Между тем в городе никто не догадывался: кто же этот загадочный человек, помогающий бедным и сиротам. И придумали образ доброго старика с мешком подарков, который спускается с горы Бейдалары и помогает жителям Миры. Моряки видели в святом Николае покровителя и защитника, крестьяне — участливого помощника.
Существует немало описаний внешности Николая — высокий лоб, заботливый взгляд пастыря, в котором преобладает то мягкость, то строгая проницательность.
Николай умер в глубокой старости в Мире и был похоронен в местном соборе. После смерти он был причислен клику святых, а его мощи — одна из самых чтимых христианских святынь.
В XI веке Мира страдала от турецких набегов. Всё христианское осквернялось или предавалось огню. И тогда христиане тайно вывезли мощи чудотворца в итальянский город Бар (ныне Бари). Произошло это 9 (22) мая 1087 года. Этот день на Руси отмечается как праздник Перемещения мощей святителя Николая из Мир Ликийских в Бари. Существует предание: когда саркофаг св. Николая открыли, чтобы увезти его мощи, оттуда исходило такое благоухание, что несколько дней весь город был окутан дивным запахом.
Некоторые учёные, в основном турецкие, высказывают предположение, что мощи, вывезенные в Италию, не принадлежали св. Николаю. Они объясняют это тем, что во время многовековой исламизации страны значительная часть ценностей из церкви была спрятана христианами в разных местах. И скорее всего саркофаг св. Николая мог быть указан ими неверно с намерением сохранить святыню от возможного осквернения. Учёные не исключают и такой версии: мощи св. Николая до сих пор находятся здесь, в церкви, но скрыты глубоко под грунтом. Ведь церковь многократно перестраивалась.
Во время арабских набегов IX века церковь Св. Николая в Мирах была сильно разрушена, но два века спустя её практически восстановили — фрески и мозаики вновь засверкали на её стенах. Однако с годами церковь заносило песком, и она погружалась в забвение. В 1853 году представители Российской империи, среди которых была княгиня Анна Голицына, выкупили участок земли вокруг церкви, чтобы основать русскую колонию в монастыре Св. Николая. Договор о продаже земли с представителями Османской империи был подписан, и начались раскопки церкви. Однако вскоре началась Крымская война, и турецкие власти подписанное соглашение отозвали.
Лишь в 1951 году учёные из Университета Анкары приступили к восстановительным работам. Сегодня уже можно любоваться небольшой, но величественной частью воссозданной церкви. Несмотря на то что разрушения были значительные, всё же удалось реконструировать главное: мощные колонны, поддерживающие массивный купол. Сохранился и саркофаг, где был похоронен св. Николай. (Хотя споры о его подлинности продолжаются.) На желтоватом мраморе выбиты рисунки, похожие на причудливые цветы. Искусные византийские мастера передали красоту жизни и бессмертия, создав для святого изысканную по красоте последнюю обитель.
Долгие годы учёные не могли прийти к единому мнению: тот ли это саркофаг или более позднего периода, действительно ли в нём находились мощи св. Николая?!
Совсем недавно, проведя кропотливую работу по изучению саркофага, всё же установили: крышка его несомненно относится ко времени жизни св. Николая. Отверстие на верхней стороне имеет воронкообразную форму, которую можно встретить только на саркофагах византийского периода. Напротив воронки в полу саркофага имеется отверстие. В давние времена внутрь заливали церковное вино и масло. Масло скапливалось внутри и потом использовалось для заполнения специальных сосудов, приносимых паломниками. Крышку саркофага украшают мастерски вырезанные в камне листья аканта — ещё одно из доказательств, потому что в дальнейшем крышки имели другую форму («клине»).
В церкви с двух разных сторон находятся часовни. В одной из них чудом сохранилось захоронение под арочным сводом. На крышке саркофага — надписи на церковнославянском языке. Учёные датируют их XIX веком. Известно, что эта плита была пожертвована церкви русским царём Александром II. Он принимал участие в финансировании реставрации церкви в 1863 году. Текст на крышке саркофага гласит: «Правило веры и образ кротости, воздержания учителя яви тя стаду твоему яже вещей истина: сего ради стяжал смиренном высокая, нищетою богатая. Отче священноначальниче Николае, моли Христа Бога спаситеся душам нашим». К сожалению, резчик, делавший надпись, не был знаком с кириллическим алфавитом, и оттого сделал немало ошибок и неверно изобразил некоторые буквы. Но всё же смысл написанного вполне можно понять.