Страсть захватила обоих. «Под предлогом учения, — вспоминал Абеляр, — мы всецело предавались любви… Руки чаще тянулись к телу, чем к книгам, а глаза чаще отражали любовь, чем следили за написанным… […] Даже когда мы пребывали в разлуке, мы могли общаться через письма, сообщать друг другу то, что трудно отважиться произнести вслух, и, таким образом, наши восхитительные отношения не прерывались ни на минуту».
Однако любовникам не удаётся сохранить свои отношения в тайне. Фульбер приходит в ярость. Он тут же выпроваживает Абеляра из своего дома. Вскоре Элоиза поняла, что беременна, и бежит с любовником. Они укрылись в доме его сестры, в Бретани. Здесь Элоиза родила сына Астролябия. Чтобы утихомирить Фульбера, Абеляр готов жениться на Элоизе. Для него это самый опасный путь: брак закрывал перед духовным лицом карьеру. Абеляр договаривается с Фульбером, что брак будет тайным.
Элоиза возражала против этого брака — не только потому, что он помешал бы академической карьере Абеляра, но и потому, что она, поверив Теофрасту, Сенеке, Цицерону и св. Иерониму, была искренне убеждена, что занятия философией несовместимы с браком.
«Она решительно отказывалась от этого брака, заявляя, что он явится для меня во всех отношениях постыдным и тягостным. Она подчёркивала и моё бесславие после этого брака, и те трудности брачной жизни, которых апостол убеждает нас избегать… Если же, говорила она мне, я не послушаюсь ни совета апостола, ни указаний святых относительно тяжестей брачного ига, то я должен, по крайней мере, обратиться за советом к философам и внимательно изучить то, что написано о браке ими самими…»
Несколько лет спустя Элоиза писала Абеляру: «Бог свидетель, что я никогда ничего не искала в тебе, кроме тебя самого; я желала иметь только тебя, а не то, что принадлежит тебе. Я не стремилась ни к брачному союзу, ни к получению подарков и старалась, как и ты сам знаешь, о доставлении наслаждений не себе, а тебе, и об исполнении не своих, а твоих желаний. И хотя наименование супруги представляется более священным и прочным, мне всегда было приятнее называться твоей подругой или, если ты не оскорбишься, — твоей сожительницей или любовницей».
Абеляр проявил настойчивость. Оставив ребёнка в Бретани, они с Элоизой тайно приезжают в Париж и так же тайно венчаются. Но в глазах людей супруги остаются любовниками. Родственники Элоизы недовольны тем, что брак заключён тайно, полагая, что это в большей степени спасало карьеру Абеляра, чем репутацию Элоизы.
Абеляр, желая оградить жену от постоянных упрёков и оскорблений со стороны членов её семьи, отослал Элоизу в Аржантёй, где в монастыре бенедиктинок она приняла монашеское одеяние (но ещё не пострижение).
Фульбер не знал, что постриг племянницы был фиктивным. Защищая родовую честь и следуя решению семейного совета, он нанял людей, которые пробрались ночью в жилище Абеляра и оскопили его. Вот что пишет философ в своей книге: «Однажды ночью, когда я спал в своей опочивальне, один из моих слуг, подкупленный золотом, поспособствовал их мести, которая привела в изумление весь мир! Они отрезали ту часть моего тела, при помощи которой я нанёс оскорбление, вызывавшее их гнев. Затем они скрылись…»
Опозоренный Абеляр укрылся в аббатстве Сен-Дени. Элоиза постриглась в монахини. Десять лет они прожили в молчаливой разлуке.
Абеляру пришлось бежать из Сен-Дени, он нашёл убежище в небольшом монастыре в Шампани. Затем он поселился отшельником в лесах близ Труа, где устроил часовню, посвящённую Параклету. В 1125 году Абеляр неожиданно получил приглашение стать настоятелем аббатства Сен-Жильда де Руи в Бретани.
Когда монастырь в Аржантёе оказался под угрозой закрытия, Абеляр предложил Элоизе и другим монахиням поселиться в Параклете.
В эти годы Абеляр начал работать над автобиографией «История моих бедствий». Набросок этого жизнеописания попал к Элоизе. Она не выдержала — и тоже взялась за перо, чтобы обратиться к Абеляру с любовным посланием.
Письма, составившие знаменитую переписку Абеляра и Элоизы, относятся к периоду после 1130 года, когда Элоиза была настоятельницей женского монастыря в Параклете.
Теперь, по прошествии многих лет, Пьер Абеляр видел в своей подруге «скорее сестру во Христе», чем жену. Его письма, во многом напоминающие письма св. Иеронима к благочестивым женщинам, духовным наставником которых он был, — св. Юлии, Евстохии, Марцелле, Азелле и Павле, — свидетельствуют о стремлении Абеляра к святости.