Сведения о Пифагоре до его отъезда в Великую Грецию чрезвычайно малочисленны. Ранние источники называют его родиной Самос, с чем солидарна и большая часть поздних авторов. Отцом Пифагора обычно называют Мнесарха. О профессии Мнесарха высказывались различные мнения одни считали его богатым купцом, другие — золотых дел мастером, резчиком гемм. Упоминание о такой редкой профессии не очень похоже на чье-то изобретение, но первый вариант все же предпочтительнее. Самосский аристократ вполне мог заниматься торговлей хлебом (но никак не ремеслом), а образование и характер политической деятельности Пифагора явственно указывают на знатность и богатство его происхождения.
Существует несколько легенд, связанных с рождением философа По одной их них, в Дельфах, куда приехали Мнесарх с женой Парфенисой, — то ли по делам, то ли в свадебное путешествие — оракул предрек им рождение сына, который прославится в веках своей мудростью, делами и красотой. Бог Аполлон, устами оракула, посоветовал им плыть в Сирию. Пророчество чудесным образом сбылось — в Сидоне Парфениса родила мальчика. По древней традиции Парфениса приняла имя Пифиада, в честь Аполлона Пифийского, а сына нарекла Пифагором, то есть предсказанным Пифией (По другой версии, Пифагор (то есть «убеждающий речью») — это прозвище, которое дали ему потому, что он высказывал истину так же постоянно, как Дельфийский оракул). Датой рождения Пифагора принято считать приблизительно 570 год до н. э.
Вернувшись из путешествия, счастливый отец воздвиг алтарь Аполлону и окружил юного Пифагора заботами, которые могли бы способствовать исполнению божественного пророчества. Будущий великий философ и математик уже в детстве обнаружил большие способности к наукам. У своего первого учителя Гермодамаса Пифагор постиг основы музыки и живописи. Для упражнения памяти Гермодамас заставлял его учить песни из «Одиссеи» и «Илиады» Гомера. Первый учитель прививал своему юному воспитаннику любовь к природе и ее тайнам. «Есть еще другая Школа, — говорил Гермодамас, — твои чувствования происходят от природы, да будет она первым и главным предметом твоего учения».
Согласно преданию, при помощи учителя Пифагор с острова Самос перебрался на Лесбос, где жил у своего родственника Зоила. Там Пифагор познакомился с поэтом и философом Ферекидом Сиросским — другом Фалеса Милетского. У Ферекида Пифагор учился астрологии, предсказанию затмений, тайнам чисел, медицине и другим обязательным для того времени наукам. Прожив на Лесбосе несколько лет, Пифагор отправился в Милет — к знаменитому Фалесу. Пифагор слушал лекции милетского мудреца, которому было далеко за семьдесят, и его более молодого коллегу Анаксимандра. Впрочем, большинство историков сомневается, что Пифагор обучался у Ферекида и Фалеса. Например, Ион, впервые упомянувший Ферекида рядом с Пифагором, еще ничего не говорит об их личных контактах. Но уже в следующем веке историк Андрон из Эфеса, автор книги о семи мудрецах, называет Ферекида учителем Пифагора. Таким образом, ничего определенного об учителях Пифагора сказать нельзя. Несмотря на его несомненную близость к ионийской традиции и знакомство с идеями милетских философов, никто из них, вероятно, не был его прямым наставником.
Все путешествия Пифагора относят ко времени его жизни на Самосе. В поздние времена Пифагору приписывали поездки не только к египтянам, финикийцам или персидским магам, но и к вавилонянам, эфиопам, сирийцам, индийцам, евреям, иберам, фракийцам, арабам и даже галльским жрецам-друидам. По дороге в Египет Пифагор на некоторое время останавливается в Финикии, где, по преданию, учился у знаменитых сидонских жрецов. Пока он жил в Финикии, его друзья добились того, что Поликрат — властитель Самоса, не только простил беглеца, но даже послал ему рекомендательные письма для Амазиса — фараона Египта.
В Египте благодаря покровительству Пифагор познакомился с мемфисскими жрецами. Ему удалось проникнуть в «святая святых» — египетские храмы, куда чужестранцы не допускались. Для этого Пифагор прошел посвящение в сан жреца. Изучив язык и выдержав все искусы на пути к познанию, Пифагор стал равноправным членом касты жрецов. Пребывание в Египте способствовало тому, что он сделался одним из самых образованных людей своего времени.
После смерти фараона Амазиса его преемник отказался выплачивать ежегодную дань Камбизу, персидскому царю, что послужило поводом для войны. Персы не пощадили даже священные храмы. Подверглись гонениям и жрецы их убивали или брали в плен. Так попал в персидский плен и Пифагор. Согласно легендам, в плену в Вавилоне Пифагор встречался с персидскими магами, познакомился с учениями халдейских мудрецов, со знаниями, накопленными восточными народами в течение многих веков астрономией и астрологией, медициной и арифметикой. Эти науки у халдеев в значительной степени опирались на представления о магических и сверхъестественных силах, они придали определенное мистическое звучание философии и математике Пифагора.
Пифагора освободил персидский царь Дарий Гистасп, прослышавший о знаменитом греке. Мыслитель возвратился на родину, чтобы приобщить к накопленным знаниям свой народ.
С тех пор как Пифагор покинул Грецию, там произошли большие изменения. Один из культурнейших центров, Самос в результате войны с персами превратился в отсталую провинцию. Свобода, а вместе с ней искусство и культура покинули Ионию. Лучшие умы, спасаясь от персидского ига, перебрались в Южную Италию, которую тогда называли Великой Грецией, и основали там города-колонии Сиракузы, Агригент, Кротон.
«Достигнув сорока лет, — говорит Аристоксен, — Пифагор, видя, что тирания Поликрата слишком сурова, чтобы свободный человек мог переносить ее надзор и деспотизм, уехал вследствие этого в Италию». Годом его отъезда с Самоса Аполлодор считал первый год 62-й олимпиады (532–531 год до н. э.), основываясь, как полагают, на сочинении самого Аристоксена, а Тимей — 529 год до н. э.
Поликрат пришел к власти на Самосе около 540 года до н. э. и до 522 года до н. э. оставался единоличным правителем острова. Эпоха его правления была весьма благоприятна для Самоса: на острове велось большое строительство, его экономика процветала. Подобно многим греческим тиранам, Поликрат покровительствовал талантам: при его дворе жили поэты Ивик и Анакреонт, работали знаменитый врач Демокед и создатель самосского туннеля инженер Евпалин. Что же заставило Пифагора уехать с Самоса? Действительно ли связь с земельной аристократией, враждебной Поликрату? Или, как считают некоторые, политические мотивы его эмиграции просто выдуманы Аристоксеном, чтобы приписать ему славу тираноборца? Любой ответ здесь будет гипотетическим. Можно лишь полагать, что, будь Пифагор только философом и ученым, ему, вероятно, нашлось бы место под властью просвещенного тирана. Однако, он был еще и человеком с сильными политическими амбициями и посвятил политике немалую часть своей жизни. Трудно ли было ему понять, по прошествии нескольких лет тирании Поликрата, что Самос слишком мал для них обоих? Политическая карьера в условиях тирании могла вывести его только в приближенные тирана, но этот путь вряд ли подходил для такой личности, как Пифагор.
Вот как описывает его приезд Дикеарх (в передаче Порфирия). «Когда Пифагор прибыл в Италию и появился в Кротоне, он расположил к себе весь город как человек много странствовавший, необыкновенный и по своей природе богато одаренный судьбой, ибо он обладал величавой внешностью и большой красотой, благородством речи, нрава и всего остального. Сначала, произнеся долгую и прекрасную речь, он очаровал старейшин, собравшихся в совете, затем, по их просьбе, дал наставления юношам, после них детям, собранным вместе из школ, и, наконец, женщинам, когда и их созвали, чтобы его послушать». К сожалению, картина, нарисованная Дикеархом, слишком похожа на фрагмент Ангисфена о речах Пифагора и потому едва ли может рассматриваться как независимое свидетельство. Маловероятно к тому же, чтобы Пифагор смог столь быстро и без особого труда добиться влияния в чужом для него городе — ведь он прибыл в Великую Грецию в одиночку, не имея никакой поддержки. Судьба таких людей в VI веке до н. э. редко была завидной. Последующий успех Пифагора действительно можно связывать с его умением убеждать людей, но у нас нет данных о том, что он сумел завоевать влияние в Кротоне уже в первые годы своего пребывания, не говоря уже о месяцах. Вероятно, постепенно самосский мудрец приобретал приверженцев, первоначально, скорее всего, из среды аристократической молодежи. По словам Исократа, правда, несколько ироническим, слава Пифагора была настолько велика, что все юноши хотели стать его учениками, а их отцы предпочитали, чтобы они больше общались с ним, чем занимались собственными делами. Молодые ученики Пифагора стали, очевидно, основной силой пифагорейского сообщества, распространившего свое влияние сначала в Кротоне, а затем и за его пределами.