Новому наркому приходилось решать все вопросы непосредственно со Сталиным. А это было непросто. Мнение Сталина было решающим. Если он соглашался с предложениями наркома ВМФ, то вопрос решался быстро, а если у него была другая точка зрения, то тогда надо было доказывать и доказывать необходимость осуществления той или иной меры. Требовались компетентность, серьезная аргументация и смелость, и Кузнецов обладал необходимой решительностью и ответственностью.
Новая программа была намечена еще в 1937 году и предусматривала строительство флота, равного ВМС США и Великобритании, в течение 8—10 лет. Программа не только не имела должного оперативно-стратегического обоснования, но и не учитывала возможностей отечественной промышленности. Поэтому сразу же остро встали вопросы строительства кораблей, баз, разработки необходимой документации, обучения и воспитания личного состава. Нарком ВМФ активно вел работу по выполнению кораблестроительной программы, хотя было ясно, что реализовать ее полностью в намеченные сроки нереально. Следует сказать, что к моменту принятия новой программы в советской военной теории не рассматривался вопрос о применении тяжелых надводных артиллерийских кораблей как ядра сил ВМФ. В то время господствовала «теория малой войны на море». Вся программа больше опиралась на зарубежный опыт строительства ВМС.
Кузнецов считал, что надо строить корабли различных классов, но учитывать при этом особенности наших морских театров и вероятного противника. По его признанию, в то время он не имел четкого представления о советской военной доктрине, полагая, что она «в голове у Сталина».
С началом Второй мировой войны проблемы строительства флота обозначились еще острее. В 1940 году было принято решение форсировать строительство легких сил ВМФ – подводных лодок, малых надводных кораблей – эскадренных миноносцев, тральщиков, катеров, а крупные корабли не закладывать. Несмотря на трудности, объем военного кораблестроения возрастал. К началу 1941 года ВМФ насчитывал более 900 кораблей и обладал значительным боевым потенциалом.
В подготовке флота к выполнению своей задачи нарком отводил большую роль учебе непосредственно в море. Уже в мае 1939 года состоялись большие учения сил Черноморского флота, а в конце июля того же года Кузнецов руководил учениями сил Балтийского флота. В сентябре были приняты новые планы подготовки флота, соответствующие международной обстановке.
В ноябре 1939 года Кузнецов утвердил инструкцию о состоянии боевой готовности к отражению и проведению первых операций в случае нападения противника. Система предусматривала три степени готовности. Готовность № 3 – обычное состояние частей и кораблей, плановая учеба состава и сменное дежурство. Готовность № 2 предусматривала наличие на кораблях неснижаемого запаса топлива и боезапаса, увольнения сокращались до минимума, устанавливались круглосуточные дежурства, дозоры и патрулирование. Готовность № 1 объявлялась только при наличии действительной опасности нападения. При ней корабли развертывались в боевые порядки, штабы флотов переходили на постоянное дежурство, судам запрещалось входить на базы, а тыловые службы могли срочно отключить освещение в портовых городах и на базах для обеспечения маскировки. Начиная с 1939 года на всех флотах страны проводились регулярные тренировки по обучению личного состава кораблей действиям по различным степеням готовности.
В середине июля 1940 года нарком издал приказ о введении в действие «Наставления по боевой деятельности штабов соединений ВМФ», а в декабре того же года – «Временного наставления по ведению морских операций».
Флоты получили также наставления по организации боевой деятельности военно-воздушных сил, подводных лодок, надводных кораблей. Было разработано положение о тыле, в котором определялись его задачи и функции по обеспечению боевой деятельности кораблей. Приказом наркома вводились в действие новые уставы – «Корабельный устав ВМФ СССР» и «Дисциплинарный устав ВМФ СССР».
Нарком Кузнецов не раз обращал внимание на необходимость отработки стратегического взаимодействия между армией и флотом. Дело в том, что такое взаимодействие не было закреплено в документах высшего военно-политического руководства страны, оно было поставлено в зависимость от личного отношения между руководителями двух наркоматов. Кузнецов все-таки добился принятия директивы, определившей задачи флотов и общий порядок их взаимодействия с войсками Красной Армии.