Большую часть лета «Атлантис» бороздил южные просторы Индийского океана, не встречая никого, кроме чаек. Наконец, 10 сентября 1941 года он захватил свою 22-ю — и последнюю — добычу, норвежское судно «Силваплана». 21 ноября, совершая посадку после утреннего полёта, разведывательный самолёт «Атлантиса», получив повреждения, вышел из строя, и произошло это как раз в то время, когда он был больше всего нужен. На следующий день рейдеру предстояло встретиться с подводной лодкой U-126, чтобы взять на борт горючее. Это была довольно сложная операция, во время которой «Атлантис» становился очень уязвимым. Рандеву состоялось на полпути между Бразилией и Африкой, и ко времени завтрака перекачка горючего началась. В моторном катере рядом с подводной лодкой сидело несколько членов команды рейдера, а капитан U-126 поднялся на борт «Атлантиса», у которого машины левого борта были разобраны для ремонта.
Неожиданно вперёдсмотрящий, вглядывавшийся в залитый солнечным светом горизонт, заметил верхушку мачты. Несколько минут спустя немцы установили, что к ним приближается тяжёлый британский крейсер «Девоншир», которым командовал капитан Р. Д. Оливер. Мгновенно связывающие два судна тросы были сняты, и U-126 ушла под воду, оставив своего капитана на борту «Атлантиса». Успели ли британцы увидеть подводную лодку? Из поспешно отсоединённого рукава по воде вокруг рейдера радужным пятном разлилось горючее. «Атлантису» оставалось одно: начать переговоры и, затягивая время, постараться ввести противника в заблуждение и заманить его в зону, где его смогут достать торпеды U-126.
Но капитан Оливер был очень осторожен. За исключением вентиляторов и ещё кое-каких частей этот разливший вокруг себя горючее корабль соответствовал данному Адмиралтейством описанию неуловимого рейдера. Поэтому, попеременно меняя курс и держась за пределами досягаемости торпед, он приблизился к «Атлантису» и двумя выстрелами захватил в артиллерийскую вилку.
С рейдера радировали, что судно называется «Полифем». Капитан крейсера послал запрос главнокомандующему в Южной Атлантике: мог ли встретившийся им корабль оказаться настоящим «Полифемом»? Почти целый час «Атлантис», лёжа в дрейфе и мягко покачиваясь на волнах, тянул переговоры. Капитана Рогге не оставляла надежда, что U-126 подкрадётся к крейсеру и выпустит торпеду. Но старший офицер на подводной лодке вместо этого приказал оставаться около рейдера. В 9.34 был получен ответ главнокомандующего в Южной Атлантике: «Нет — повторяю — нет!» Минуту спустя «Девоншир» открыл огонь. После третьего залпа восьмидюймовок, накрывшего «Атлантис», капитан Рогге отдал приказ установить взрывные часовые механизмы и покинуть судно.
За минуту до 10 часов взорвался носовой артиллерийский погреб, и через несколько минут «Атлантис» под аплодисменты и прощальные крики моряков, для которых он был домом на протяжении 20 месяцев, ушёл под воду. Капитан Рогге, находившийся в одной из шлюпок вместе со своим шотландским терьером Ферри, стоя отдал честь.
Капитан Оливер, как он объяснил в своём рапорте Адмиралтейству, не мог подойти и подобрать уцелевших «из-за риска быть торпедированным», поэтому вскоре «Девоншир» скрылся за горизонтом. В результате обстрела на «Атлантисе» погибло только семь человек, не меньше ста плавали в воде и цеплялись за обломки. Всплывшая подводная лодка подобрала раненых и незаменимых специалистов, 200 человек поместились в спасательных шлюпках, а 52, снабжённые спасательными поясами и одеялами, примостились на палубе U-126, а в случае её погружения должны были подплыть к шлюпкам. До ближайшей земли, Бразилии, было 950 миль.
Странная флотилия — шесть шлюпок, которые тащила за собой подводная лодка — отправилась в своё плавание в полдень, сразу после затопления рейдера. Два раза в день при помощи вытаскиваемой из субмарины резиновой лодки производилась раздача горячей пищи.
На третий день им повстречалось немецкое транспортное судно снабжения подводных лодок «Питон». Моряки «Атлантиса» были подняты на его борт — чтобы вскоре опять очутиться в воде, так как «Питон» был встречен и потоплен другим британским крейсером «Дорсетширом», известным тем, что он нанёс «Бисмарку» последний удар в морском бою полгода назад.
В конце концов, на немецких и итальянских подводных лодках члены команды «Атлантиса» добрались до Сен-Назера и оттуда отправились в Берлин, куда и прибыли сразу после наступления нового 1942 года. Капитан Рогге получил чин контр-адмирала и был назначен возглавлять подготовку морских курсантов. Но позднее, когда обнаружилось его антинацистское настроение, его перевели на какую-то маловажную должность.