В конце января здоровье Еременко резко ухудшилось, и он был отправлен на лечение. Только в апреле он смог передвигаться без помощи костылей.
Теперь Еременко был назначен командующим Калининским фронтом. Прибыв на место и ознакомившись с оперативной обстановкой, он сразу же включается в управление войсками. При подготовке к летней кампании 1943 года для себя Еременко выделил несколько первоочередных задач – снабжение армии, обустройство позиций, учеба личного состава и приведение в порядок дорог. Войска Калининского фронта располагались на правом фланге большой группировки войск советской армии. В задачу фронта входили оборона фланга и оттягивание на себя сил противника, лишая его возможности маневрирования основными частями и резервами. Основные действия летней кампании развернулись на Курской дуге, а Калининский и Западный фронты наносили удары на другом направлении, чтобы немцы не могли перебросить с них дополнительные части под Курск, Орел и Белгород. Наступательные действия Еременко были настолько успешными, что немецкое командование не только не сняло части с этого направления, а было вынуждено перебросить на него из районов Орла и Белгорода до десяти дополнительных дивизий.
В 1944 году Андрей Иванович Еременко освобождал Крым, командуя Отдельной Приморской армией, в состав которой входили 12 стрелковых дивизий и одна танковая бригада, а с воздуха ее поддерживала 4-я воздушная армия. Его войска с боями прошли 420 километров, очистив от немцев южное побережье полуострова от Керчи до Севастополя.
Против его войск действовали 17-я немецкая армия, 5-й армейский и 49-й альпийский корпуса, две горнострелковые румынские дивизии. Переброшенная в Крым с Украины в начале марта 111-я немецкая пехотная дивизия находилась в резерве.
Вечером 7 апреля 1944 года Еременко атаковал опорные пункты 10-й румынской пехотной дивизии в районе Сиваша. На следующий день утром начался массированный штурм немецких позиций на Перекопе совместно с 4-м Украинским фронтом под командованием генерала Толбухина. После мощной артиллерийской подготовки силами стрелковых дивизий при поддержке танкового корпуса был нанесен удар по дивизиям 49-го горнострелкового корпуса, вынужденного отступить под напором советских войск. Затем отступил и 5-й армейский корпус, атакованный войсками генерала Еременко.
Успешные действия по освобождению Крыма Приморская армия продолжала под командованием генерала К.С.Мельника, так как Еременко был переведен на должность командующего 2-м Прибалтийским фронтом в конце апреля 1944 года.
Его войска наносят удар на идрицко-режицком направлении, а затем совместно с 3-м Прибалтийским фронтом освобождают Латвию.
В марте 1945 года Андрей Иванович принимает командование войсками 4-го Украинского фронта. Войска фронта освобождают Чехословакию, где находилась последняя группировка немецких войск, которая и после подписания капитуляции продолжала оказывать сопротивление.
После войны Еременко остается в строю. Во время Парада Победы он возглавлял колонну 4-го Украинского фронта – до 1945 года это были Юго-Восточный и Сталинградский (1942), затем Южный (1943), которыми командовал Еременко в период войны.
В дальнейшем он командовал войсками Прикарпатского, Западно-Сибирского и Северо-Кавказского военных округов. За заслуги во время Великой Отечественной войны в марте 1955 года Андрею Ивановичу Еременко было присвоено звание Маршала Советского Союза.
С 1958 года Еременко был назначен на должность генерального инспектора Министерства обороны СССР.
Андрей Иванович много занимается научной и просветительской деятельностью. Из-под его пера выходит множество статей и более десятка книг, некоторые из них были переведены на иностранные языки. О войне он написал воспоминания в трех книгах – «В начале войны», «Сталинград», «Годы возмездия».
Боевая и послевоенная деятельность Еременко была отмечена многими орденами и медалями. Ему было присвоено звание Героя Советского Союза, а среди наград были пять орденов Ленина, четыре ордена Красного Знамени, три ордена Суворова I степени, орден Кутузова I степени и много высших знаков отличия иностранных государств. За руководство войсками в период освобождения Чехословакии Еременко был удостоен звания Героя Чехословацкой республики.
Умер Андрей Иванович Еременко 19 ноября 1970 года. Он был похоронен в Москве, на Красной площади у Кремлевской стены.