Остальные 22 тезиса были квалифицированы просто как ошибочные, а несколько — как не представляющие никакой значимости. В числе обвинений, так же как и в первоначальном доносе Люттерелла, нет еще указаний на разделявшуюся Оккамом доктрину об апостольской бедности. Позже Оккам писал, что он стал ее приверженцем лишь к последнему году своего пребывания в Авиньоне.
Размах процесса заставляет прийти к выводу, что речь шла не просто о политическом преследовании провинциальных миноритов, а о попытке папства идеологически разоружить оппозиционно настроенных «левых» францисканцев, в число видных теоретиков которых выдвигался Оккам.
Вместе с Оккамом под папским арестом томились также генерал францисканского ордена Михаил Чезенский и известный юрист Бонаграций. Еще в 1323 году на съезде в Перуджии францисканцы заявили протест против злоупотреблений папской полиции.
В мае 1328 года Оккам вместе с Михаилом Чезенским и Бонаграцием под покровом ночи бегут из папской тюрьмы. На лошадях они добираются до побережья, а в открытом море их уже поджидает галера. Они стремятся добраться до Пизы и соединиться с армией императора Людвига Баварского, выступившей против папских войск в Италии.
6 июня Оккама и его друзей отлучают от церкви. Согласно «Хронике» Николая Минорита, Оккам и его спутники морем 9 июня 1328 года прибывают в Геную, а оттуда добираются до Пизы 11 апреля 1329 года они покидают Пизу, а 6 декабря едут в Парму. Здесь по случаю религиозного праздника Св. Николая Михаил Чезенский выступил с проповедью, в которой назвал папу Иоанна XXII «стяжателем», «олухом» и «поджигателем войны», а также обвинил его и в других отклонениях от требований христианской морали. Эта речь была красноречивым ответом на объявление папой 16 ноября 1329 года доктрины Михаила Чезенского антикатолической.
Оккамовская партия вскоре пополняется многими новыми сторонниками. В феврале 1330 года Оккам переезжает в Германию и предстает перед Людвигом Баварским. Согласно хронисту И. Тритемию (1462–1546), Оккам обратился к Людвигу Баварскому «О, император, защищай меня мечом, а я буду защищать тебя словом!» Трудно сказать, были ли эти слова экспромтом или же паролем интеллектуалов-антипапистов, обращавшихся к Людвигу Баварскому с просьбой о предоставлении политического убежища.
Мыслитель находит пристанище при монастыре францисканцев в Мюнхене, пользуясь также покровительством друга Людвига — «антипапы» Петра де Корбери. Он развертывает здесь приблизительно двадцатилетнюю бескомпромиссную борьбу с папской курией, решительно оспаривая ее стремление ко всей полноте власти. Острые стрелы его политических трактатов направляются сначала против Иоанна XXII, затем против сменившего его папы Бенедикта XII и, наконец, против Климента VI.
В мирских делах он призывает пап подчиняться государям, а в духовных — собору. Философ принимает участие в работе францисканских соборов в Ренсе и во Франкфурте (1338), а также ведет деятельную переписку с коллегами по ордену. В 1338 году Оккам прямо провозглашает себя и «братьев-миноритов» истинно верующими мужами, он не считает ни себя, ни их связанными какими-либо папскими указами. Дополнительный папский гнев на себя и своих друзей он навлек красноречивой обстоятельной защитой права короля облагать налогом церковные владения в тех случаях, когда это представляется необходимым светскому владыке.
Список политических трактатов Оккама открывает «Труд девяноста дней», созданный, по-видимому, в 1331 году. Он был написан в защиту Михаила Чезенского от обвинений Иоанна XXII. Полемический огонь по папской курии Оккам открывает в своем «Трактате о догматах папы Иоанна XXII» (1335–1338). В нем философ предстает убежденным защитником концепции апостольской бедности. Он также обсуждает здесь вопрос о происхождении института частной собственности.
Главный политический трактат Оккама, «Диалог», уже с 1343 года был широко известен. Написание его первой части относится к 1333–1334 годам. Мыслитель подвергает решительному осуждению верховенство папы и иерархическую структуру католической церкви. По Оккаму, церковь апостольских времен и римская католическая церковь существенно различны. Первая образовывалась из всех верующих во Христа. Вторая — ограничивается рамками римской иерархии.
Деспотический моральный и духовный диктат римской церкви находится в явном противоречии со Священным писанием Духовенство не имеет права отпускать грехи, это под силу одному Богу. Отлучать от церкви князя может только общий собор. Особо Оккам выступает против церковной иерархии; в принципе любой священнослужитель не может превосходить никакого другого деятеля культа — в древней церкви не было духовных рангов. Настоящий глава церкви — сам Христос. Ни один священник не должен выполнять каких-либо «светских» функций.
Основополагающим в «социологической» доктрине Оккама является понятие «первоначальный человек», или «естественный человек». Допускается, что все люди равны от природы в отношении выполняемых ими основных функций. Мыслитель аргументирует это так «Ибо от Бога и по природе все смертные рождаются свободными и по человеческому праву никому не подчиненными, так что могут по своему собственному почину поручить правителю руководить собой…»
В 1340–1342 годах Оккам пишет «Восемь вопросов о папской власти» — один из своих наиболее значительных политических трактатов, особенно популярный в 1380–1440 годах (период, именуемый в истории церкви «Великим расколом»). В предисловии к трактату Оккам сообщает, что написал его по просьбе некоторых лиц, которым он его почтительно посвящает, не называя, однако, поименно. Можно предположить, что лица эти — Людвиг Баварский и кто-то из его окружения.
29 ноября 1342 года умер Михаил Чезенский, и Оккам фактически стал рассматриваться своими сторонниками как вождь францисканского ордена. В Мюнхене Оккам довольно близко сошелся со знаменитым аверроистом Марсилием Падуанским, другом и соратником крупного философа — Жана Жанденского, адаптировавшего арабоязычный перипатетизм.
В конце 1342 года Оккам заканчивает работу над «Бревилоквием», а затем принимается за «Трактат о юрисдикции императора в основаниях брачных отношений», завершенный, по-видимому, после 1343 года. Чрезвычайно важный для характеристики политических взглядов мыслителя памфлет «Об императорской и папской власти», созданный около 1347 года, в настоящее время не вызывает никаких дискуссий относительно его принадлежности перу Оккама, хотя до сих пор и не издан. Красноречив заголовок другого сочинения философа, «Разбор заблуждений Иоанна XXII», созданного, по-видимому, в 1335–1339 годах. Боевитостью отличается и Оккамов «Трактат против Бенедикта XII».
Наряду с политическими проблемами философ не перестает работать над логическими и философскими. В Мюнхене им создается окончательная редакция фундаментального «Свода логики», дорабатывается теолого-философское сочинение. Натурфилософские воззрения Оккама отражены в его труде «Философия природы (или Краткий свод) в физических книгах», впервые опубликованном в Болонье в 1494 году.
После смерти в 1347 году от апоплексического удара Людвига Баварского Оккам, по некоторым документально не подтвержденным данным, якобы предпринимал попытки примириться с церковью. Точная дата смерти Оккама не установлена. По мнению исследователя Ф. В. Кийса, наиболее вероятная дата его кончины — 10 апреля 1349 года.