Пиком политической активности русского радикала-эмигранта стал конец 1840-х гг. Он наладил связи с левыми кругами в Париже, Брюсселе, был участником Пражского восстания 1848 г. и Дрезденского — 1849 г. После ареста в Хемнице Бакунин был приговорен судом Саксонии к смертной казни, которую заменили пожизненным заключением. Через два года Саксония выдала Бакунина Австрии, где он получил за участие в Пражском восстании уже второй смертный приговор, тоже замененный пожизненной тюрьмой. Впрочем, тут о беглеце вспомнило русское правосудие, и Австрия 17 мая 1849 г. в Кракове передала Бакунина России. Так Михаил Александрович снова оказался на Родине — на этот раз в качестве арестованного, с кандалами на руках и ногах. По его признанию, когда он увидел русских офицеров и солдат, пришедших за ним, то помимо воли испытал радость и умиление — наконец-то снова доведется увидеть Россию!..
Впрочем, Россия для Бакунина свелась к стенам тюремной камеры. Последние годы правления Николая I и первые — Александра II он провел в заключении — сначала в Петропавловской крепости, затем в Шлиссельбургской. Только в 1857 г., уступив многочисленным просьбам родни арестанта, император распорядился перевести его в Сибирь на вечное поселение. Жил Бакунин сначала в Томске (где в октябре 1858-го женился на 18-летней дочери польского ссыльного Антонине Квятковской), а с марта 1859 г. — в Иркутске.
Но Бакунин не был бы собой, если бы не совершил побег оттуда, откуда, казалось бы, он был невозможен. Впрочем, назвать это предприятие «побегом» можно только с натяжкой — скорее, ссыльный умело воспользовался заведенными в Сибири нужными знакомствами. В итоге генерал-губернатор Корсаков, сестра которого выходила замуж за брата Бакунина, выдал ему бумагу, разрешавшую свободно путешествовать по рекам Шилка, Амур, Уссури и Сунгари, а иркутский губернатор Извольский — паспорт, в котором Бакунин именовался бывшим прапорщиком, получившим разрешение на вступление в государственную службу. 5 июня 1861 г. Бакунин покинул Иркутск и месяц спустя был уже в Николаевске. Там он сел на русский клипер «Стрелок», командир которого проявил беспечность и задерживать беглеца не стал. Вскоре Бакунин перебрался с русского корабля на американское судно «Викерс», которое «Стрелок» вел на буксире. 5 сентября в японской Йокогаме ему удалось пересесть с «Викерса» на другой американский корабль, шедший в Сан-Франциско. В декабре 1861 г. Бакунин добрался до Лондона, где встретил теплый прием в лице Герцена. Так Михаил Александрович вторично стал эмигрантом, на этот раз уже навсегда.
Бурлящие 1860-е стали для уже немолодого, но полного сил Бакунина новым пиком политической деятельности. Он вступил в основанный Марксом I Интернационал, что стало в итоге причиной раскола этой организации, возглавил собственный «Международный союз за демократический социализм», перевел на русский язык «Манифест коммунистической партии» Маркса (1869), вынашивал идею разрушения современных государств и замены их некими «свободными автономными обществами». В 1874 г. свет увидел самый крупный теоретический труд Бакунина «Государственность и анархия», в котором он призывал делать ставку в революционном движении на люмпен-пролетариат, который должен постоянными бунтами расшатывать существующее общество. Бакунин лично попытался доказать справедливость своих идей на практике и даже возглавил небольшое восстание в Болонье, однако оно полностью провалилось. В отчаянии Бакунин хотел было застрелиться, но соратники удержали его от этого шага.
В последние годы жизни Бакунин жил в Италии, а с 1872 г. — в швейцарском Лугано. Финансовое положение революционера было плачевным. В 1872 г. жена Бакунина писала Н. П. Огареву: «Нужда теснит нас. Хозяйка отказала б нам в квартире, если б мы не выплатили к 8 февраля 317 фр. Мы были вынуждены сделать заем в 300 фр., и в конце февраля мы должны выплатить эту сумму в здешний национальный банк, иначе у нас опишут все наши вещи. Николай Платонович, вы легко поймете мое отчаяние… Семья моя далеко. Мишель не имеет никаких средств, у меня двое маленьких детей. Николай Платонович, вы старый друг Мишеля, постарайтесь помочь нам, спасите нас от горького стыда описания нашего бедного имущества. Отвечайте, отвечайте скорее ради всего, что есть для вас святого». Несколько легче Бакунину стало после того, как его теорией увлекся богатый итальянец Карло Кафиеро. В августе 1873 г. он помог Бакунину приобрести небольшую двухэтажную виллу «Бароната». Впрочем, в буржуазном образе жизни обвинить его было трудно.