Сталин уже давно пытался освоить военную науку, возможно, он уже мысленно представлял себя вождем Красной Армии и на театре военных действий. Однако он не спешил возлагать на себя руководство Красной Армией, ограничиваясь интенсивными контактами с Ворошиловым, от которого он черпал общую информацию о положении в войсках, и с Шапошниковым, дважды находившимся во главе Генерального штаба и даже написавшим о своей работе трехтомный труд «Мозг армии». Шапошников был когда-то полковником старой армии, но не участвовал ни в каких оппозиционных группировках. Шапошникова вполне можно было назвать «живой военной энциклопедией». После 1938 года на беседы со Сталиным стали приглашаться и вновь назначенные командующие родов войск и военных округов.
В эти годы активизировалась и работа разведки, как военной, так и НКВД. Разведку (ГРУ) Сталин контролировал сам и старался самостоятельно делать выводы о будущих событиях на основе самых разнообразных сведений, представляемых обоими разведывательными органами.
Немало времени Сталин отдавал и встречам с конструкторами боевой техники и вооружений. Он встречался как с главными конструкторами, так и с летчиками-испытателями, рассказывавшими ему о своем опыте в ходе испытания новейших конструкций самолетов.
По общему мнению, Сталин не спешил принимать ту или иную точку зрения, а внимательно взвешивал все обстоятельства, учитывая все позитивные и негативные факторы принятого решения.
Наиболее частыми встречи Сталина с командным составом Красной Армии стали осенью 1939 года, незадолго до начала советско-финляндской («зимней») войны 1939—40 года. Именно эта война показала непригодность прежнего руководства Красной Армии и необходимость его срочной замены. Сталин отстранил Ворошилова от занимаемой должности, назначив на его место С.К.Тимошенко, который в «зимней войне» возглавлял войска Северо-Западного фронта, прорвавшие «линию Маннергейма» на Карельском перешейке.
Новые назначения получили и военачальники, отличившиеся во время боев в Финляндии. К.А.Мерецков стал начальником Генерального штаба вместо заболевшего Шапошникова, М.П.Карпонос – командующим Киевским особым округом. Широкими шагами делал свою карьеру и бывший командующий Киевским особым округом Г.К.Жуков, осенью 1939 года разгромивший на Халхин-Голе японскую группировку и получивший за это звание Героя Советского Союза.
Именно эти генералы новой формации все чаще начинали ставить перед Сталиным вопрос об увеличении численности Красной Армии, ее последующей мобилизации и нанесении превентивного удара по Германии, связанной на западе боевыми действиями с Англией и Францией. Казалось, генералы вновь чрезмерно увлеклись политикой. Однако их не постигла судьба предшественников, и причина этого была одна – идеи генералов во многом разделялись самим Сталиным.
Но в отличие от своих генералов Сталин не мог принимать столь быстрые решения. Он хотел проверить на практике, действительно ли генералы способны достаточно быстро разгромить гитлеровские войска. Со 2 по 11 января 1941 года были проведены оперативно-стратегические игры, в которых отрабатывались различные сценарии кампаний.
К своему удивлению Сталин узнал, что ни Генеральный штаб во главе с Мерецковым, ни командующий Западным Особым военным округом генерал Д.Г.Павлов, играющий за «восточных», то есть за Красную Армию, не готовы к варианту событий, в котором превентивный удар наносили германские войска – в игре их представлял Жуков, руководивший «западными».
Сталин заменил Мерецкова Жуковым на посту начальника Генерального штаба, переведя Мерецкова на пост заместителя начальника Генерального штаба по боевой подготовке.
Новый начальник Генерального штаба окончательно лишил свое ведомство функций «мозга армии» и занялся лишь вопросами мобилизации и распределения ресурсов по войскам, начавшим скрытно стягиваться к советско-германской границе. Но Сталину прежний Генеральный штаб уже не был нужен, ведь стратегию вырабатывал он сам.
И все же первый удар Гитлера смешал военным все их карты. Уже 22 июня 1941 года Генеральным штабом был подготовлен проект указа о проведении всеобщей мобилизации и образовании Ставки, которую должен был возглавить непосредственно Сталин. Однако он не согласился принимать эту должность, и председателем Ставки Главного Командования был назначен нарком обороны Маршал Советского Союза С.К.Тимошенко.