По традиционной версии в ночь после осмотра лагеря Атауальпы братья Писарро, Сото, Севастьян Мояно де Белалькасар и монах Висенте Вальверде составили дерзкий план, который Франсиско Писарро выполнил с беспримерной даже для того времени наглостью.
Испанские солдаты и кавалеристы, разделенные на три группы, были спрятаны в засаде. Верховный инка прибыл на площадь в золотом паланкине, который несли на своих плечах знатные люди. Триста безоружных индейцев шли впереди, убирая с дороги камни и сор; за государем следовали на носилках и в гамаках вожди и старейшины.
Когда процессия остановилась, к Атауальпе подошел Вальверде и зачитал длинное рекеримьенто (извещение) – документ о добровольном признании инками власти испанского короля. Атауальпа спросил, как он может убедиться в том, что все сказанное ему – правда. Монах сослался на Евангелие, которое он держал в руках. «И Атауальпа попросил у него эту книгу, повертел ее, перелистал страницы и сказал, что эта книга не говорит и не произносит никаких слов, и швырнул ее прочь». Франсиско Писарро приказал дать залп, спрятанные в засаде всадники с трех сторон устремились к Атауальпе, и в то же время появились пехотинцы. «И губернатор [Писарро]… в яростном порыве устремился к носилкам, схватил Атауальпу за волосы (а были они у него очень длинные), рванул его к себе, вытащил вон из носилок… свалил Атауальпу на землю и связал его. Индейцы увидев своего повелителя поверженным и связанным… бросились бежать…»
Верховный инка знал, что конкистадоры больше всего в мире ценят золото. На стене темницы, в которую его заключили испанцы, он провел черту так высоко, как только мог достать рукой, и предложил неслыханный выкуп за себя – столько золота, что оно наполнило бы комнату до указанной черты. Франсиско Писарро принял предложение. Тогда Атауальпа разослал во все стороны гонцов, чтобы они собирали золотые сосуды и другие храмовые украшения.
До середины 1533 года инки собрали груды золота, но Атауальпа был приговорен к сожжению. Но так как он согласился принять крещение, то был «только» удавлен. Золото, собранное по его приказанию, после выделения королевской пятины было разделено между конкистадорами. Альмагро тоже получил свою долю.
Писарро поспешил отправить в Испанию королевскую пятину – большой груз золота (некоторые авторы исчисляют всю добычу в 150 миллионов золотых рублей). Новые толпы искателей приключений бросились в Южную Америку. Корабли совершали частые плавания между Панамой и Перу. Писарро решил тогда перенести административный центр страны к морю и основал «Город Королей» (1535), который позднее получил название Лима.
Но спокойное время продолжалось недолго. В апреле 1536 года новый правитель страны Манко тайно созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу. И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.
Восстание Манко продолжалось до декабря. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.
Но еще большие трудности, чем с индейцами, испытал Писарро со своим старинным соратником и даже когда-то другом Диего де Альмагро. Тот всегда организовывал снабжение и пополнял людьми экспедиции Писарро. И был жестоко уязвлен тем, что король утвердил для него лишь титул губернатора Перу. Как только представился случай, он обвинил Писарро в присвоении всех званий.
Тогда Писарро сделал дипломатический ход: в награду за усердие Альмагро получил землю на юге Перу. Но когда Диего прибыл туда, то был разочарован – там нечем было поживиться.
Междоусобицы закончились в Куско в 1538 году, когда Альмагро было нанесено поражение братом Писарро – Эрнандо. Неистовый и кровожадный Эрнандо казнил 120 человек, а самого Альмагро убил как предателя. Но это была его ошибка. Вернувшись в Испанию, он был заключен в тюрьму за этот акт мести.
Одержав победу над Манко и Альмагро, Писарро окончательно утвердился в новом городе Лиме. Постаревший и несказанно богатый, этот наиболее удачливый их всех конкистадоров, казалось, просто не знал, что делать с неожиданно свалившимся на него богатством. Он составил несколько завещаний. Главной его заботой было продолжить родословную и прославить имя Писарро. Всем своим наследникам, как мужского, так и женского пола, он наказывал носить эту фамилию.
Но казнь Альмагро повлекла за собой возмездие. Воскресным утром 26 июля 1541 года, когда Писарро принимал у себя гостей, в дом ворвались 20 заговорщиков под началом Альмагро-младшего. 63-летний Писарро дрался отчаянно, убил одного из нападавших, но силы были не равны, и вскоре он упал замертво от множества нанесенных ран.