Кампания 1848 г. продолжалась почти два месяца. Результатом ее была общая рекогносцировка всего моря, промер глубин, определение широт, открытие группы островов Возрождения (Николая).
Первое сообщение о плавании по Аральскому морю Бутаков послал родителям в Николаев 13 августа 1848 г. с острова Барса-Кельмес («пойдешь – не вернешься»), что в северной части моря.
23 сентября шхуна «Константин» вернулась в устье Сыр-Дарьи, закончив кампанию 1848 г.
Острова Возрождения (Николая) были открыты Бутаковым 8 (20) сентября 1848 г. До этого сюда не ступала нога человеческая, и вообще об острове ничего не было известно, так как с берегов моря он не виден. Когда Бутаков впервые высадился на остров, сайгаки с удивлением смотрели на людей, подпускали к себе очень близко и не разбегались даже после выстрела. Но в начале XX столетия сайгаки на острове Возрождения были окончательно выбиты. Когда-то остров Возрождения был сплошь покрыт зарослями саксаула – этого полудерева-полукустарника, дающего прекрасное топливо.
Впоследствии, по инициативе Бутакова, на Аральском море было заведено пароходство.
На основании съемок 1848–1849 гг. Бутакова и Поспелова в 1850 г. Гидрографическим департаментом Морского министерства была напечатана морская карта Аральского моря.
Общественные взгляды А.И. Бутакова характеризуют его взаимоотношения с великим украинским поэтом Тарасом Григорьевичем Шевченко. За революционную деятельность поэт и художник был сослан рядовым в Орскую крепость с запрещением что-либо писать и рисовать.
Находясь в 1848 г. в Оренбурге, Бутаков узнал, что Шевченко живет в Орске. Алексей Иванович обратился к начальнику Оренбургского края генералу Владимиру Афанасьевичу Обручеву с просьбой откомандировать рядового Шевченко в распоряжение аральской описной экспедиции для зарисовки береговых видов Аральского моря. Обручев, в нарушение вышеупомянутого распоряжения, согласился.
Путь от Орска до низовьев Сыр-Дарьи Шевченко проделал вместе со штабс-капитаном А.И. Макшеевым, который тоже отправлялся на Аральское море в распоряжение Бутакова. Весь поход Шевченко сделал пешком, отдельно от роты, в штатском плохоньком пальто.
Во время плавания по морю в 1848 и 1849 гг. Шевченко жил в маленькой офицерской каюте вместе с тремя офицерами. В течение двух сезонов он сделал много акварельных рисунков.
Бутаков относился к Шевченко весьма благожелательно. В письме, посланном 14 ноября 1849 г., Шевченко так отзывался о Бутакове: «…он был мне друг, товарищ и командир». Осенью 1849 г. Шевченко вместе с Бутаковым выехал из Раимского укрепления (низовья Сырдарьи) в Оренбург и поселился в доме капитана Герна.
А.И. Бутаков. Фото 1865 г.
Генерал Обручев остался очень доволен видами Аральского моря, сделанными Шевченко. Пользуясь этим, Бутаков стал хлопотать о производстве художника в унтер-офицеры, что способствовало бы значительному улучшению участи ссыльного. Кроме того, находясь в Петербурге, Бутаков, по его словам, «двинул всех знакомых дам, чтобы они просили о Шевченко».
Однако результаты получились совершенно неожиданные. Кто-то написал в Петербург донос о том, что ссыльному Шевченко, вопреки распоряжению свыше, разрешили рисовать. В апреле 1850 г. у поэта был произведен обыск. В результате Шевченко был арестован и по этапу отправлен в Орск, причем ему было воспрещено не только писать или рисовать, но даже иметь при себе чернила, перья, карандаш, бумагу. В октябре 1850 г. поэт был сослан в Александровский форт (ныне Форт-Шевченко) на восточном берегу Каспийского моря.
Но и Бутакова ждали большие неприятности. В Центральном военно-морском архиве в Петербурге, в фондах Морского инспекторского департамента, хранится секретное письмо военного министра князя А. Чернышева от 4 декабря 1850 г. на имя начальника Морского штаба адмирала князя А.С. Меншикова «о взыскании с капитан-лейтенанта Бутакова за упущение по наблюдению за рядовым Шевченко».
В 1850 г. Бутаков вернулся с Аральского моря в Петербург и был командирован в Швецию для заказа двух железных судов для Аральской флотилии; в 1852 г. эти пароходы – «Перовский» и «Обручев» – были доставлены в разобранном виде Бутаковым в Раим и в следующем году спущены на воду. Летом 1853 г., находясь на пароходе «Перовский», Бутаков отличился при взятии кокандской крепости Ак-мечеть. Осенью 1854 г. перенес Аральскую верфь в форт № 1 (Казалинск). В 1855 г. сделал опись Сыр-Дарьи от Кумсуата, на 85 км выше Перовска (ныне Кзыл-орда). В этом же году произведен в капитаны 2-го ранга, а в следующем – в капитаны 1-го ранга. Летом 1858 г. плавал с судами Аральской флотилии по Аму-Дарье до Кунграда для содействия посольству в Хиву. В 1859 г. с десантом в 140 человек производил военные действия у Кунграда. Затем, доставив десант обратно в Казалинск, снова на пароходе «Обручев» вернулся в дельту Аму и произвел ее опись вплоть до Нукуса. 1 января 1860 г. был вызван в Петербург и командирован в Англию и Соединенные Штаты для заказа двух железных пароходов. В 1861 г. пароходы «Арал» и «Сыр-Дарья» были доставлены Бутаковым в Казалинск и в 1862 г. спущены на воду. Летом 1863 г. производил опись р. Сырдарьи от Перовска до урочища Баилдыр-тугай на протяжении 807 верст.