Жил тогда в Панаме и другой конкистадор, Диего Альмагро, прибывший на перешеек в 1514 году, как и Писарро, обиженный судьбой подкидыш и неудачник, неграмотный и нищий. Известие об "империи" Перу пробудило в обоих надежду на быстрое обогащение. Только средств у них ни для открытия, ни, тем более, для завоевания Перу не было.
Между тем в Панаме жили тогда люди, располагавшие необходимыми на первое время денежными средствами и согласные пойти на риск в надежде еще больше разбогатеть: священники и коронные чиновники - казначеи, контролеры и т. п. И вот в Панаме организуется своеобразное "общество на паях", куда вошли влиятельный и богатый католический священник Эрнан де Луке и два конкистадора, обладавшие большим опытом в военных действиях против индейцев, - Франсиско Писарро и Диего Альмагро. В качестве компаньона был, конечно, привлечен и Педрариас Авила, так как без его "покровительства" было смертельно опасно пускаться в "плавание для открытий". И лучше других это понимал бесстрашный Писарро, арестовавший на службе у Авилы его зятя Бальбоа. Но губернатор, как всегда, соглашался участвовать только в прибылях, но отнюдь не в расходах на экспедицию.
Не располагая большими средствами, компания могла навербовать только сотню солдат и снарядить два корабля. В 1524 году Писарро и Альмагро предприняли первое плавание к берегам Перу, но дошли только до дельты реки Сан-Хуана. Часть бассейна Сан-Хуана они обследовали, но не нашли ничего ценного в этом жарком и влажном лесном районе с редким бродячим населением. Из-за недостатка продуктов испанцам пришлось ни с чем вернуться в Панаму.
В 1526 году конкистадоры повторили попытку и снова высадились на берег близ устья Сан-Хуана, а на юг послали на разведку один корабль под командой кормчего Бартоломе Руиса. Тот продвинулся вдоль берега приблизительно еще на 800 км, открыл дельту реки Патии (Виру) и бухту Тумако, а затем пересек экватор. Моряки видели вдали гигантскую снежную вершину Чимборасо (6272 метра). Руис захватил в плен нескольких перуанцев, плывших на встречном бальсовом плоту. Пленники подтвердили рассказы о громадных размерах и богатствах страны, лежащей к югу, и о могуществе инков, которым она принадлежала. Руис доставил Писарро несколько ценных образцов перуанских изделий.
Инки - одно из племен многочисленного народа кечуа - приблизительно за сто лет до прихода испанцев возглавили союз нескольких племен, подчинили себе другие племена кечуа и покорили соседние народы, из которых самым многочисленным был народ аймара в Центральных Андах. К 1438 году инки образовали крупнейшее из всех индейских государств, когда-либо существовавших. Это раннерабовладельческое государство простиралось к югу от реки Патии до реки Мауле более чем на 4000 километров и занимало площадь около 2 000 000 квадратных километров с населением около 6 миллионов человек. Власть там принадлежала верховному инке, который опирался на господствующую группу своих единоплеменников. Столицей государства был город Куско, лежащий в высокогорной долине реки Урубамбы, в верховьях Укаяли - Амазонки.
Писарро и Альмагро в следующем, 1527 году в третий раз отправились к берегам Перу, но и на этот раз не дошли до экватора. Из-за нехватки съестных припасов компаньоны решили разделиться. Упрямый Писарро остался на прибрежном островке, где считал себя в безопасности от набегов приморских индейцев, озлобленных грабежами и насилиями, которые испанцы учиняли как в районе залива Буэнавентуры, так и севернее его. Альмагро отправился обратно в Панаму за подкреплениями и новыми припасами.
Педрариас Авила к этому времени был отстранен от власти. Его преемник решил положить конец "безумным" попыткам, начатым до его прибытия, и притом человеком такого "темного происхождения", как Писарро. Губернатор послал за Писарро и его людьми корабль с категорическим приказом немедленно вернуться в Панаму. И на островке произошла сцена, которую некоторые историки считают театральной и потому неправдоподобной. Она, однако, вполне соответствует характеру Писарро, каким его рисуют самые достоверные исторические документы.
Многие из спутников Писарро обрадовались случаю вернуться обратно в Панаму, к своим поместьям. Тогда Писарро выступил вперед, извлек меч из ножен, провел им черту на песке, шагнул через черту и сказал, обращаясь к своим оробевшим товарищам: "Кастильцы! Этот путь (на юг) ведет к Перу и богатству, тот путь (на север) - к Панаме и нищете. Выбирайте!" Только полтора десятка человек последовало за ним, в том числе кормчий Руис и Франсиско Херес, ставший историографом экспедиции, завоевавшей Перу. Капитан панамского корабля взял на борт остальных и отчалил, бросив "бунтовщиков" без припасов на произвол судьбы.
Писарро и его товарищи, не чувствуя теперь себя в безопасности на прибрежном островке, построили бальсовый плот и перешли на лежащий в 50 километрах от берега остров Горгона. Больше полугода провели они там в добровольном изгнании, добывая себе пищу охотой на птиц и сбором съедобных моллюсков. За это время компаньоны Писарро снарядили еще один корабль, но губернатор не разрешил послать на нем ни солдат, ни военных припасов. Команда должна была только доставить Писарро и его людей в Панаму.
Однако Писарро использовал корабль для дальнейшей разведки в южном направлении. Когда берег круто повернул на юго-восток, испанцы вступили в обширный, далеко вдающийся в сушу залив Гуаякиль, крупнейший на всем Тихоокеанском побережье Южной Америки. На суше они видели хорошо возделанные поля, на южном берегу залива лежал большой и богатый город Тумбес.
Чтобы лично убедиться в богатстве и обширных размерах "империи" Перу, Писарро продолжил плавание дальше на юг. Природа побережья резко изменилась: вместо влажноэкваториального леса, характерного для всей приморской полосы от Панамского залива, южнее залива Гуаякиль покрытые скудной растительностью участки чередовались с совершенно бесплодными. Высокие горы (Западная Кордильера Перуанских Анд) видны были сначала вдали, но на юге они почти вплотную подходили к берегу. Корабль прошел приблизительно до 8° южной широты (ю.ш.). Но даже в этой очень засушливой полосе выделялись земледельческие оазисы, возникшие в долинах. Там были искусственно орошаемые поля, расположенные террасами, встречались малые и крупные селения, связанные мощеными дорогами. А в окрестностях селений паслись ламы - единственный вид крупного домашнего скота в Новом Свете.
Испанцы добыли на этом участке перуанского берега двух живых лам, тонкие ткани из шерсти вигони, золотые и серебряные сосуды и захватили в плен нескольких молодых перуанцев. С такими трофеями Писарро мог с честью вернуться не только в Панаму, но и в Испанию. Никто теперь не мог сомневаться в существовании золотой страны Перу, которую открыл он, Писарро, и которую предлагал завоевать. Но первыми "приветствовали" конкистадора на родине кредиторы, немедленно посадившие его в тюрьму за неуплату долгов.
Рассказы Писарро, подтвержденные такими убедительными доказательствами, произвели в Испании очень сильное впечатление. Королевским приказом он был выпущен из тюрьмы. Он получил от Карла I патент на завоевание Перу и был назначен губернатором страны. Ему были отпущены и большие денежные средства, но только не настоящие, а будущие - из доходов той страны, которую еще нужно было завоевать, срок же для снаряжения экспедиции был поставлен короткий - полгода. Разумеется, нашлись люди, в том числе Эрнандо Кортес, которые финансировали предприятие, обещавшее огромные прибыли. Франсиско Писарро немедленно начал вербовать добровольцев в своей родной области Эстремадуре. В первую очередь он привлек, конечно, своих родственников, в том числе трех единокровных братьев: старшего, Эрнандо, и младших, Хуана и Гонсало.
Альмагро не получил высокого назначения. Он видел, что Писарро окружил себя родней, которая оттеснила его на задний план. Но он еще рассчитывал на договор о разделе добычи и не терял окончательно доверия к своему компаньону. А когда тот прибыл в Панаму с малочисленным отрядом, казалось бы, недостаточным для завоевания огромной страны, Альмагро согласился временно остаться в тылу и организовать посылку подкреплений, надеясь явиться в Перу с большим отрядом в решающий момент.