Индейцы засели в крепости из толстых лиственничных бревен и вели огонь по прибывшим. Ими руководил главный тойон Ситхи Котлеян, племянник коварного Скаутлельта. Баранов предложил индейцам сдаться, выдать пленных и заключить мир, но те отказались. Тогда русские пошли на приступ. В этом бою Баранов был ранен. Индейцы не выдержали натиска и оставили крепость. Баранов вскоре великодушно простил Котлеяна и подарил ему жезл с русским гербом, украшенный орлиными перьями.
На высокой неприступной скале, где раньше находилось селение индейцев, была заложена новая крепость, названная Ново-Архангельской. Ей суждено было вскоре стать столицей Русской Америки. Российский флаг снова гордо развевался над Ситхой. За одну зиму возникла большая Ново-Архангельская крепость. Побывавший здесь следующей весной на пути из Кадьяка в Кантон Лисянский был изумлен «удивительными плодами неустанного трудолюбия Баранова».
На корабле «Нева» в Русскую Америку были доставлены книги, картины, чертежи, карты, атласы. На Ситхе были созданы большая по тем временам библиотека в 1200 книг и интересный музей.
Даже такой тяжелый удар, как уничтожение русской крепости на Ситхе, не заставил Баранова отказаться от дальнейших плаваний и открытий. Он решил получить сведения о землях дальше по американскому побережью, за Ситхой – о солнечной Калифорнии. Баранов хотел создать там базу для снабжения суровых пространств Русской Америки хлебом и другими продуктами. Весной 1803 г. Баранов отправляет в Калифорнию 20 байдар под командой верного и смелого промышленника Швецова.
Швецов совершил далекий поход вдоль берегов Калифорнии.
Плавание Швецова утвердило Баранова в мысли о необходимости тщательного сбора сведений и о дальнейшем продвижении русских поселений на юг.
1805 г. ознаменовался важным событием. 23 мая на корабле «Мария» прибыл с Камчатки один из акционеров компании, умный и образованный вельможа, зять Шелихова Николай Резанов для обследования компанейских дел в Русской Америке. Резанов привез чин коллежского советника Баранову, Кусков был пожалован золотой медалью, Швецов и несколько других смелых мореходов – серебряными. Подвиги русских в водах Нового Света стали известны в России.
1805 г. был тяжелым годом для русских поселений в Новом Свете. Погиб корабль с продовольствием, и в Ситхе наступил голод.
Баранов принял новые меры предосторожности, но походы русских не прекратились. В феврале 1806 г. Резанов плавал на «Юноне» в испанскую миссию Сан-Франциско и привез в голодающую Ситху продукты.
Пока Резанов вел переговоры с испанцами, Баранов послал в новый поход к берегам Калифорнии отважного промышленника Сысоя Слободчикова. 50 байдар ушло на юг. Слободчиков побывал в устье реки Колумбии, потом приплыл в Калифорнию, а оттуда двинулся на шхуне «Николай» к Сандвичевым (Гавайским) островам. Он благополучно достиг владений короля Камеамеа I, давно уже прослышавшего от американских и английских мореходов о грозном правителе Русской Америки.
В гавань Ново-Архангельска часто приходили теперь суда из Кронштадта, совершавшие кругосветное плавание. Здесь бросали якорь корабли Головнина, Коцебу, Лазарева и других русских мореходов.
Баранов открыл школы на Кадьяке и Ситхе, десятки черноволосых маленьких эскимосов, индейцев и креолов обучались там письму и счету, а в «Высшей школе» на Кадьяке их обучали даже французскому языку. Библиотека Ново-Архангельска насчитывала много сотен книг, а музей повергал в изумление мореходов всех стран. Баранов, так много сил положивший на открытие и исследование этого дикого края, много потрудился и над тем, чтобы русские как следует обжили его.
Одним из последних дел Баранова была организация экспедиции по исследованию глубинных районов Аляски на северо-западе материка.
В январе 1818 г., когда Баранову шел уже 73-й год, прибывший из Петербурга капитан Гагемейстер объявил ему, что имеет полномочия принять руководство делами компании в Америке. Злые языки уверяли, что старый правитель составил себе огромное состояние в Америке. Но на себя Баранов не истратил ни одной лишней копейки. 27 ноября 1818 г. он взошел на борт «Кутузова». Но он не успел достигнуть берегов России. 10 апреля в Зондском проливе Баранов скончался. Тело его было опущено в море.