В 432 году до н. э. любовница Перикла Аспасия и его учитель Анаксагор были обвинены в непочтении к богам, а его друг великий скульптор Фидий – в растрате государственных средств. В связи с этим Перикл был отстранен от власти. Несколько недель спустя афиняне раскаялись и призвали Перикла обратно, наделив его еще большими полномочиями. Перикл пытался собрать в Афинах конгресс всех греческих полисов для урегулирования отношений между ними, но это мероприятие сорвалось из-за противодействия Спарты. Тем не менее Периклу удалось добиться переноса казны Делосского морского союза с Делоса в Афины. Зависимость союзников от Афин усилилась. Размер их взносов в союзную казну накануне Пелопоннесской войны достиг громадной по тем временам суммы в 600 талантов в год. По словам Плутарха, Перикл «направлял силы государства главным образом на охрану и укрепление уже завоеванного, считая, что достаточным будет остановить рост могущества Спарты, а не умножать и далее афинские владения».
В 431 году до н. э. началась Пелопоннесская война, затмившая своими масштабами все предыдущие столкновения двух претендентов на гегемонию в Греции. Этой войне предшествовал конфликт спартанского союзника Коринфа с Керкирой в 434 году до н. э. Перикл вступился за Керкиру, которая просила принять ее в Афинский союз (так стал называться Делосский союз). Керкира имела сильный флот и занимала важное положение на пути в Италию, так что Периклу удалось убедить граждан в необходимости оборонительного союза с этим полисом. На помощь Керкире были направлены 10 афинских триер, которые должны были вступить в бой лишь в случае, если неприятель нападет на Керкиру. В 433 году до н. э. вблизи Керкиры состоялось морское сражение, в котором 110 керкирским и 10 афинским триерам противостояли 150 пелопоннесских триер. Оно прекратилось, когда Перикл послал сюда еще 20 триер. Коринфяне и их союзники, вынужденные отступить, обвинили Афины в нарушении мирного договора. Когда же Перикл объявил Мегаре торговую войну, возглавляемый Спартой Пелопоннесский союз потребовал отменить торговую блокаду, объявленную тяготевшей к Спарте Мегаре Афинским морским союзом. Спартанские послы заявили, что Спарта желает мира, и его можно сохранить, если Афины предоставят независимость эллинским государствам. Афины отказались, и война началась. Перикл, убеждая народное собрание не уступать требованиям спартанцев, указывал на силу афинского флота, богатую казну и крепость Длинных стен. По поводу же отмены торговой блокады в ответе, составленном Периклом, говорилось следующее: «Мы позволим мегарянам пользоваться рынками и гаванями, если спартанцы прекратят изгнание чужеземцев, и предоставим независимость полисам, которые имели ее прежде, если спартанцы позволят и своим полисам жить по собственным законам. Мы готовы подчиниться решению третейского суда, как это предусмотрено мирным договором».
Спарта полагалась на свое превосходство на суше: ее гоплиты были наиболее многочисленными и профессионально подготовленными. Афины же безраздельно господствовали на море, имея флот в 300 триер, построенный благодаря настояниям Перикла. Афинские моряки были прекрасно подготовлены, поскольку в мирное время он ввел постоянные военно-морские маневры, которые продолжались до 8 месяцев в году. Перикл надеялся блокадой вынудить Пелопоннесский союз капитулировать, истощив его силы к сопротивлению. Афиняне рассчитывали, что мощные укрепления города позволят отразить вторжение в Аттику спартанской армии. Сухопутная армия Афин при Перикле состояла из 29 тысяч тяжеловооруженных пехотинцев – гоплитов, 1 тысячи тяжеловооруженных всадников, 1600 легковооруженных пехотинцев – стрелков из лука и 200 конных лучников. Спартанцы располагали более значительными сухопутными силами, к тому же лучше подготовленными – около 60 тысяч гоплитов, поэтому на суше Перикл предполагал придерживаться оборонительного способа действий.
Боевые действия начались с того, что фиванцы атаковали союзный с Афинами город Платеи. Нападение не удалось. Многие фиванцы были убиты, а попавшие в плен – казнены. Тогда спартанские войска во главе с царем Архидамом вторглись на землю Аттики. В результате в 431 году до н. э. Афины были впервые осаждены спартанцами и их союзниками. Перикл распорядился, чтобы сельское население укрылось за «длинными стенами», укреплениями длиной в 40 километров, прикрывавшими территорию между Афинами и Пирейской гаванью. Это было одно из главных детищ Перикла. Спартанцы опустошили окрестности города, но на осаду не решились. Граждане, чьи сады вырубили и чей скот угнали спартанские воины, уговаривали Перикла дать бой спартанцам, но он, сознавая превосходство неприятеля, не поддался эмоциям. Он утешал жертв спартанского вторжения: «Вместо срубленных деревьев вырастут новые, а на месте погибших воинов новые не вырастут». Перикл несколько месяцев не созывал народного собрания, чтобы разъяренные горожане не приняли решение вступить в открытый бой со спартанской армией или не сместили бы его с поста стратега. Тем временем афинский флот совершил вылазку к западному побережью Пелепоннеса, но произвести высадку десанта не рискнул. Вскоре Архидам очистил Аттику. Афинская армия воспользовалась этим и захватила Мегару и Эгину.