В 1448 году Кузанец получает звание кардинала. Это его новое положение, по-видимому, способствовало некоторому изменению его философской позиции.
Не всё из написанного им получает одобрение его коллег. Так, гейдельбергский богослов И. Венк посвятил ему свое негодующее сочинение под названием «Невежественная ученость», в котором, в частности, писал: «Не знаю, видел ли я в свои дни писателя более пагубного».
Ортодоксального католика возмутили пантеистические мотивы, сквозившие в философии Кузанца. Само понятие «пантеизм» появилось в литературе гораздо позже, два с половиной столетия спустя, — от греческих «пан» (все) и «теос» (Бог), — но мы прибегаем к нему для краткости, чтобы подчеркнуть самое главное, что шло вразрез с устоявшимися взглядами. Критика со стороны ортодоксального богослова насторожила Николая Кузанского («Мне сегодня попалась книжонка одного не только невежественного, но и наглого человека, называющего себя магистром теологии…» — писал он), и впредь он высказывался осторожнее. К тому же и кардинальское положение его обязывало.
В «Апологии ученого незнания» (1449) он постарался ответить на предъявленные ему обвинения, доказывая согласованность своих суждений с мнениями церковных авторитетов, хотя за благопристойной формой этого и последующих его сочинений нельзя не разглядеть все той же линии.
«Что Бог во всем и все в нем — известно из апостола Павла и всех мудрецов. Но этим никто не утверждает сложности в Боге, так как все в Боге — Бог: земля в Боге не земля, но Бог и так далее. Этот человек совершенно ничего не понимает, раз делает вывод о несовместимости этого с простотой Бога. Как с простотой единства согласуется то, что в нем свернуто пребывает всякое число, так с простотой основания — все обоснованное».
«Апология ученого незнания» знаменует собою известный поворот в творчестве Николая: последующие работы написаны им с большей осторожностью; по-видимому, он не хотел давать поводов для обвинений.
В 1450 году вышли четыре книги Кузанца под общим названием «Простец» — два диалога «О мудрости», диалоги «Об уме» и «Об опытах с весами». Эти книги написаны в форме беседы простеца с философом и ритором, в ходе которой простой, невежественный человек из народа поучает «ученых» в деле постижения высшей мудрости. Простец представляет здесь точку зрения, обоснованную в трактате «Об ученом незнании».
В диалоге «Об опытах с весами» Кузанец рассматривает опыт как источник познания природы, здесь он пытается ввести в естествознание количественные методы и точные измерения. В этой работе Кузанский выступил провозвестником новой эпохи, эпохи господства науки и техники. Заслуги Кузанца в истории естествознания неоспоримы. Он первым составил географическую карту Европы, предложил реформу юлианского календаря, давно нуждавшегося в улучшении (она была проведена полтора столетия спустя). Известный историк математики Кантор отметил значительную роль философа в истории математики, в частности, в решении вопроса о квадратуре круга, об исчислении бесконечно малых величин. Идеи Николая в области космологии подготовили учение Бруно о бесконечности Вселенной.
Став в 1450 году епископом Бриксена и одновременно папским легатом в Германии, Николай инспектирует монастыри, выступая против пренебрежения проповедями, против нерадивого отношения клира к своим обязанностям. С 1451 по 1452 год Кузанец путешествует по империи, в частности с целью вернуть гуситов в лоно католической церкви (что ему не удалось).
В 1453 году он пишет книгу «О согласии веры», где проводит смелую для той эпохи мысль о том, что религия всех разумных существ едина и она «предполагается во всем различии обрядов», то есть в различных религиозных обрядах он сумел увидеть одно религиозное содержание. На этой основе Кузанец предлагал всем верующим объединиться и прекратить религиозные войны. В то время, когда турки, стремившиеся к исламизации христианского мира, заняли Константинополь, а христианская церковь, с другой стороны, вынашивала планы новых крестовых походов, Кузанец выступил за веротерпимость. Вопреки догматической узости многих своих современников — христианских теологов Николай в одном из последних своих произведений — «Опровержении Корана» (1464) — указывал на связь ислама и христианства. Таким образом, даже в церковно-политических сочинениях Кузанец выходил за пределы официальной католической доктрины, проявляя независимость мышления. В1458 году Николай возвращается в Рим, где уже в качестве генерального викария опять пытается проводить реформы. Умер он в Италии, в Тоди, в 1464 году.
Последнее десятилетие своей жизни Кузанец особенно усердно занимался философией и математикой, что нашло отражение в его трактатах «О видении Бога» (написанном для монахов монастыря в Тегернзее) (1453) и «О берилле» (1458).
В последние годы жизни философом написаны «О бытии-возможности» (1460), «О наивном» (1462), «Об охоте за мудростью» (1463), «Об игре в шар» (1463), «Компендий» (1463) и, наконец, «О вершине созерцания» (1464) В этих работах рассматривается вопрос об отношении между Богом и миром и о способах познания абсолюта.
При построении своей системы Кузанец обращался к огромному арсеналу учений, существовавших в разные времена в разных странах. Пифагор, Демокрит, Платон, Аристотель, неоплатоники Прокл и Боэций — вот неполный перечень авторов, цитируемых им. Математические идеи Кузанца во многом были вдохновлены сочинениями Пифагора, Прокла, Боэция. Один из основных принципов философии Николая — принцип «все во всем» является своеобразным отражением идеи Анаксагора, согласно которому каждая вещь в той или иной мере содержит в себе все остальные вещи. Однако в его сочинениях обнаруживается влияние прежде всего Платона и неоплатоников. Обращение к платоновской философии в XV веке было свидетельством свободомыслия. Общеизвестно, что с XIII века христианская теология развивалась в русле приспособленной к нуждам официальной католической доктрины философии Аристотеля. Платонизм в XV веке выступал чаще всего в той неоплатонической окраске, которую придали философии Платона последователи Плотина и Прокла — Плифон и Виссарион. Приверженность платонизму была характерна для большинства гуманистов, в том числе и для нашего философа, воспринявшего платонизм в трактовке Прокла.
Согласно Кузанцу, «творец и творение — одно и то же», «Бог во всех вещах, как все они в нем». Низводя бесконечность Бога в природу, он сформулировал идею бесконечности Вселенной в пространстве. Так подготавливалась почва для гелиоцентрического воззрения Коперника.
«Машина мира имеет, так сказать, свой центр повсюду, — писал он, — а свою окружность нигде, потому что Бог есть окружность и центр, так как он везде и нигде». Утверждая, что у Вселенной нет границ, что она бесконечна, Николай Кузанский тем самым ставил под сомнение убеждение христианской космологии относительно ее иерархической структуры.
Человека он рассматривает как микрокосм, представляющий собой подобие макрокосма. По мнению Николая Кузанского, человек соединяет в себе как земное, так и божественное. «Бог есть творец реальных вещей и естественных форм, так и человек — творец логического бытия и искусственных форм». Николай Кузанский полагал, что человек вполне способен познавать природу, и это осуществляется посредством чувств, воображения, рассудка и разума.
Николай Кузанский высказывал идеи, получившие развитие лишь в последующей истории философии. Например, мысль о том, что все вещи состоят из противоположностей. Кроме того, он выдвигал серьезные возражения против принципа противоречия Аристотеля. Он предлагал идею о совпадении противоположностей. Наиболее ярким синтезом противоположностей выступает Бог, так как, с одной стороны, он находится повсюду, поэтому есть все, а с другой — он нигде не находится определенно, то есть он ничто. Человек тоже есть синтез противоречий: он и конечен как телесное существо и бесконечен в своих духовных проявлениях.
С проблемой противоположностей связана и проблема истины, которую философ тесно связывал с заблуждением, полагая, что для истины заблуждение требуется как тень для света.
Николай Кузанский защищал концепцию знающего (ученого) незнания, даже самое глубокое знание не ликвидирует незнания. «Знает по-настоящему тот, кто знает свое незнание», — заявляет он. Процесс познания совершается по пути, приближающему нас к недостижимому абсолюту, Бог же остается непознаваемым.