушил договоренность и стал повсюду рассказывать о заключенном браке, гневаясь на племянницу, категорически это отрицавшую. Абеляр вновь увез Элоизу из дома Фульбера и поместил ее временно в женский монастырь Аржантейль, где она когда-то воспитывалась.
Фульбер решил, что Абеляр насильно постриг Элоизу в монахини и, подкупив наемных людей, приказал им изувечить Абеляра, оскопив его. Вступив в монастырь Сен-Дени и несколько оправившись от пережитого потрясения, Абеляр, побуждаемый, как он сам говорит, настойчивыми просьбами клириков, через некоторое время удалился в одну из келий, расположенных вне монастыря, и вновь приступил к чтению лекций по философии и богословию, привлекших, как и ранее, множество учеников.
Возобновившаяся преподавательская деятельность Абеляра возбудила волнение церкви, и против Абеляра выступили ученики Ансельма Ланского — Альберик Реймсский и Лотульф Ломбардский. К этому времени и Гильом из Шампо и Ансельм Ланский уже умерли.
Враги Абеляра обвиняли его в том, что, несмотря на вступление в монастырь, он не прекратил занятий философией, хотя это и не подобает монашескому званию, а также в том, что он осмелился читать лекции по богословию, не получив на это предварительного церковного разрешения. Они требовали категорически запретить Абеляру вообще читать какие-либо лекции и добились созыва церковного собора для рассмотрения и осуждения «ошибочного учения» Абеляра.
В доказательство еретических взглядов последнего они ссылались на его богословский трактат, по-видимому, пользовавшийся у учеников Абеляра огромным успехом. Церковный собор был созван в 1121 году в Суассоне, духовенство которого отличалось фанатизмом. Оно доказало это и на Суассонском соборе 1092 года, осудившем учение Росцелина, и во время публичного сожжения представителей суассонской ереси в 1113 году.