Возвратившись в Ионию, Пифагор устроил у себя на родине училище, но, когда ему исполнилось сорок лет, он, тяготясь тиранией Поликрата, навсегда переселился в южную Италию, в город Кротон. Здесь он стал пользоваться глубоким уважением граждан как человек, много странствовавший, опытный и дивно одаренный судьбой.
Вместе с тем он обладал красивым голосом, благородной внешностью и манерами.
Сперва он взволновал своими речами городских старейшин; потом, по просьбе властей, обратил свои увещания к молодым; и, наконец, стал говорить с мальчиками, сбежавшими из училища, и даже с женщинами, которые тоже собрались на него посмотреть. Все это умножило его славу и привело к нему многочисленных учеников, как мужчин, так и женщин. По словам Никомаха, первыми слушателями его были около двух тысяч человек. Пифагор так пленил их своими рассуждениями, что ни один из них не вернулся домой, а все они вместе с детьми и женами устроили огромное училище, поселились при нем, а созданные Пифагором законы и правила соблюдали ненарушимо, как божественные заповеди. Из этого училища вырос в дальнейшем знаменитый пифагорейский союз. По духу и своей организации он более всего походил на религиозный орден, имевший свою иерархию, обрядность и эзотерическую доктрину, а его члены были также связаны строгой дисциплиной и послушанием.
Целью этого сообщества было нравственное совершенствование его членов, которые в результате должны были стать такими же завершенными произведениями искусства, такими же достойными, пластическими натурами, каким был сам Пифагор.
Жизнь в союзе регулировалась раз и навсегда установленными правилами. Все его члены носили одинаковые белые льняные одежды и имели определенный распорядок дня, в котором для каждого часа была своя работа: утром, тотчас же после пробуждения ото сна, им вменялось в обязанность вызывать в памяти историю вчерашнего дня, так как то, что они должны делать сегодня, было тесно связано с тем, что они делали вчера. (Им вменялось также в обязанность в качестве вечернего занятия критическое осмысление своих поступков, совершенных в течение дня.) Сойдясь на восходе солнца, пифагорейцы пели торжественный гимн Аполлону, исполняя священный дорийский танец, одновременно мужественный и торжественный.
После омовений совершалась в полном молчании прогулка по храму. Затем в тени деревьев или под портиком начинались занятия. В полдень произносилась молитва героям и доброжелательным гениям. Послеобеденное время посвящалось гимнастическим упражнениям, урокам, медитациям и внутренней подготовке к следующему уроку. На заката солнца возносилась общая молитва космогоническим богам и воскурялась на алтаре бескровная жертва. Все трапезы пифагорейцев были совместными. Хлеб и мед являлись главной их пищей, а вода — единственным напитком. Обучение дополнялось правильной гигиеной и строгой дисциплиной, так как побеждать свои страсти было первым долгом посвященного. Пифагор учил, что суть вещей ускользает от обычного человека, который воспринимает лишь проходящие явления этого мира. Постигнуть вечное и бесконечное возможно лишь тогда, когда между человеком и остальным миром устанавливаются гармония и единение. Тот, кто не привел свою собственную природу в гармонию, тот не может отражать гармонию божественную. Это, впрочем, не означало, что Пифагор проповедовал аскетизм.
Напротив, брак, к примеру, рассматривался пифагорейцами как нечто священное, но любовь, которая сводилась к одной чувственности, они однозначно осуждали.
Сладострастие, по словам Пифагора, можно сравнить с пением сирен, которые, как только приблизишься к ним, исчезают, а на месте, откуда раздавалось пение, оказываются поломанные кости и куски тела.