По возвращении в Нандию, он сам начал проповедовать и вместе со своим искренним последователем Шривасой Пандитом открыл школу киртаны (прославления Верховного Господа). Там он проповедовал, пел, танцевал и проявлял различные религиозные чувства.
Учение его отличалось от традиционного вайшнвизма. Махапрабху утверждал, что Господь Кришна является Верховной Личностью Бога и повторение Его священного имени Харе Кришна, Харе Кришна, Кришна Кришна, Харе Харе, Харе Рама, Харе Рама, Рама Рама, Харе Харе (Харе означает «энергия Господа») гораздо важнее всех прочих религиозных обрядов и ритуалов. Первое распоряжение, которое он отдал двум своим ученикам, было таково: «Идите, друзья, идите по улицам города, знакомьтесь со всяким у дверей его дома, просите его петь имя Харе и вести святую жизнь, а потом приходите ко мне и каждый вечер сообщайте о результатах своей проповеди». Вооруженные этим наставлением ученики пошли в Нандию и встретили двух отвратительных типов — известных всему городу отъявленных мерзавцев. Услышав повеление, переданное им Махапрабхой, они стали насмехаться над проповедниками и оскорблять их. Но спустя короткое время под влиянием бхакти (преданности), внушенной им Господом, были обращены в вайшнавов, сделались достойными и благочестивыми людьми. Это обращение привело в изумление все население Нандии. После этого последователи Махапрабхи стали ежедневно петь святое имя Харе на улицах и базарах города.
Вплоть до 24-летнего возраста Махапрабху проповедовал свои взгляды только в окрестностях Нандии. Число его последователей росло с каждым днем. Брахманы, завидовавшие его успеху, обвинили Махапрабху в том, что его учение противоречит принципам и догматам индуизма. Тогда молодой проповедник решил порвать связи с кастой и вайшнавами и принял сан санниаси (то есть дал обет отречения от мира).
С этого времени его стали звать Кришной Чаитанйей (Чаитанйа значит «жизненная сила»). Оставив семью, он отправился странствовать по Индии. За годы скитаний он много проповедовал и многих обратил в свою веру. Пишут, что его личность обладала каким-то удивительным, божественным очарованием. Общение с ним никого не оставляло равнодушным и у всех вызывало страстное желание духовного совершенства. По своей природе Чаитанйа был в высшей степени благожелателен, а его прекрасная наружность приносила радость всякому, кто встречался с ним. Некоторое время он жил в Бенаресе и сумел обратить в вайшнавизм всех его жителей. Когда ему исполнился 31 год, Чаитанйа поселился в Пурде и жил безвыездно до самой смерти, последовавшей в 1534 г.
Жизнь его в эти годы была постоянным подвигом любви и благочестия. Его окружало множество последователей, которые все без исключения были вайшнавами высшего уровня. Спал он очень мало, все время посвящая прославлению Кришны. Он постоянно пел и танцевал и находился в состоянии непроходящего духовного блаженства.
Каждый, кто приходил к нему, начинал верить, что Чаитанйа — это всепрекрасный Бог, сошедший в этот мир, чтобы принести благо человечеству.
Сам Чаитанйа ничего не писал и оставил после себя только 8 стихов. Однако его ученики на основании его слов составили многочисленные сочинения, подробно раскрывающие суть его учения. Развивая идеи «Шримад-Бхагавадам» Чаитанйа утверждал, что Кришна — единый Бог, а все остальные ведические боги лишь его воплощения. Бог существовал извечно и будет существовать всегда. Материальные элементы, материальная природа и живые существа вышли из Него, и в Нем они покоятся после своего уничтожения. Вообще, все элементы мироздания существуют только потому, что Господь поддерживает их с помощью Своих энергий. Всего видов энергий три. Вся материальная природа составляет низшую энергию Господа. (Другое название этой низшей энергии — майя, или иллюзия.) Над этой низшей энергией стоит более высокая (ее называют также пограничной) энергия — кшетраджна. Ее проявлением являются живые существа, которых в этом материальном мире великое множество. Все они по своей конституции являются составными частицами Верховного Господа. Если Господа можно сравнить с солнцем, то живое существо — с частицей солнечного света. Каждое из них обладает чистым духовным бытием, чистой духовной привязанностью, а также чистой умственной деятельностью, которые, вообще говоря, находятся вне этого материального космического проявления. Однако когда живое существо попадает в материальный мир, его изначальные ум, интеллект и тело покрываются материальной энергией.