Сталину, опиравшемуся на нижние звенья руководства партии при содействии созданного им аппарата, понадобилось достаточно длительное время, чтобы установить полный контроль над Красной Армией. Для этого он прибегнул к политике «разделяй и властвуй». Троцкий был снят с поста председателя Реввоенсовета и наркома по военным и морским делам и заменен М.В.Фрунзе, который больше устраивал Сталина на этом посту. Однако и эта фигура Генеральному секретарю казалась не совсем подходящей, он нуждался в человеке, который был бы начисто лишен военных дарований, но одновременно являлся бы проводником его политики в Красной Армии. Потому, когда Фрунзе неожиданно скончался после неудачной операции, на пост наркома обороны был назначен К.Е.Ворошилов, хорошо известный Сталину по боевым действиям на юге России в годы гражданской войны.
Сталин понимал непригодность Ворошилова как военного специалиста. Его выбор носил чисто политический характер. Однако в России пост военного министра всегда имел большее значение, чем в европейских странах, где это ведомство отвечало лишь за перевооружение и снабжение армии, а действительно стратегические задачи решал Генеральный штаб. Главный штаб в России большую часть своего существования напрямую подчинялся военному министру. Подобная практика перешла и в советское время. Наркому обороны подчинился и Генеральный штаб РККА, во главе которого стояли бывшие офицеры старой русской армии С.С.Каменев (1925), М.Н.Тухачевский (ноябрь 1925 – май 1928), Б.М.Шапошников (май 1928 – июнь 1931), А.И.Егоров (июнь 1931 – сентябрь 1935) и вновь Б.М.Шапошников (май 1937 – январь 1940).
Сталин понимал необходимость нахождения во главе такого специфического органа как Генеральный штаб компетентных специалистов, не склонных к политическим играм. Однако, как вскоре выяснилось, и эти лица не были лишены политического авантюризма.
Прежде всего к таким лицам относился Тухачевский, занявший пост начальника Генерального штаба в середине 1920-х годов. Тухачевский настаивал на коренной модернизации Красной Армии, увеличении выпуска танков и артиллерии едва ли не в четыре раза, не считаясь с затратами и уровнем производства. Он взял на себя смелость выработки военной доктрины, указывая на будущих союзников и противников Советской России. По давней традиции, военным, даже находящимся на высоких постах, залезать в политику не полагалось. Сталин отстранил Тухачевского с поста начальника Генерального штаба и направил командовать войсками Ленинградского военного округа.
С именем Тухачевского связана и очередная полоса репрессий, прокатившаяся по Красной Армии в конце 1920-х – начале 1930-х годов. Жертвой этих репрессий стали прежде всего военные специалисты, преподаватели военных академий А.А.Свечин, А.И.Верховский, Н.Е.Какурин, А.Е.Снесарев. Незадолго до начала репрессий между ними и Тухачевским проводилась широкая дискуссия о характере будущей войны. Профессора военных академий во главе со Свечиным настаивали на проведении «Стратегии измора» противника, что шло вразрез с пропагандировавшейся Тухачевским «Стратегии сокрушения». Начальник Генерального штаба развернул целую кампанию против Свечина, обвинив его в том, что «он является агентом интервенции империализма, что он фактически подводит Красную Армию под поражение».
Таким образом в военной науке с дискуссиями было покончено, а относительно стратегии возобладало мнение заместителя начальника Военной академии им. М.В.Фрунзе Е.А.Щаденко, что «стратегией занимается лично товарищ Сталин, и это не наше дело». К концу 1930-х годов разработка военной доктрины почти полностью перешла к верховному вождю Красной Армии.
Дело о «заговоре генералов» во главе с Тухачевским носило во многом характер конфликта между наркомом обороны Ворошиловым и его заместителем Тухачевским. Первый совместно с командиром 1-й Конной армии С.М.Буденным по-прежнему считал, что в будущей войне решающую роль будет играть кавалерия, другой настаивал на коренной модернизации Красной Армии и называл будущую войну «войной моторов». В результате разногласий Тухачевский предпринял попытку сместить своего прямого начальника с поста наркома обороны и тем самым покусился на полномочия человека, которому принадлежало единственное право смещать и назначать людей, стоящих во главе Красной Армии. Этого Сталин не мог потерпеть, и именно это обстоятельство явилось главной причиной появления «дела генералов» в июне 1937 года.
Гибель Тухачевского, Якира, Уборевича, Путны, других военачальников все же не могла бы коренным образом отразиться на боеспособности Красной Армии. Но следом за «процессом военных» репрессии начали затрагивать все высшее и среднее звено ее командного состава. На место репрессированных пришли новые люди, не имевшие ни боевого опыта, ни военных знаний, однако они обладали качествами, необходимыми Сталину, – неучастием в оппозиционных группах и беспрекословным повиновением, которое было так необходимо вождю в проведении его будущей стратегии.