На допросах Эльзер ничего не скрывал и откровенно рассказывал следователям обо всём. Следователи были поражены: столяр смог самостоятельно изготовить взрывчатое устройство с двумя детонаторами — замедленного действия и электрическим. Нишу в колонне Эльзер начал готовить с начала октября. Вечером он приходил с чемоданом в пивную, перед закрытием шёл в туалетную комнату, а затем работал всю ночь. Мусор Эльзер выносил в чемодане и бросал в реку. На изготовление ниши для бомбы у Эльзера ушло тридцать пять ночей. В ночь с 5 на 6 ноября он установил взрывной механизм с тем расчётом, чтобы взрыв произошёл восьмого числа между 21.15 и 21.30. В ночь с 7 на 8 ноября Эльзер последний раз проверил механизм и утром дня покушения сел в поезд на Кёльн — город, который он заранее наметил для перехода границы.
Оказавшись в 20.30 около таможенного поста, Эльзер слушает по радиотрансляцию речи фюрера. Вот-вот прозвучит взрыв! Все узнают, что Гитлер мёртв, и мир вздохнёт спокойно. Благоразумие подсказывало швабу, что надо быстрее переходить в Швейцарию. Но Эльзер стоял как заворожённый — он хотел дослушать речь до конца. Вдруг его схватил сзади какой-то таможенник, которому поведение Эльзера показалось подозрительным. Но зачем же Эльзер взял с собой часть детонатора и почтовую открытку? — задали вопрос следователи. «С целью просить политического убежища», — ответил допрашиваемый. Он рассчитывал, что детонатор и открытка с видом зала «Бюргербройкеллер» помогут ему.
Тем временем Небе продолжали одолевать сомнения. Следствие обнаружило, что Эльзер не был ни коммунистом, ни социалистом, ни анархистом. Он продолжал твердить, что хотел спасти мир от войны. Но как любитель мог изготовить столь точное взрывное устройство? Как мог один человек осуществить всю эту операцию? И всё-таки кто такой Эльзер — одиночка или орудие группы заговорщиков?
В конце концов по приказу фюрера Небе передал дело Эльзера шефу гестапо Мюллеру. Гитлер по-прежнему был уверен, что покушением руководила «Интеллидженс сервис» и что Эльзер связан с арестованными в Голландии британскими агентами Бестом и Стивенсом. Газеты сообщали о причастности к террористическому акту Отто Штрассера, основателя «Чёрного фронта» (организации, оппозиционной Гитлеру). Скрывавшийся в Швейцарии Штрассер отверг обвинение относительно своей связи с Эльзером.
Эльзера осматривали трое психиатров, его допрашивали под гипнозом. Показания террориста остались прежними. Правда, добавился любопытный факт: Эльзер показал, что ему помогали доставать взрывчатку ещё двое.
Вскоре Гиммлер заявил, что фюрер требует организации большого процесса, на котором Англии было бы предъявлено обвинение в причастности к покушению. Однако процесс так и не состоялся. В окружении Гитлера стали поговаривать, что «дело тухлое»…
До 1941 года Эльзер оставался в Берлине в руках гестапо. Летом его перевели в концлагерь под Ораниенбургом. Эльзера поместили в ту часть лагеря, которая была отведена знаменитостям — например, таким как канцлер Австрии Шушниг, наследный принц Баварии, французские политики Эдуард Эррио и Поль Рейно. Эльзеру разрешили носить обычный костюм, а не полосатую одежду заключённого. Ему даже позволили оборудовать маленькую столярную мастерскую, где он сделал себе цитру, на которой играл вплоть до самой смерти. В лагере Эльзера так и прозвали — Человек с цитрой. В 1944 году Эльзер был переведён в Дахау, где к нему тоже относились как к почётному узнику.
Между тем в окружении Канариса продолжали считать, что Эльзер действовал не в одиночку и что речь идёт о махинации гестапо. Канарис думал, что Гиммлер или Гейдрих состряпали покушение для того, чтобы поддержать миф о Гитлере, находящемся под защитой Провидения.
Однако если приглядеться повнимательнее, то версия Канариса теряет свою убедительность. Неужели Гитлер мог пойти на такой огромный риск? Кроме того, на следующее утро после годовщины путча его ждало важное заседание в Берлине. Первоначально Гитлер должен был вернуться в Берлин самолётом, но поскольку погода была нелётной, пришлось срочно ехать поездом. Не выдерживает критики и сомнение людей Канариса в том, что Эльзер мог сам изготовить столь сложное устройство, так как обвиняемый повторно собрал перед следователями свой взрывной механизм.
Напрашивается вывод — покушение совершено одиночкой. И всё-таки… Нельзя умолчать о странных признаниях Эльзера своим товарищам по несчастью в Дахау — британскому шпиону Бесту и пастору Нимеллеру. Вот как они передают рассказанное Эльзером.